第一节 DNA的生物合成(精品-ppt)课件.ppt
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1、第一节第一节 DNADNA的生物合成的生物合成一一. DNA. DNA的复制的复制复制部位:复制部位:真核生物:真核生物:细胞核细胞核原核生物:原核生物:细胞质的核质区细胞质的核质区( (一一) ) 复制的反应复制的反应n1d ATPn2d CTPn3d GTPn4d TTPDNA聚合酶聚合酶DNA模板模板DNA+(n1+n2+n3+n4) )PPiPPiPPi随即被焦磷酸酶水解,从随即被焦磷酸酶水解,从而推动聚合反应的进行。而推动聚合反应的进行。一一. DNA. DNA的复制的复制( (二二) ) 复制的方式复制的方式 DNA DNA复制时,亲代复制时,亲代DNADNA的双螺旋先解旋并分开,
2、的双螺旋先解旋并分开,然后以每条链为模板,按照碱基配对原则,各形然后以每条链为模板,按照碱基配对原则,各形成一条互补链。这样,从亲代的一个成一条互补链。这样,从亲代的一个DNADNA双螺旋分双螺旋分子复制成两个与亲代的碱基序列完全相同的子代子复制成两个与亲代的碱基序列完全相同的子代DNADNA分子。每个子代分子。每个子代DNADNA分子中,有一条链来自亲分子中,有一条链来自亲代代DNADNA,另一条则是新形成的,这样的复制方式叫,另一条则是新形成的,这样的复制方式叫做做半保留复制半保留复制(semiconservative replication)。半保留复制半保留复制一一. DNA. DNA
3、的复制的复制半保留复制半保留复制( (二二) ) 复制的方式复制的方式一一. DNA. DNA的复制的复制如何证明半保留复制如何证明半保留复制( (二二) ) 复制的方式复制的方式一一. DNA. DNA的复制的复制1958年,年,Meselson 证明:用,证明:用,15NH4Cl唯一氮源唯一氮源培养大肠杆菌,之后,用培养大肠杆菌,之后,用14NH4Cl培养,然后进行培养,然后进行CsCl2进行密度梯度离心。由于进行密度梯度离心。由于15NH4Cl密度大于密度大于14NH4Cl,因此,形成不同区带,经过若干代培养,因此,形成不同区带,经过若干代培养后,两个后,两个14NH4Cl区带增多。区带
4、增多。( (二二) ) 复制的方式复制的方式一一.DNA.DNA的复制的复制半保留复制半保留复制全保留复制( (三三) ) 复制反应复制反应注意点注意点DNA复制除入复制除入DNA聚合酶聚合酶, DNA模板模板, dNTP外外,还需要多种还需要多种蛋白质因子、引物蛋白质因子、引物、Mg2+等等. 一一. DNA. DNA的复制的复制特点:特点:A A 对利福平不敏感对利福平不敏感B B 核糖核酸代替脱氧核糖核酸核糖核酸代替脱氧核糖核酸DNA聚合酶聚合酶催化活性催化活性功功 能能5353聚合聚合 35 35核酸外切核酸外切5353核酸外切核酸外切原原核核生生物物DNADNA聚合聚合酶酶切去引物切
5、去引物RNARNA,补上,补上正确的正确的DNADNA片段片段DNADNA聚合聚合酶酶 与修复有关与修复有关(活性低活性低)DNADNA聚合聚合酶酶负责链的延长负责链的延长(活性高活性高)( (四四) )参与复制的酶和蛋白质参与复制的酶和蛋白质一一.DNA.DNA的复制的复制1. DNA聚合酶(DNA polymease)More than 90 % of the DNA polymerase activity observed in E. coli extracts can be accounted for by DNA polymerase I ( (四四) )参与复制的酶和蛋白质参与复制
6、的酶和蛋白质一一.DNA.DNA的复制的复制DNA polymerase III is much more complex than DNA polymerase I, having ten types of subunits ( (四四) )参与复制的酶和蛋白质参与复制的酶和蛋白质一一.DNA.DNA的复制的复制DNA聚合酶聚合酶催化活性催化活性功功 能能5353聚合聚合3535核酸外切核酸外切5353核酸外切核酸外切真真核核生生物物DNADNA聚合聚合酶酶a a切去引物切去引物RNARNA,补上,补上正确的正确的DNADNA片段片段DNADNA聚合聚合酶酶b b DNADNA聚合聚合酶酶g
7、 g 负责链的延长负责链的延长DNADNA聚合聚合酶酶d d负责先导链的延长负责先导链的延长( (四四) )参与复制的酶和蛋白质参与复制的酶和蛋白质一一.DNA.DNA的复制的复制2. DNA聚合酶(DNA polymease)( (四四) )参与复制的酶和蛋白质参与复制的酶和蛋白质一一.DNA.DNA的复制的复制2. DNA聚合酶(DNA polymease)3535核酸外切核酸外切2. DNA聚合酶(DNA polymease) Every cell contains several different nucleases (核核酸酶酸酶), belonging to two broad
8、classes: exonucleases (核酸外切酶核酸外切酶)and endonucleases (核酸内切酶核酸内切酶). Exonucleases degrade nucleic acids from one end of the molecule. 核酸外切核酸外切Exonucleases degrade nucleic acids from one end of the molecule. Many operate in only the 5 3 or the 35 direction, removing nucleotides only from the 5 or the 3
9、end, respectively, of one strand of a doublestranded nucleic acid or of a single-stranded DNA. ( (四四) )参与复制的酶和蛋白质参与复制的酶和蛋白质一一.DNA.DNA的复制的复制 Endonucleases can begin to degrade at specific internal sites in a nucleic acid strand or molecule, reducing it to smaller and smaller fragments. A few exonucle
10、ases and endonucleases degrade only single-stranded DNA. There are a few important classes of endonucleases that cleave only at specific nucleotide sequences.( (四四) )参与复制的酶和蛋白质参与复制的酶和蛋白质一一.DNA.DNA的复制的复制5353核酸外切核酸外切一一.DNA.DNA的复制的复制( (四四) )参与复制的酶和蛋白质参与复制的酶和蛋白质一一.DNA.DNA的复制的复制DNA Replication Requires M
11、any Enzymes and Protein Factors Replication in E. coli requires not just a single DNA polymerase but 20 or more different enzymes and proteins, each performing a specific task. The entire complex has been termed the DNA replicase system or replisome. The enzymatic complexity of replication reflects
12、the constraints imposed by the structure of DNA and by the requirements for accuracy.( (四四) )参与复制的酶和蛋白质参与复制的酶和蛋白质一一.DNA.DNA的复制的复制DNA Replication Requires Many Enzymes and Protein Factors( (四四) )参与复制的酶和蛋白质参与复制的酶和蛋白质合成合成RNARNA引物,又叫引物,又叫引物合成酶引物合成酶、引发酶。、引发酶。 2. 引物酶(primer) 它以单链它以单链DNADNA为模板,以为模板,以ATPATP
13、、GTPGTP、CTPCTP、UTPUTP为原料,从为原料,从5 5 33 方向合成出方向合成出RNARNA片段,即引物。片段,即引物。一一.DNA.DNA的复制的复制 3. DNA连结酶 (DNA ligase) 催化催化DNA双链中一条链上的缺口(双链中一条链上的缺口(3-OH 与与它下游相邻的核苷酸的它下游相邻的核苷酸的 5-磷酸之间)共价连结(磷酸之间)共价连结(形成磷酸二酯键)。形成磷酸二酯键)。 连结过程需要能量,连结过程需要能量,E.coli 和某些和某些细菌中由细菌中由NAD+提供;提供;动物细胞由动物细胞由ATP提供。提供。( (四四) )参与复制的酶和蛋白质参与复制的酶和蛋
14、白质一一.DNA.DNA的复制的复制( (四四) )参与复制的酶和蛋白质参与复制的酶和蛋白质一一.DNA.DNA的复制的复制 3. DNA连结酶 (DNA ligase) 4. 使DNA双螺旋解开的酶和蛋白质解螺旋酶解螺旋酶(helicase): 将将DNA的两条链打开。每解开一对碱基需要的两条链打开。每解开一对碱基需要水解水解2分子分子ATP。方向为。方向为5-3,大肠杆菌中的解螺,大肠杆菌中的解螺旋酶又叫旋酶又叫rep蛋白,但蛋白,但方向为方向为3-5 。( (四四) )参与复制的酶和蛋白质参与复制的酶和蛋白质一一.DNA.DNA的复制的复制单链结合蛋白单链结合蛋白(SSBP): 与解链后
15、的与解链后的DNA单链结合,阻止其再次形成双单链结合,阻止其再次形成双螺旋。大肠杆菌螺旋。大肠杆菌SSB为为177 aa多肽,以四聚体形多肽,以四聚体形式存在,与式存在,与32个个bp DNA区相结合,结合后的区相结合,结合后的DNA 分子僵硬,不易分子僵硬,不易弯曲,有利于单链弯曲,有利于单链DNA分子的稳分子的稳定,避免核酸酶进攻;同时降低了定,避免核酸酶进攻;同时降低了Tm值,进一步值,进一步促进促进DNA的解链。的解链。( (四四) )参与复制的酶和蛋白质参与复制的酶和蛋白质一一.DNA.DNA的复制的复制 4. 使DNA双螺旋解开的酶和蛋白质旋转酶旋转酶( (gyrase,untwi
16、sting protein) ):催化催化DNADNA的拓扑连环数发生变化。的拓扑连环数发生变化。可分为可分为拓扑异构酶拓扑异构酶和拓扑异构酶和拓扑异构酶。型酶可减少负超螺旋;型酶可减少负超螺旋;型酶可引入负超螺旋(型酶可引入负超螺旋(此时需要此时需要ATPATP提供能量)。具有内切酶和连接酶活力提供能量)。具有内切酶和连接酶活力,参与,参与DNADNA复制前双螺旋的松弛及复制后超螺旋的再复制前双螺旋的松弛及复制后超螺旋的再恢复。恢复。( (四四) )参与复制的酶和蛋白质参与复制的酶和蛋白质一一.DNA.DNA的复制的复制 4. 使DNA双螺旋解开的酶和蛋白质dnabab蛋白蛋白(mobile
17、 promoter):功能:识别功能:识别DNA的合成的起始位置,与引物酶及其的合成的起始位置,与引物酶及其它一些蛋白组成复合体启动它一些蛋白组成复合体启动RNA引物链的合成。引物链的合成。( (四四) )参与复制的酶和蛋白质参与复制的酶和蛋白质一一.DNA.DNA的复制的复制 4. 使DNA双螺旋解开的酶和蛋白质(五)复制的过程(五)复制的过程 复制从特定的位点开始,这一位置叫复制从特定的位点开始,这一位置叫复制原点复制原点。 原核生物的原核生物的DNADNA上一般只有一个复制原点,但在上一般只有一个复制原点,但在迅速生长时期,第一轮复制尚未完成,就在起点处启迅速生长时期,第一轮复制尚未完成
18、,就在起点处启动第二轮复制;动第二轮复制; 真核生物则有多个复制原点,可以同时启动复制真核生物则有多个复制原点,可以同时启动复制过程。过程。 1. 复制的启动一一.DNA.DNA的复制的复制 复制过程的调控主要取决于复制启动的频率,复制过程的调控主要取决于复制启动的频率,而而DNADNA延长的速度大体上是恒定的。由于真核生物延长的速度大体上是恒定的。由于真核生物在多位点上启动复制,所以尽管其在多位点上启动复制,所以尽管其DNADNA比原核生物比原核生物DNADNA大得多,但复制的总速度反而比原核生物快。大得多,但复制的总速度反而比原核生物快。 DNADNA的复制是由引发体识别并结合于复制原点的
19、复制是由引发体识别并结合于复制原点而被启动的,其机理比较复杂,目前还不十分明了而被启动的,其机理比较复杂,目前还不十分明了。 1. 复制的启动(五)复制的过程(五)复制的过程一一.DNA.DNA的复制的复制 2. 复制眼的形成 由于复制原点都是在由于复制原点都是在DNADNA分子的内部,而不是在分子的内部,而不是在末端,所以当复制启动后需要在复制原点处将末端,所以当复制启动后需要在复制原点处将DNADNA双双螺旋局部解链,形成螺旋局部解链,形成“眼状眼状”结构结构 复制眼复制眼。(五)复制的过程(五)复制的过程一一.DNA.DNA的复制的复制复制眼的结构:复制眼的结构:复制眼形成后,其两端的叉
20、子状结构称为复制眼形成后,其两端的叉子状结构称为复制叉复制叉。 2. 复制眼的形成(五)复制的过程(五)复制的过程一一.DNA.DNA的复制的复制(b)复制叉双向复制起点复制叉起点(a)单向复制复制叉 2. 复制眼的形成-双螺旋解开的过程 解螺旋酶使解螺旋酶使DNADNA双螺旋局部解链;双螺旋局部解链; SSBSSB结合到解开的单链上;结合到解开的单链上; 拓扑异构酶拓扑异构酶向向DNADNA中引入负超螺旋,以消除由中引入负超螺旋,以消除由解链产生的扭曲张力解链产生的扭曲张力( (动画动画) )。(五)复制的过程(五)复制的过程一一.DNA.DNA的复制的复制(五)复制的过程(五)复制的过程一
21、一.DNA.DNA的复制的复制端单链穿越带切开的3与另一条连(b)TyrosineNHOPO5HOCRHNCHCH2OPOOOHDNA链OHR2NHHHONNNN(-)(+)结合Top(-)(-)(-)3个负超螺旋O成DNA-磷酸DNA-酶中间物酪氨共价键(L=n)(a)接封口TyrPOH的一条链形切开双链中Top双螺旋DNA35(c)的双链切断后面(+)(-)切断的双链穿起至上面与原断链连接封口(-)(-)Top被解离2个负超螺旋(-)(-)3.3.复制叉的推进复制叉的推进(1)复制叉推进的方式复制叉推进的方式随着复制叉的推进,两条新链的合成方向是不同的:随着复制叉的推进,两条新链的合成方向
22、是不同的:一条链延伸的方向与复制叉前进的方向一致,它的合成一条链延伸的方向与复制叉前进的方向一致,它的合成能连续进行,称为前能连续进行,称为前导链导链;(五)复制的过程(五)复制的过程一一.DNA.DNA的复制的复制3冈崎片段555353前导链另一条链延伸的方向与复制叉前进的方向另一条链延伸的方向与复制叉前进的方向相反,它显然不能被连续合成,需要复制叉推相反,它显然不能被连续合成,需要复制叉推进了一定的长度,有了一段进了一定的长度,有了一段DNA单链后,才能单链后,才能以此为模板合成一个片段。因此这条新链的合以此为模板合成一个片段。因此这条新链的合成是不连续的,而且总晚于先导链,所以称为成是不
23、连续的,而且总晚于先导链,所以称为随后链随后链。(五)复制的过程(五)复制的过程一一.DNA.DNA的复制的复制3.3.复制叉的推进复制叉的推进- -复制叉推进的方式复制叉推进的方式 这种前导链连续合成,随后链断续合成的这种前导链连续合成,随后链断续合成的方式,称为方式,称为半不连续复制。半不连续复制。 随后链中合成的多个随后链中合成的多个DNA片段,称为片段,称为冈崎冈崎片 段片 段 。 冈 崎 片 段 的 长 度 原 核 细 胞 中 约。 冈 崎 片 段 的 长 度 原 核 细 胞 中 约10002000个核苷酸,真核细胞中约个核苷酸,真核细胞中约100200个核苷酸。个核苷酸。(五)复制
24、的过程(五)复制的过程一一.DNA.DNA的复制的复制3.3.复制叉的推进复制叉的推进- -复制叉推进的方式复制叉推进的方式 引物酶引物酶在复制原点附近合成一段在复制原点附近合成一段RNA引物;引物; DNA聚合酶聚合酶 (原核细胞原核细胞)在引物的在引物的3末端逐个添加脱氧核苷酸。末端逐个添加脱氧核苷酸。 随着复制叉的推进,亲代随着复制叉的推进,亲代DNA双螺双螺旋不断被解开,先导链也不断延伸。旋不断被解开,先导链也不断延伸。先导链的合成先导链的合成(五)复制的过程(五)复制的过程一一.DNA.DNA的复制的复制3.3.复制叉的推进复制叉的推进- -复制叉推进的过程复制叉推进的过程随后链的合
25、成随后链的合成引物的合成引物的合成:随后链的每个冈崎片段都需要合成:随后链的每个冈崎片段都需要合成 RNA引物。也是由引物。也是由引物酶引物酶催化。催化。冈崎片段的合成冈崎片段的合成:DNA聚合酶聚合酶(原核细胞原核细胞)在引物的在引物的3末端使末端使DNA链延伸,直至抵达其链延伸,直至抵达其下游的另一个冈崎片段的下游的另一个冈崎片段的RNA引物引物的的5端。端。(五)复制的过程(五)复制的过程一一.DNA.DNA的复制的复制3.3.复制叉的推进复制叉的推进- -复制叉推进的过程复制叉推进的过程随后链的合成随后链的合成冈崎片段的连结冈崎片段的连结:DNA聚合酶聚合酶一面以其一面以其DNA聚合活
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