[生化]DNA的生物合成课件.ppt
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- 关 键 词:
- 生化 DNA 生物 合成 课件
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1、DNA通过复制将遗通过复制将遗传信息由亲代传递传信息由亲代传递给子代;通过转录给子代;通过转录和翻译,将遗传信和翻译,将遗传信息传递给蛋白质分息传递给蛋白质分子,从而决定生物子,从而决定生物的表现型。的表现型。DNA的的复制、转录和翻译复制、转录和翻译过程就构成了遗传过程就构成了遗传学的学的中心法则中心法则。DNA的生物合成的生物合成DNA Biosynthesis ( Replication )n本章主要内容:本章主要内容: 复制的基本规律复制的基本规律 DNA复制的酶学和拓扑学变化复制的酶学和拓扑学变化 复制的过程复制的过程 逆转录和其他复制方式逆转录和其他复制方式 DNA损伤(突变)与修
2、复损伤(突变)与修复n复制的基本规律复制的基本规律 n半保留复制半保留复制的概念的概念: :AGGTACTGCCACTGGTCCATGACGGTGACCCCACTGGGGTGACCAGGTACTGTCCATGACTCCATGACAGGTACTGAGGTACTGCCACTGGTCCATGACGGTGACCAGGTACTGCCACTGGTCCATGACGGTGACC+母链母链DNA复制过程中形成复制过程中形成的复制叉的复制叉子代子代DNAn子链继承母链遗传信息的几种可能方式子链继承母链遗传信息的几种可能方式: : 全保留式全保留式 半保留式半保留式 混合式混合式 n密度梯度实验密度梯度实验: :
3、实验结果支持实验结果支持半保留复制半保留复制的设想。的设想。含重氮含重氮-DNA的细菌的细菌培养于普培养于普通培养液通培养液 第一代第一代继续培养于继续培养于普通培养液普通培养液 第二代第二代梯度离心结果梯度离心结果按半保留复制方式,子代按半保留复制方式,子代DNA与亲代与亲代DNA A的的碱基序列一致碱基序列一致,即子代保留了亲代的全部遗,即子代保留了亲代的全部遗传信息,体现了遗传的传信息,体现了遗传的保守性保守性。n半保留复制的意义半保留复制的意义: :遗传的保守性,是物种稳定性的分子基础,遗传的保守性,是物种稳定性的分子基础,但但不是绝对的不是绝对的。 DNA DNA分子中的遗传信息通过
4、转录和翻译,即基因分子中的遗传信息通过转录和翻译,即基因表达,决定了细胞的蛋白质结构和功能,决定了生物的表达,决定了细胞的蛋白质结构和功能,决定了生物的特性和类型。体现了遗传过程的相对保守性。特性和类型。体现了遗传过程的相对保守性。53oriorioriori53oriterA B C复制中的放射自显影图像复制中的放射自显影图像A. 环状双链环状双链DNA及复制起始点及复制起始点B. 复制中的两个复制叉复制中的两个复制叉C. 复制接近终止点复制接近终止点(termination, ter)oriterA B C53oriorioriori535533复制子复制子CCACTGGAGGTACTGT
5、CCATGACGGTGACCCCACTGGAGGTACTGTCCATGACAGGTACTGGGTGACC三、三、DNA一股子链复制的方向与解链一股子链复制的方向与解链方向相反导致半不连续复制方向相反导致半不连续复制3 5 3 5 解链方向解链方向3 5 3 3 5 领头链领头链(leading strand)随从链随从链(lagging strand) 顺着解链方向生成的子链,复制是连续进行的,顺着解链方向生成的子链,复制是连续进行的,这股链称为这股链称为领头链领头链(leading strand) 。 另一股链因为复制的方向与解链方向相反,不另一股链因为复制的方向与解链方向相反,不能顺着解链
6、方向连续延长,这股不连续复制的能顺着解链方向连续延长,这股不连续复制的链称为链称为随从链随从链(lagging strand) 。 领头链连续复制而随从链不连续复制,就是复领头链连续复制而随从链不连续复制,就是复制的半不连续性。制的半不连续性。 DNA复制的酶学和拓扑学变化复制的酶学和拓扑学变化第第 二二 节节The Enzymology and Topology of DNA Replicationn参与参与DNA复制的物质复制的物质: 底物底物(substrate): dATP, dGTP, dCTP, dTTP; 聚合酶聚合酶(polymerase): 依赖依赖DNA的的DNA聚合酶,聚
7、合酶,简写为简写为 DNA-pol; 模板模板(template): 解开成单链的解开成单链的DNA母链;母链; 引物引物(primer): 提供提供3 -OH末端使末端使dNTP可以依次可以依次聚合;聚合; 其他的酶和蛋白质因子。其他的酶和蛋白质因子。一、核苷酸和核苷酸之间生成磷酸二酯键一、核苷酸和核苷酸之间生成磷酸二酯键是复制的基本化学反应是复制的基本化学反应(dNMP)n + dNTP (dNMP)n+1 + PPi 活性:活性:1. 53 的聚合活性的聚合活性2. 核酸外切酶活性核酸外切酶活性5 A G C T T C A G G A T A 3 | | | | | | | | | |
8、 |3 T C G A A G T C C T A G C G A C 5 3 5 外切酶活性外切酶活性: 5 3 外切酶活性外切酶活性:?能切除引物或突变的能切除引物或突变的 DNA片段。片段。能辨认错配的碱基对,并将其水解。能辨认错配的碱基对,并将其水解。n核酸外切酶活性核酸外切酶活性: : (一)原核生物的(一)原核生物的DNA聚合酶分为三型聚合酶分为三型 DNA-pol DNA-pol DNA-pol 原核生物的原核生物的DNADNA聚合酶聚合酶可能可能不可能不可能可能可能基因突变后的致死性基因突变后的致死性无无无无有有5 3 核酸外切酶活性核酸外切酶活性20?400分子数分子数/细胞
9、细胞多亚基不对称多亚基不对称二聚体二聚体?单肽链单肽链组成组成250120109分子量分子量(kD)DNA-pol IIIDNA-pol IIDNA-pol I可能可能不可能不可能可能可能基因突变后的致死性基因突变后的致死性无无无无有有5 3 核酸外切酶活性核酸外切酶活性20?400分子数分子数/细胞细胞多亚基不对称多亚基不对称二聚体二聚体?单肽链单肽链组成组成250120109分子量分子量(kD)DNA-pol IIIDNA-pol IIDNA-pol I DNA-pol (109kD):):AR共共18个个-螺旋肽段。螺旋肽段。323个氨基酸个氨基酸小片段小片段5 核酸外切酶活性核酸外切酶
10、活性大片段大片段/Klenow 片段片段 604个氨基酸个氨基酸DNA聚合酶活性聚合酶活性 5 核酸外切酶活性核酸外切酶活性N 端端C 端端木瓜蛋白酶木瓜蛋白酶DNA-pol Klenow片段是实验室合成片段是实验室合成DNA,进行,进行分子生物学研究中常用的工具酶。分子生物学研究中常用的工具酶。 功能:功能: 对复制中的错误进行校读,对复制和修复对复制中的错误进行校读,对复制和修复中出现的空隙进行填补。中出现的空隙进行填补。 DNA-pol (120kD) DNA-pol II基因发生突变,细菌依然能存活。基因发生突变,细菌依然能存活。 DNA-pol 对模板的特异性不高,即使在已发生对模板
11、的特异性不高,即使在已发生损伤的损伤的DNA模板上,它也能催化核苷酸聚合。因模板上,它也能催化核苷酸聚合。因此认为,它参与此认为,它参与DNA损伤的应急状态修复。损伤的应急状态修复。n功能:功能: DNA-pol (250kD)是原核生物复制延长中真正起催化作用的酶。是原核生物复制延长中真正起催化作用的酶。(二)常见的真核细胞(二)常见的真核细胞DNA聚合酶有五种聚合酶有五种DNA-pol 起始引发,有引物酶活性。起始引发,有引物酶活性。延长子链的主要酶,有解螺旋酶活性。延长子链的主要酶,有解螺旋酶活性。参与低保真度的复制参与低保真度的复制 。在复制过程中起校读、修复和填补缺在复制过程中起校读
12、、修复和填补缺口的作用。口的作用。在线粒体在线粒体DNA复制中起催化作用。复制中起催化作用。DNA-pol DNA-pol DNA-pol DNA-pol 真核生物的真核生物的DNA聚合酶聚合酶填填补补引引物物空空隙隙,切切除除修修复复,重重组组延延长长子子链链的的主主要要酶酶,解解螺螺旋旋酶酶活活性性线线粒粒体体DNA复复制制低低保保真真度度的的复复制制起起始始引引发发,引引物物酶酶活活性性功功能能+-3 5 核核酸酸外外切切酶酶活活性性高高高高高高?中中5 3 聚聚合合活活性性25.512.514.04.016.5分分子子量量(kD)DNA-pol填填补补引引物物空空隙隙,切切除除修修复复
13、,重重组组延延长长子子链链的的主主要要酶酶,解解螺螺旋旋酶酶活活性性线线粒粒体体DNA复复制制低低保保真真度度的的复复制制起起始始引引发发,引引物物酶酶活活性性功功能能+-3 5 核核酸酸外外切切酶酶活活性性高高高高高高?中中5 3 聚聚合合活活性性25.512.514.04.016.5分分子子量量(kD)DNA-pol三、核酸外切酶的校读活性和碱基选择三、核酸外切酶的校读活性和碱基选择功能是复制保真性的酶学依据功能是复制保真性的酶学依据 复制按照碱基配对规律进行,是遗传信息能复制按照碱基配对规律进行,是遗传信息能准确传代的基本原理。准确传代的基本原理。 此外还需酶学的机制来保证复制的保真性。
14、此外还需酶学的机制来保证复制的保真性。A:DNA-pol的外切酶活性切除错配碱基;并用其聚合活的外切酶活性切除错配碱基;并用其聚合活性掺入正确配对的底物。性掺入正确配对的底物。B:碱基配对正确,:碱基配对正确, DNA-pol不表现活性。不表现活性。DNA pol 的校读功能的校读功能遵守严格的碱基配对规律;遵守严格的碱基配对规律;聚合酶在复制延长时对碱基的选择功能;聚合酶在复制延长时对碱基的选择功能;复制出错时复制出错时DNA-pol的及时校读功能。的及时校读功能。nDNA复制的保真性至少要依赖三种机制:复制的保真性至少要依赖三种机制:四、复制中的分子解链伴有四、复制中的分子解链伴有DNA
15、分子拓扑学变化分子拓扑学变化DNA分子的碱基埋在双螺旋内部,只有把分子的碱基埋在双螺旋内部,只有把DNA解成单链,它才能起模板作用。解成单链,它才能起模板作用。E. Coli 基因图基因图(一)多种酶参与(一)多种酶参与DNA解链和稳定单链状态解链和稳定单链状态理顺理顺DNA链链拓扑异构酶拓扑异构酶 (gyrA, B)稳定已解开的单链稳定已解开的单链单链单链DNA结合蛋白结合蛋白SSB催化催化RNA引物生成引物生成引物酶引物酶DnaG (dnaG)运送和协同运送和协同DnaBDnaC (dnaC)解开解开DNA双链双链解螺旋酶解螺旋酶DnaB (dnaB)辨认起始点辨认起始点DnaA (dna
16、A)蛋白质(基因)蛋白质(基因)通用名通用名功能功能原核生物复制起始的相关蛋白质原核生物复制起始的相关蛋白质解螺旋酶解螺旋酶(helicase)利用利用ATP供能,作用于供能,作用于氢键,使氢键,使DNA双链解开成为两条单链。双链解开成为两条单链。DnaB引物酶引物酶(primase) 复制起始时催化生成复制起始时催化生成RNA引物的酶。引物的酶。单链单链DNA结合蛋白结合蛋白(single stranded DNA binding protein, SSB) 在复制中维持模板处于单链状在复制中维持模板处于单链状态并保护单链的完整态并保护单链的完整;单链有利于复制,但容易降解单链有利于复制,但
17、容易降解 ; SSB通过不断的结合、脱离来发挥作用;通过不断的结合、脱离来发挥作用; 108局部解链后局部解链后(二)(二)DNA拓扑异构酶改变拓扑异构酶改变DNA超螺旋状态、超螺旋状态、理顺理顺DNA链链n复制过程正超螺旋的形成:复制过程正超螺旋的形成:解链过程中正超螺旋的形成解链过程中正超螺旋的形成 既能水解既能水解 、又能连接磷酸二酯键。、又能连接磷酸二酯键。 拓扑异构酶拓扑异构酶拓扑异构酶拓扑异构酶n拓扑异构酶分类:拓扑异构酶分类:n拓扑异构酶作用特点:拓扑异构酶作用特点:拓扑异拓扑异构酶构酶切断切断DNA双链中双链中一股一股链,使链,使DNA解链旋转不致打结;适当时候封解链旋转不致打
18、结;适当时候封闭切口,闭切口,DNA变为松弛状态变为松弛状态。反应反应不需不需ATP。拓扑异拓扑异构酶构酶切断切断DNA分子分子两股两股链,断端通过链,断端通过切口旋转使超螺旋松弛。切口旋转使超螺旋松弛。利用利用ATP供能,连接断端,供能,连接断端, DNA分子进入负超螺旋状态。分子进入负超螺旋状态。n作用机制:作用机制:n拓扑酶的作用方式:拓扑酶的作用方式:五、五、DNA连接酶连接连接酶连接DNA双链中的双链中的单链缺口单链缺口连接连接DNA链链3 -OH末端和相邻末端和相邻DNA链链5 -P末端,使二者生成磷酸二酯键,从而把两段相末端,使二者生成磷酸二酯键,从而把两段相邻的邻的DNA链连接
19、成一条完整的链。链连接成一条完整的链。n DNA连接酶连接酶(DNA ligase)作用方式:作用方式:POO-O-OHO5POO-O-O335DNA连接酶连接酶ATPADP5353nDNA连接酶的作用:连接酶的作用:连接双链间的单链缺口连接双链间的单链缺口。 DNA连接酶在复制中起最后接合缺口的连接酶在复制中起最后接合缺口的作用。作用。 在在DNA修复、重组及剪接中也起缝合缺修复、重组及剪接中也起缝合缺口作用。口作用。 也是基因工程的重要工具酶之一。也是基因工程的重要工具酶之一。n功能:功能:提供核糖提供核糖3 -OH提供提供5 -P结果结果DNA聚合酶聚合酶引物或延长中的引物或延长中的新链
20、新链游离游离dNTP去去PPi(dNMP)n+1连接酶连接酶复制中不连续的两条单链复制中不连续的两条单链不连续不连续连续链连续链拓扑酶拓扑酶切断、整理后的两链切断、整理后的两链改变拓扑状态改变拓扑状态DNA聚合酶,拓扑酶和连接酶催化聚合酶,拓扑酶和连接酶催化3 ,5 -磷酸二酯键生成的比较磷酸二酯键生成的比较 参与参与DNA复制的主要成员复制的主要成员主要成员主要成员主要作用主要作用DnaA 识别复制起始位点识别复制起始位点解螺旋酶解螺旋酶 解开解开DNA双链双链SSB 维持已解开单链维持已解开单链DNA的稳定的稳定引物酶引物酶 合成合成RNA引物引物TOPO 使打结、缠绕、正超螺旋的使打结、
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