DNA的生物合成5课件.ppt
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- DNA 生物 合成 课件
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1、目目 录录DNA的生物合成的生物合成( (复制复制) )DNA Biosynthesis,Replication 第第 十十 章章目目 录录复制复制( (replication)是指遗传物质的传代,以母链是指遗传物质的传代,以母链DNA为模板为模板合成子链合成子链DNA的过程。的过程。复制复制亲代亲代DNA子代子代DNA目目 录录复制的基本规律复制的基本规律Basic Rules of DNA Replication 第一节第一节目目 录录l复制的方式复制的方式半保留复制半保留复制(semi-conservative replication)l复制的高保真性复制的高保真性(high fidel
2、ity) l双向复制双向复制(bidirectional replication)l半不连续复制半不连续复制(semi-discontinuous replication) 目目 录录一、半保留复制的实验依据和意义一、半保留复制的实验依据和意义 DNA生物合成时,母链生物合成时,母链DNA解开为两解开为两股单链,各自作为模板股单链,各自作为模板(template)按碱基配对按碱基配对规律,合成与模板互补的子链。子代细胞的规律,合成与模板互补的子链。子代细胞的DNA,一股单链从亲代完整地接受过来,另,一股单链从亲代完整地接受过来,另一股单链则完全从新合成。两个子细胞的一股单链则完全从新合成。两个
3、子细胞的DNA都和亲代都和亲代DNA碱基序列一致。这种复制碱基序列一致。这种复制方式称为方式称为半保留复制半保留复制。半保留复制的概念半保留复制的概念AGGTACTGCCACTGGTCCATGACGGTGACCCCACTGGGGTGACCAGGTACTGTCCATGACTCCATGACAGGTACTGAGGTACTGCCACTGGTCCATGACGGTGACCAGGTACTGCCACTGGTCCATGACGGTGACC+母链母链DNA 复制过程中形成复制过程中形成的复制叉的复制叉子代子代DNA 目目 录录目目 录录子链继承母链遗传信息的几种可能方式子链继承母链遗传信息的几种可能方式 全保留式全
4、保留式 半保留式半保留式 混合式混合式 目目 录录密度梯度实验密度梯度实验 实验结果支持实验结果支持半保留复制半保留复制的设想。的设想。含重氮含重氮-DNA的细菌的细菌培养于普培养于普通培养液通培养液 第一代第一代继续培养于继续培养于普通培养液普通培养液 第二代第二代梯度离心结果梯度离心结果目目 录录按半保留复制方式,子代按半保留复制方式,子代DNA与亲代与亲代DNA A的的碱基序列一致碱基序列一致,即子代保留了亲代的全部遗,即子代保留了亲代的全部遗传信息,体现了遗传的传信息,体现了遗传的保守性保守性。半保留复制的意义半保留复制的意义遗传的保守性,是物种稳定性的分子基础,遗传的保守性,是物种稳
5、定性的分子基础,但但不是绝对的不是绝对的。目目 录录原核生物复制时,原核生物复制时,DNA从从起始点起始点(origin)向两个方向解链,形成两个延伸方向相反的向两个方向解链,形成两个延伸方向相反的复制叉,称为复制叉,称为双向复制双向复制。 二、双向复制二、双向复制复制中的放射自显影图象复制中的放射自显影图象目目 录录A. 环状双链环状双链DNA及复制起始点及复制起始点B. 复制中的两个复制叉复制中的两个复制叉C. 复制接近终止点复制接近终止点(termination, ter)oriterA B C目目 录录真核生物每个染色体有多个起始点,是多真核生物每个染色体有多个起始点,是多复制子的复制
6、。复制子的复制。习惯上把两个相邻起始点之间的距离定为习惯上把两个相邻起始点之间的距离定为一个一个复制子复制子(replicon) 。复制子是独立完成复。复制子是独立完成复制的功能单位。制的功能单位。 目目 录录53oriorioriori535533553复制子复制子3目目 录录三、复制的半不连续性三、复制的半不连续性3 5 3 5 解链方向解链方向3 5 3 3 5 领头链领头链(leading strand)随从链随从链(lagging strand)目目 录录顺着解链方向生成的子链,复制是连续进行的,顺着解链方向生成的子链,复制是连续进行的,这股链称为这股链称为领头链领头链。另一股链因为
7、复制的方向与解链方向相反,不能另一股链因为复制的方向与解链方向相反,不能顺着解链方向连续延长,这股不连续复制的链称顺着解链方向连续延长,这股不连续复制的链称为为随从链随从链。复制中的不连续片段称为。复制中的不连续片段称为岡崎片段岡崎片段(okazaki fragment)。 领头链连续复制而随从链不连续复制,就是复制领头链连续复制而随从链不连续复制,就是复制的的半不连续性半不连续性。 目目 录录 DNA复制的酶学复制的酶学The Enzymology of DNA Replication第二节第二节目目 录录参与参与DNA复制的物质复制的物质 底物底物(substrate): dATP, dG
8、TP, dCTP, dTTP聚合酶聚合酶(polymerase): 依赖依赖DNA的的DNA聚合酶,简写聚合酶,简写 为为 DNA-pol模板模板(template) : 解开成单链的解开成单链的DNA母链母链引物引物(primer): 提供提供3 -OH末端使末端使dNTP可以依次聚合可以依次聚合 其他的酶和蛋白质因子其他的酶和蛋白质因子一、复制的化学反应一、复制的化学反应 (dNMP)n + dNTP (dNMP)n+1 + PPi 目目 录录目目 录录聚合反应的特点聚合反应的特点DNA 新链生成需新链生成需引物引物和和模板模板; 新链的延长只可沿新链的延长只可沿5 3 方向进行方向进行
9、。目目 录录二、二、DNA聚合酶聚合酶全称:全称:依赖依赖DNA的的DNA聚合酶聚合酶 (DNA-dependent DNA polymerase)简称:简称:DNA-pol活性:活性:1. 53 的聚合活性的聚合活性2. 核酸外切酶活性核酸外切酶活性5 A G C T T C A G G A T A 3 | | | | | | | | | | |3 T C G A A G T C C T A G C G A C 5 3 5 外切酶活性外切酶活性 5 3 外切酶活性外切酶活性?能切除突变的能切除突变的 DNA片段。片段。能辨认错配的碱基对,并将其水解。能辨认错配的碱基对,并将其水解。 核酸外切
10、酶活性核酸外切酶活性 目目 录录目目 录录(一)原核生物的(一)原核生物的DNA聚合酶聚合酶DNA-pol DNA-pol DNA-pol 目目 录录(一)原核生物的(一)原核生物的DNA聚合酶聚合酶可能可能不可能不可能可能可能基因突变后的致死性基因突变后的致死性无无无无有有5 3 核酸外切酶活性核酸外切酶活性20?400分子数分子数/细胞细胞多亚基不对称多亚基不对称二聚体二聚体?单肽链单肽链组成组成250120109分子量分子量(kD)DNA-pol IIIDNA-pol IIDNA-pol I可能可能不可能不可能可能可能基因突变后的致死性基因突变后的致死性无无无无有有5 3 核酸外切酶活性
11、核酸外切酶活性20?400分子数分子数/细胞细胞多亚基不对称多亚基不对称二聚体二聚体?单肽链单肽链组成组成250120109分子量分子量(kD)DNA-pol IIIDNA-pol IIDNA-pol I目目 录录功能功能:对复制中的错误进行校读,对复制和对复制中的错误进行校读,对复制和修复中出现的空隙进行填补。修复中出现的空隙进行填补。DNA-pol (109kD)目目 录录323个氨基酸个氨基酸小片段小片段5 核酸外切酶活性核酸外切酶活性大片段大片段/Klenow 片段片段 604个氨基酸个氨基酸DNA聚合酶活性聚合酶活性 5 核酸外切酶活性核酸外切酶活性N 端端C 端端木瓜蛋白酶木瓜蛋白
12、酶DNA-pol Klenow片段是实验室合成片段是实验室合成DNA,进行,进行分子生物学研究中常用的工具酶。分子生物学研究中常用的工具酶。 目目 录录DNA-pol (120kD) DNA-pol II基因发生突变,细菌依然能存活。基因发生突变,细菌依然能存活。 它参与它参与DNA损伤的应急状态修复。损伤的应急状态修复。 目目 录录功能功能是原核生物复制延长中真正起催化作用的酶。是原核生物复制延长中真正起催化作用的酶。 DNA-pol (250kD)目目 录录(二)真核生物的(二)真核生物的DNADNA聚合酶聚合酶DNA-pol 起始引发,有引物酶活性。起始引发,有引物酶活性。延长子链的主要
13、酶,有解螺旋酶活性。延长子链的主要酶,有解螺旋酶活性。参与低保真度的复制参与低保真度的复制 。在复制过程中起校读、修复和填补缺在复制过程中起校读、修复和填补缺口的作用。口的作用。在在线粒体线粒体DNA复制中起催化作用。复制中起催化作用。DNA-pol DNA-pol DNA-pol DNA-pol 目目 录录(二)真核生物的(二)真核生物的DNA聚合酶聚合酶填补引物填补引物空隙,切空隙,切除修复,除修复,重组重组延长子延长子链的主链的主要酶,要酶,解螺旋解螺旋酶活性酶活性线粒体线粒体DNA复复制制低保低保真度真度的复的复制制起始引起始引发,引发,引物酶活物酶活性性功能功能+-3 5 核酸外切核
14、酸外切酶活性酶活性高高高高高高?中中5 3 聚合活性聚合活性25.512.514.04.016.5分子量(分子量(kD)DNA-pol填补引物填补引物空隙,切空隙,切除修复,除修复,重组重组延长子延长子链的主链的主要酶,要酶,解螺旋解螺旋酶活性酶活性线粒体线粒体DNA复复制制低保低保真度真度的复的复制制起始引起始引发,引发,引物酶活物酶活性性功能功能+-3 5 核酸外切核酸外切酶活性酶活性高高高高高高?中中5 3 聚合活性聚合活性25.512.514.04.016.5分子量(分子量(kD)DNA-pol目目 录录三、复制保真性的酶学依据三、复制保真性的酶学依据复制按照碱基配对规律进行,是遗传信
15、息能准复制按照碱基配对规律进行,是遗传信息能准确传代的基本原理。确传代的基本原理。复制保真性的酶学机制:复制保真性的酶学机制:(一)(一)DNA-pol的核酸外切酶活性和及时校读的核酸外切酶活性和及时校读 (二)复制的保真性和碱基选择(二)复制的保真性和碱基选择目目 录录(一)(一)DNA-pol的核酸外切酶活性和及时校读的核酸外切酶活性和及时校读A:DNA-pol的外切酶活性切除错配碱基;并用的外切酶活性切除错配碱基;并用其聚合活性掺入正确配对的底物。其聚合活性掺入正确配对的底物。B:碱基配对正确,:碱基配对正确, DNA-pol不表现活性。不表现活性。目目 录录(二)复制的保真性和碱基选择
16、(二)复制的保真性和碱基选择 DNA聚合酶靠其大分子结构协调非共价(氢键)聚合酶靠其大分子结构协调非共价(氢键)与共价(磷酸二酯键)键的有序形成。与共价(磷酸二酯键)键的有序形成。 嘌呤的化学结构能形成顺式和反式构型,与相应嘌呤的化学结构能形成顺式和反式构型,与相应的嘧啶形成氢键配对,嘌呤应处于的嘧啶形成氢键配对,嘌呤应处于反式构型反式构型。 目目 录录1. 遵守严格的碱基配对规律;遵守严格的碱基配对规律;2. 聚合酶在复制延长时对碱基的选择功能;聚合酶在复制延长时对碱基的选择功能;3. 复制出错时复制出错时DNA-pol的及时校读功能。的及时校读功能。DNA复制的保真性至少要依赖三种机制复制
17、的保真性至少要依赖三种机制 目目 录录四、复制中的分子解链及四、复制中的分子解链及DNA 分子分子拓扑学变化拓扑学变化 DNA分子的碱基埋在双螺旋内部,只有把分子的碱基埋在双螺旋内部,只有把DNA解成单链,它才能起模板作用。解成单链,它才能起模板作用。目目 录录(一)解螺旋酶、引物酶和单链(一)解螺旋酶、引物酶和单链DNA结合蛋白结合蛋白理顺理顺DNA链链拓扑异构酶拓扑异构酶 (gyrA, B)稳定已解开的单链稳定已解开的单链单链单链DNA结合蛋白结合蛋白SSB催化催化RNA引物生成引物生成引物酶引物酶DnaG (dnaG)运送和协同运送和协同DnaBDnaC (dnaC)解开解开DNA双链双
18、链解螺旋酶解螺旋酶DnaB (dnaB)辨认起始点辨认起始点DnaA (dnaA)蛋白质(基因)蛋白质(基因)通用名通用名功能功能原核生物复制起始的相关蛋白质原核生物复制起始的相关蛋白质E. Coli 基因图基因图目目 录录目目 录录 解螺旋酶解螺旋酶(helicase)利用利用ATP供能,作用于氢键,使供能,作用于氢键,使DNA双链双链解开成为两条单链解开成为两条单链 引物酶引物酶(primase)复制起始时催化生成复制起始时催化生成RNA引物的酶引物的酶 单链单链DNA结合蛋白结合蛋白(single stranded DNA binding protein, SSB)在复制中维持模板处于单
19、链状态并保护单在复制中维持模板处于单链状态并保护单链的完整链的完整 目目 录录1010 8 8 局部解链后局部解链后(二)(二)DNA拓扑异构酶拓扑异构酶(DNA topoisomerase) 解链过程中正超螺旋的形成解链过程中正超螺旋的形成目目 录录目目 录录拓扑异构酶作用特点拓扑异构酶作用特点既能水解既能水解 、又能连接磷酸二酯键、又能连接磷酸二酯键 拓扑异构酶拓扑异构酶拓扑异构酶拓扑异构酶分分 类类目目 录录拓扑异拓扑异构酶构酶切断切断DNA双链中双链中一股一股链,使链,使DNA解链旋转不致打结;适当时候封解链旋转不致打结;适当时候封闭切口,闭切口,DNA变为松弛状态变为松弛状态。反应反
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