RNA生物合成和加工8(PPT)课件.ppt
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- PPT RNA 生物 合成 加工 课件
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1、遗传信息传递的遗传信息传递的 中心法则中心法则蛋白质蛋白质翻译翻译转录转录逆转录逆转录复制复制复制复制DNARNA第一节第一节 DNADNA指导下指导下RNARNA的合成的合成 转录(转录(transcriptiontranscription):生物体以):生物体以DNADNA为模板合为模板合成成RNARNA的过程,转录是通过的过程,转录是通过DNADNA的指导下的的指导下的RNARNA聚合酶聚合酶的催化实现的。经转录生成的的催化实现的。经转录生成的RNARNA有多种,主要的是有多种,主要的是rRNArRNA,tRNAtRNA,mRNAmRNA,snRNA snRNA 和和 scRNAscRN
2、A。 转录从转录从DNADNA模板的特定位点开始,并在一定的位点模板的特定位点开始,并在一定的位点终止终止, ,此转录区域为一个此转录区域为一个转录单位转录单位。 转录的起始是有转录的起始是有DNADNA的的启动子启动子(promoter)promoter)控制的,控制的,控制中止的部位称控制中止的部位称中止子中止子(terminator)terminator)。1. DNA1. DNA指导的指导的RNARNA聚合酶聚合酶反应式反应式: n1ATP RNA polymerase n2GTP n3CTP DNA, Mg2+(or Mn2 +) n4TTP RNA +(n1+n2+n3+n4)PP
3、i从聚合反应的化学本质、极性和模板的使用这三方面来说,转录从聚合反应的化学本质、极性和模板的使用这三方面来说,转录与复制是相同的。但是,也存在三个主要不同点:与复制是相同的。但是,也存在三个主要不同点: A A转录中不需要转录中不需要RNARNA引物、以引物、以4 4种三磷酸核糖核苷(种三磷酸核糖核苷(NTPNTP)为)为 底物底物 ; B B转录反应一般只用一小段转录反应一般只用一小段DNADNA做模板;做模板; C C在转录区,一般都只有一条在转录区,一般都只有一条DNADNA链可以作为模板。链可以作为模板。 启动子启动子 终止子终止子 模板链(负链,反意义链)模板链(负链,反意义链)编码
4、链(正链,有意义链)编码链(正链,有意义链)非信息区非信息区5 5 5 5 3 3 3 3 两股两股DNADNA单链中只有一股可转录单链中只有一股可转录, ,可作为模板转录成可作为模板转录成RNARNA的一股称为模板链的一股称为模板链, ,对应的一股互补链称为编码对应的一股互补链称为编码链。能转录出链。能转录出mRNAmRNA然后指导蛋白质合成的部分称为然后指导蛋白质合成的部分称为结构基因。其余的结构基因。其余的DNADNA可能转录可能转录(rRNA,tRNA),(rRNA,tRNA),也可能也可能不转录。不转录。不对称转录不对称转录:DNA:DNA分子上一股可转录分子上一股可转录, ,另一股
5、不转录另一股不转录; ;模板链并非永远在同一单链上。模板链并非永远在同一单链上。大肠杆菌大肠杆菌RNARNA聚合酶(聚合酶(456 kD)456 kD) 核心酶核心酶( (2 2 ) )起始因子起始因子 酶的装配与启动子上游元件和活化因子结合酶的装配与启动子上游元件和活化因子结合 识别启动子,促进转录的起始识别启动子,促进转录的起始w -?w -?全酶全酶( (2 2 ) ) w w2 Zn结合核苷酸底物结合核苷酸底物催化磷酸二酯键形成催化磷酸二酯键形成和模板和模板DNA结合结合催化中心催化中心转录泡,转录泡,17bp17bp杂交体,杂交体,8bp8bp酶的移动方向酶的移动方向大肠杆菌大肠杆菌
6、RNA聚合酶进行的转录聚合酶进行的转录RNARNA合成过程合成过程起始起始双链双链DNA局部解开局部解开磷酸二酯磷酸二酯键形成键形成终止阶段终止阶段解链区到达解链区到达基因终点基因终点延长阶段延长阶段5 3 RNA 启动子启动子(promoter) 终止子终止子(terminator)5 RNA聚合酶聚合酶 5 3 5 3 5 5 3 NusA离开离开识别识别NusA真核生物的真核生物的RNARNA聚合酶聚合酶 三种三种RNARNA聚合酶聚合酶,它们专一地转录它们专一地转录不同的基因不同的基因, ,其转录过程和产物各不相同。三其转录过程和产物各不相同。三种种RNARNA聚合酶对鹅膏覃碱的敏感性
7、反应不同聚合酶对鹅膏覃碱的敏感性反应不同。 snRNA U6, scRNAr r 5s-rRNA2.启动子和转录因子启动子和转录因子启动子启动子( promoter)( promoter)是指是指RNARNA聚合酶识别、结合和开聚合酶识别、结合和开始转录的一段始转录的一段DNADNA序列。序列。 RNARNA聚合酶起始转录需要的聚合酶起始转录需要的辅助因子(蛋白质)称为转录因子辅助因子(蛋白质)称为转录因子(transcriptional (transcriptional factor)factor)。 利用足迹法利用足迹法(footprint)(footprint)和和DNADNA测序法可以
8、确定测序法可以确定启动子的序列结构。启动子的序列结构。 足迹法确定足迹法确定启动子序列启动子序列大肠杆菌启动子共有序列大肠杆菌启动子共有序列 AGTCTTGACA TAT ATAAAT AACTGT TTA Pribnow框框-10-35识别区识别区16-19bp5-9bp起点频度:频度: T89 A95 T45 A60 A50 T95有助于有助于DNA局部双链解开局部双链解开提供了提供了RNA聚合聚合 酶识别的信号酶识别的信号频度:频度:T82 T84 G78 A65 C54 A45 真核启动子真核启动子v分为类型分为类型I I、IIII、IIIIII,分别由,分别由RNA pol IRNA
9、 pol I、IIII、IIIIII进行转录。进行转录。v类型类型I I、IIIIII启动子种类有限,分别控制启动子种类有限,分别控制rRNArRNA前前体基因和小分子体基因和小分子RNARNA的转录。的转录。类型类型I(RNA聚合酶聚合酶I)启动子启动子控制控制rRNArRNA前体基因的转录,转录产物经加工后前体基因的转录,转录产物经加工后生成各种成熟的生成各种成熟的rRNArRNA。类型类型I启动子由两部分保守序列组成:启动子由两部分保守序列组成:核心启动子核心启动子位于转录起始点附近(位于转录起始点附近(4520)。)。上游控制元件(上游控制元件(UCE)位于位于180107。两部分都富
10、含两部分都富含GC。 RNA聚合酶聚合酶I的转录还需要两种辅助因子参与的转录还需要两种辅助因子参与: UBF1: 可结合在两部分富含可结合在两部分富含GC区区 SL1:四聚体,含四聚体,含TBP和和3个转录辅助因子个转录辅助因子TAFI, 结合在结合在UBF1上上, SL1 类似于细菌的类似于细菌的 因子。因子。 类型类型II启动子启动子v 类型类型IIII启动子涉及众多蛋白质基因的表达控启动子涉及众多蛋白质基因的表达控制。包括制。包括4 4类控制元件:类控制元件: 基本启动子基本启动子 起始子起始子 上游元件上游元件 应答元件应答元件由相应的转录因子识别。由相应的转录因子识别。v 基本启动子
11、序列中心在基本启动子序列中心在-25-25至至-30-30左右,左右,7bp7bp保保守区。称守区。称TATATATA框(框(TATA boxTATA box)或)或Goldberg-Goldberg-HognessHogness框。框。 A A63 63 A A6060 T T8282A A9797T T93 93 A A8585A A8282 A A37 37 T T3737通用(基本)转录因子通用(基本)转录因子 通用转录因子(通用转录因子(TFIITFII): :指在启动子部位与指在启动子部位与RNARNA聚合酶聚合酶IIII形成起始复合物(形成起始复合物(作用于基本启动作用于基本启动
12、子子),启动转录的蛋白质因子,含量丰富,种),启动转录的蛋白质因子,含量丰富,种类较少类较少 。为所有类型。为所有类型IIII启动子起始转录所必需启动子起始转录所必需。 转录因子转录因子 亚基数亚基数 分子量分子量 功能功能 TATA TATA框是框是RNA Pol IIRNA Pol II和通用因子形成起始复和通用因子形成起始复合物的主要装配点。转录的起始位点处有一保守合物的主要装配点。转录的起始位点处有一保守序列称起始子(序列称起始子(initiator, Inr)initiator, Inr), DNADNA在此解在此解开并开始转录,其共有序列为:开并开始转录,其共有序列为: P Py
13、y P Py yAN PAN Py y P Py yT TA A+1+1RNARNA聚合酶聚合酶IIII和转录因子在启动子上的装配和转录因子在启动子上的装配(TATA binding protein)(TATA binding protein)CAAT框框 中心在中心在-75-75处,处,9bp9bp,共有序列,共有序列GGTGGT(G G)CAATCAATCTCT功能:与功能:与RNARNA聚合酶结合聚合酶结合 GC框框 在在CAATCAAT框上游,序列框上游,序列GGGCGGGGGCGG,与某些转录因子结,与某些转录因子结合。合。 CAATCAAT和和GCGC框均为上游序列,对转录的起始频
14、率框均为上游序列,对转录的起始频率有较大影响。有较大影响。上游调控元件上游调控元件类别类别IIIIII启动子(为启动子(为RNA pol IIIRNA pol III所识别)所识别) 涉及小分子涉及小分子RNARNA,如:,如:5S5S和和tRNAtRNA,scRNAscRNA的转的转录。它位于转录起始点下游,也就是基因内部。录。它位于转录起始点下游,也就是基因内部。5SrRNA5SrRNA基因基因boxA boxA 中间元件中间元件 boxBboxBboxA boxBboxA boxB 腺病毒腺病毒VARNAVARNA基因基因 先由先由TFIIIATFIIIA结合到结合到boxA,boxA,
15、然后促使然后促使TFIIICTFIIIC结合,结合,后者结合导致后者结合导致TFIIIBTFIIIB结合到转录起始点附近,并结合到转录起始点附近,并引导引导RNA pol III RNA pol III 结合在起点上。结合在起点上。+55 +80+55 +803. 3. 终止子和终止因子终止子和终止因子提供转录停止信号的提供转录停止信号的DNADNA序列称为终止子序列称为终止子( terminator)( terminator)。协助。协助RNARNA聚合酶识别终止信号的辅聚合酶识别终止信号的辅助因子(蛋白质)则称为终止因子助因子(蛋白质)则称为终止因子 (termination (termi
16、nation factor)factor)。有的终止信号的作用可被特异的因子所阻。有的终止信号的作用可被特异的因子所阻止,使止,使RNARNA聚合酶得以越过终止子继续转录,这称为聚合酶得以越过终止子继续转录,这称为通读通读(readthrough)(readthrough),这类引起抗终止作用的蛋白质,这类引起抗终止作用的蛋白质称为抗终止因子称为抗终止因子(antitermination factor)(antitermination factor)。 大肠杆菌两类终止子的回文结构大肠杆菌两类终止子的回文结构A. A. 不依赖于不依赖于RhoRho( )的终止子的终止子B. B. 依赖于依赖于
17、RhoRho( )的终止子的终止子富含富含G-CG-C系列系列U U4. RNA4. RNA生物合成的抑制剂生物合成的抑制剂l核苷酸合成抑制剂核苷酸合成抑制剂碱基和核苷酸类似物:碱基和核苷酸类似物:8-8-氮鸟嘌呤、氮鸟嘌呤、5-5-氟脲嘧啶氟脲嘧啶烷化剂:烷化剂:氮芥、磺酸酯、氮丙啶等氮芥、磺酸酯、氮丙啶等放线菌素:放线菌素放线菌素:放线菌素D D嵌合剂:溴乙锭嵌合剂:溴乙锭l与与DNADNA模板结合的抑制剂模板结合的抑制剂lRNARNA聚合酶的抑制剂聚合酶的抑制剂抗菌素抗菌素: :如利福平、曲张霉素如利福平、曲张霉素肽类化合物:肽类化合物: - -鹅膏蕈碱鹅膏蕈碱第二节第二节 RNARNA
18、转录后的加工转录后的加工细胞内由细胞内由RNARNA聚合酶合成的原初转录产物往往聚合酶合成的原初转录产物往往需要经过一系列的变化,包括链的裂解、需要经过一系列的变化,包括链的裂解、 55 、33端的切除和特殊结构的形成、核苷酸的修饰和糖苷端的切除和特殊结构的形成、核苷酸的修饰和糖苷键的变化、以及拼接和编辑等过程,才能转变成为键的变化、以及拼接和编辑等过程,才能转变成为成熟的成熟的RNARNA分子分子, ,这一过程总称之为这一过程总称之为RNARNA的成熟或转录的成熟或转录后加工(后加工(post-transcriptional processing)post-transcriptional p
19、rocessing) 细胞内的细胞内的tRNAtRNA、rRNArRNA相对稳定,半衰期一般相对稳定,半衰期一般为几个小时。所有的为几个小时。所有的tRNAtRNA、rRNArRNA都不是原初转都不是原初转录产物,都要经过一系列的加工才能成为有活录产物,都要经过一系列的加工才能成为有活性的分子。性的分子。v 原初转录产物的原初转录产物的55是三磷酸(是三磷酸(pppGpppG、pppApppA),), 而成熟的而成熟的tRNAtRNA、rRNA rRNA ,55是单磷酸。是单磷酸。v 成熟成熟 tRNAtRNA、rRNArRNA分子都比原初转录物小。分子都比原初转录物小。v 所有的所有的tRN
20、AtRNA分子,都有原初转录物所没有的稀分子,都有原初转录物所没有的稀有碱基(有碱基(A A、G G、C C、U U以外的碱基)。以外的碱基)。v 真核的真核的mRNAmRNA多为单顺反子,含有多内含子。寿多为单顺反子,含有多内含子。寿命比原核命比原核mRNAmRNA的长。在原初转录物中,通过的长。在原初转录物中,通过RNARNA拼接反应而被去除的拼接反应而被去除的RNARNA序列。序列。v原核原核mRNAmRNA为多顺反子,半衰期只有几分钟,一经为多顺反子,半衰期只有几分钟,一经转录即直接进行翻译,一般不需加工。但少数多转录即直接进行翻译,一般不需加工。但少数多顺反子顺反子mRNAmRNA需
21、经过核酸内切酶作用,切成较小的需经过核酸内切酶作用,切成较小的单位后再进行转录,如:核糖体大亚基蛋白单位后再进行转录,如:核糖体大亚基蛋白L10L10和和L7/L12L7/L12与与RNA Pol RNA Pol , 亚基基因组成的混亚基基因组成的混合操纵子。合操纵子。1. 原核生物原核生物RNA的加工的加工 rRNA前体的加工前体的加工 在原核生物中,在原核生物中,rRNArRNA基因与某些基因与某些tRNAtRNA基因组成混基因组成混合操纵子,可提高效率、节省空间(增加有效信合操纵子,可提高效率、节省空间(增加有效信息)。其它的息)。其它的tRNAtRNA基因也成簇存在,并与编码蛋白基因也
22、成簇存在,并与编码蛋白质的基因组成操纵子,它们在形式多顺反子转录物质的基因组成操纵子,它们在形式多顺反子转录物后,断裂成为后,断裂成为rRNArRNA和和tRNAtRNA的前体,然后进一步加工的前体,然后进一步加工成熟。成熟。 E.coli E.coli共有三种共有三种rRNArRNA 5S rRNA 5S rRNA、16S rRNA16S rRNA、23S rRNA 23S rRNA rRNA rRNA原初转录物含原初转录物含63006300个核苷酸,约个核苷酸,约30S30S。 E.coliE.coli有有7 7个个rRNArRNA的转录单位(操纵子),它们的转录单位(操纵子),它们分散在
23、基因组的各处。每个转录单位由分散在基因组的各处。每个转录单位由16SrRNA16SrRNA、23SrRNA23SrRNA、5SrRNSA5SrRNSA以及一个或几个以及一个或几个tRNAtRNA基因所组基因所组成。每个操纵子中成。每个操纵子中tRNAtRNA基因的种类、数量和位置基因的种类、数量和位置都各不相同。都各不相同。甲基化作用甲基化作用专一核酸内切酶专一核酸内切酶30S30S前体前体P16P16pre-tRNApre-tRNAP23P23专一核酸外切酶专一核酸外切酶16S 16S rRNArRNAtRNAtRNA23S 23S rRNArRNA5S 5S rRNArRNA专一核酸外切酶
24、专一核酸外切酶大肠杆菌大肠杆菌rRNA前体的加工前体的加工P5P5RNaseERNaseE16S 16S rRNArRNAtRNAtRNA23S 23S rRNArRNA5S 5S rRNArRNA甲基化甲基化E EIII IIII IIIIIIIIIIIII原核原核tRNA前体的加工前体的加工 E.coliE.coli染色体基因组有染色体基因组有6060个个tRNAtRNA基因,即某种基因,即某种a.a.a.a.的的tRNAtRNA基因不止一个拷贝。基因不止一个拷贝。tRNAtRNA基因大多成簇存在,基因大多成簇存在,或与或与rRNArRNA基因,或与蛋白质基因组成混合转录单位。基因,或与蛋
25、白质基因组成混合转录单位。tRNAtRNA前体加工步骤:前体加工步骤:v 核酸内切酶核酸内切酶(RNaseP(RNaseP、RNaseF)RNaseF)在在tRNAtRNA两端切断。两端切断。v 核酸外切酶核酸外切酶(RNaseD)(RNaseD)从从33端逐个切去附加序列。端逐个切去附加序列。v 在在tRNA3tRNA3端加上端加上-CCA-OH-CCA-OH。v 核苷的修饰(修饰酶核苷的修饰(修饰酶):):甲基化酶甲基化酶/S-/S-腺苷蛋氨酸腺苷蛋氨酸(SAMSAM),假尿苷合成酶。),假尿苷合成酶。tRNAtRNA前体分子的加工前体分子的加工a a、切除、切除tRNAtRNA前体两端多
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