第12章 DNA的生物合成(HDN).ppt课件.ppt
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1、目录目录第三篇第三篇 基因信息的传递基因信息的传递(复制、(复制、 转录、转录、 翻译)翻译)基因基因:为生物活性产物编码的为生物活性产物编码的DNA功能片段功能片段基因基因三大特征三大特征: 携带遗传信息携带遗传信息 能被复制能被复制 能突变能突变目录目录复制复制翻译翻译 蛋白质蛋白质(病毒)(病毒) RNA(病毒)(病毒)逆转录逆转录转录转录RNA翻译翻译蛋白质蛋白质DNA复制复制中心法则(中心法则(The central dogma)目录目录第第12章章DNA的生物合成的生物合成(DNA Biosynthesis) ( Replication )目录目录复制复制(replication)
2、 是指遗传物质的传代,是指遗传物质的传代,以母链以母链DNA为模板合成子链为模板合成子链DNA的过程。的过程。复制复制亲代亲代DNA子代子代DNA复制的基本规律复制的基本规律Basic Rules of DNA Replication第第 一一 节节目录目录复制的方式复制的方式 半保留复制半保留复制 (semi-conservative replication)双向复制双向复制 (bidirectional replication)半不连续复制半不连续复制 (semi-discontinuous replication) n复制的基本规律复制的基本规律 目录目录一、一、半保留复制半保留复制是是
3、DNA复制的基本特征复制的基本特征 DNA生物合成时,母链生物合成时,母链DNA解开为两股解开为两股单链,各自作为模板单链,各自作为模板(template)按碱基配对规按碱基配对规律,合成与模板互补的子链。子代细胞的律,合成与模板互补的子链。子代细胞的DNA,一股单链从亲代完整地接受过来,另,一股单链从亲代完整地接受过来,另一股单链则完全从新合成。两个子细胞的一股单链则完全从新合成。两个子细胞的DNA都和亲代都和亲代DNA碱基序列一致。这种复制碱基序列一致。这种复制方式称为方式称为半保留复制半保留复制。n半保留复制的概念半保留复制的概念: :AGGTACTGCCACTGGTCCATGACGGT
4、GACCCCACTGGGGTGACCAGGTACTGTCCATGACTCCATGACAGGTACTGAGGTACTGCCACTGGTCCATGACGGTGACCAGGTACTGCCACTGGTCCATGACGGTGACC+母链母链DNA复制过程中形成复制过程中形成的复制叉的复制叉子代子代DNA目录目录n子链继承母链遗传信息的几种可能方式子链继承母链遗传信息的几种可能方式: : 全保留式全保留式 半保留式半保留式 混合式混合式 n密度梯度实验密度梯度实验: : 实验结果支持实验结果支持半保留复制半保留复制的设想。的设想。含重氮含重氮-DNA的细菌的细菌培养于普培养于普通培养液通培养液 第一代第一
5、代继续培养于继续培养于普通培养液普通培养液 第二代第二代梯度离心结果梯度离心结果目录目录按半保留复制方式,子代按半保留复制方式,子代DNA与亲代与亲代DNA A的的碱基序列一致碱基序列一致,即子代保留了亲代的,即子代保留了亲代的全部遗传信息,体现了遗传的全部遗传信息,体现了遗传的保守性保守性。n半保留复制的意义半保留复制的意义: :遗传的保守性,是物种稳定性的分子遗传的保守性,是物种稳定性的分子基础,但基础,但不是绝对的不是绝对的。目录目录原核生物复制时,原核生物复制时,DNA从从起始点起始点(origin)向两个方向解链,形成两个延伸方向相向两个方向解链,形成两个延伸方向相反的复制叉,称为反
6、的复制叉,称为双向复制双向复制。 二、二、DNA复制从起始点向两个方向复制从起始点向两个方向延伸形成延伸形成双向复制双向复制A. 环状双链环状双链DNA及复制起始点及复制起始点B. 复制中的两个复制叉复制中的两个复制叉C. 复制接近终止点复制接近终止点(termination, ter)oriterA B C目录目录真核生物每个染色体有多个起始点,是多复真核生物每个染色体有多个起始点,是多复制子的复制。习惯上把两个相邻起始点之间制子的复制。习惯上把两个相邻起始点之间的距离定为一个的距离定为一个复制子复制子(replicon) 。复制子。复制子是独立完成复制的功能单位。是独立完成复制的功能单位。
7、 53oriorioriori535533553复制复制3目录目录三、三、DNA一股子链复制的方向与解链一股子链复制的方向与解链方向相反导致方向相反导致半不连续复制半不连续复制3 5 3 5 解链方向解链方向3 5 3 3 5 领头链领头链(leading strand)随从链随从链(lagging strand)目录目录顺着解链方向生成的子链,复制是连续进行顺着解链方向生成的子链,复制是连续进行的,这股链称为的,这股链称为领头链领头链(leading strand) 。另一股链因为复制的方向与解链方向相反,另一股链因为复制的方向与解链方向相反,不能顺着解链方向连续延长,这股不连续复不能顺着解
8、链方向连续延长,这股不连续复制的链称为制的链称为随从链随从链(lagging strand) 。复制中的不连续片段称为复制中的不连续片段称为岡崎片段岡崎片段(okazaki fragment)。 领头链连续复制而随从链不连续复制,就是领头链连续复制而随从链不连续复制,就是复制的半不连续性。复制的半不连续性。 目录目录DNA复制的酶学和拓扑学变化复制的酶学和拓扑学变化第第 二二 节节The Enzymology and Topology of DNA Replication目录目录n参与参与DNA复制的物质复制的物质:底物底物(substrate): dATP, dGTP, dCTP, dTTP
9、;(dNTP)聚合酶聚合酶(polymerase): 依赖依赖DNA的的DNA聚合聚合酶,简写为酶,简写为 DNA-pol;模板模板(template): 解开成单链的解开成单链的DNA母链;母链;引物引物(primer): 提供提供3 -OH末端使末端使dNTP可以可以依次聚合;依次聚合;其他的酶和蛋白质因子。其他的酶和蛋白质因子。目录目录一、核苷酸和核苷酸之间生成磷酸二酯键一、核苷酸和核苷酸之间生成磷酸二酯键是复制的基本化学反应是复制的基本化学反应(dNMP)n + dNTP (dNMP)n+1 + PPi目录目录二、二、DNA聚合酶催化核苷酸之间聚合聚合酶催化核苷酸之间聚合 全称:全称:
10、依赖依赖DNA的的DNA聚合酶聚合酶 (DNA- dependent DNA polymerase) 简称:简称:DNA-pol 活性:活性: 1. 53 的聚合活性的聚合活性 2. 核酸外切酶活性核酸外切酶活性 聚合反应的特点聚合反应的特点: : DNA 新链生成需新链生成需引物引物和和模板模板;新链的;新链的延长只可沿延长只可沿5 3 方向进行。方向进行。5 A G C T T C A G G A T A 3 | | | | | | | | | | |3 T C G A A G T C C T A G C G A C 5 3 5 外切酶活性外切酶活性: 5 3 外切酶活性外切酶活性:?能切
11、除突变的能切除突变的 DNA片段。片段。能辨认错配的碱基对,并将其水解。能辨认错配的碱基对,并将其水解。n核酸外切酶活性核酸外切酶活性: : 目录目录(一)原核生物的(一)原核生物的DNA聚合酶分为三型聚合酶分为三型DNA-pol DNA-pol DNA-pol 目录目录原核生物的原核生物的DNADNA聚合酶聚合酶可可 能能不不 可可 能能可可 能能基基 因因 突突 变变 后后 的的 致致 死死 性性无无无无有有5 3 核核 酸酸 外外 切切 酶酶 活活 性性20?400分分 子子 数数 /细细 胞胞多多 亚亚 基基 不不 对对 称称二二 聚聚 体体?单单 肽肽 链链组组 成成25012010
12、9分分 子子 量量 (kD)DNA-polIIIDNA-polIIDNA-polI可可 能能不不 可可 能能可可 能能基基 因因 突突 变变 后后 的的 致致 死死 性性无无无无有有5 3 核核 酸酸 外外 切切 酶酶 活活 性性20?400分分 子子 数数 /细细 胞胞多多 亚亚 基基 不不 对对 称称二二 聚聚 体体?单单 肽肽 链链组组 成成250120109分分 子子 量量 (kD)DNA-polIIIDNA-polIIDNA-polI目录目录n功能:功能:对复制中的错误进行校读,对复制和修复中对复制中的错误进行校读,对复制和修复中出现的空隙进行填补。出现的空隙进行填补。 DNA-po
13、l (109kD)目录目录323个氨基酸个氨基酸小片段小片段5 核酸外切酶活性核酸外切酶活性大片段大片段/Klenow 片段片段 604个氨基酸个氨基酸DNA聚合酶活性聚合酶活性 5 核酸外切酶活性核酸外切酶活性N 端端C 端端木瓜蛋白酶木瓜蛋白酶DNA-pol Klenow片段是实验室合成片段是实验室合成DNA,进行,进行分子生物学研究中常用的工具酶。分子生物学研究中常用的工具酶。 目录目录DNA-pol (120kD) DNA-pol II基因发生突变,细菌依然能存活。基因发生突变,细菌依然能存活。 DNA-pol 对模板的特异性不高,即使在已发对模板的特异性不高,即使在已发生损伤的生损伤
14、的DNA模板上,它也能催化核苷酸聚模板上,它也能催化核苷酸聚合。因此认为,它参与合。因此认为,它参与DNA损伤的应急状态损伤的应急状态修复。修复。目录目录n功能:功能:是原核生物复制延长中真正起催化作用的酶是原核生物复制延长中真正起催化作用的酶 DNA-pol (250kD)目录目录(二)常见的真核细胞(二)常见的真核细胞DNA聚合酶有五种聚合酶有五种DNA-pol 起始引发,有引物酶活性。起始引发,有引物酶活性。延长子链的主要酶,有解螺旋酶活性。延长子链的主要酶,有解螺旋酶活性。参与低保真度的复制。参与低保真度的复制。在复制过程中起校读、修复和填补缺在复制过程中起校读、修复和填补缺口的作用。
15、口的作用。在线粒体在线粒体DNA复制中起催化作用。复制中起催化作用。DNA-pol DNA-pol DNA-pol DNA-pol 目录目录真核生物的真核生物的DNA聚合酶聚合酶填补引物填补引物空隙,切空隙,切除修复,除修复,重组重组延长子延长子链的主链的主要酶,要酶,解螺旋解螺旋酶活性酶活性线粒体线粒体DNA 复复制制低保低保真度真度的复的复制制起始引起始引发,引发,引物酶活物酶活性性功能功能+-3 5 核酸外切核酸外切酶活性酶活性高高高高高高?中中5 3 聚合活性聚合活性25.512.514.04.016.5分子量(分子量( kD)DNA -pol填补引物填补引物空隙,切空隙,切除修复,除
16、修复,重组重组延长子延长子链的主链的主要酶,要酶,解螺旋解螺旋酶活性酶活性线粒体线粒体DNA 复复制制低保低保真度真度的复的复制制起始引起始引发,引发,引物酶活物酶活性性功能功能+-3 5 核酸外切核酸外切酶活性酶活性高高高高高高?中中5 3 聚合活性聚合活性25.512.514.04.016.5分子量(分子量( kD)DNA -pol目录目录三、核酸外切酶的校读活性和碱基选择三、核酸外切酶的校读活性和碱基选择功能是复制保真性的酶学依据功能是复制保真性的酶学依据 复制按照碱基配对规律进行,是遗传信息能复制按照碱基配对规律进行,是遗传信息能准确传代的基本原理。准确传代的基本原理。 此外还需酶学的
17、机制来保证复制的保真性。此外还需酶学的机制来保证复制的保真性。目录目录A:DNA-pol的外切酶活性切除错配碱基;并用其聚的外切酶活性切除错配碱基;并用其聚合活性掺入正确配对的底物。合活性掺入正确配对的底物。B:碱基配对正确,:碱基配对正确, DNA-pol不表现活性。不表现活性。(一)核酸外切酶活性在复制中辨认切除错配(一)核酸外切酶活性在复制中辨认切除错配碱基并加以校正碱基并加以校正目录目录(二)复制的保真性依赖正确的碱基选择(二)复制的保真性依赖正确的碱基选择 DNA聚合酶靠其大分子结构协调非共价(氢键)聚合酶靠其大分子结构协调非共价(氢键)与共价(磷酸二酯键)键的有序形成。与共价(磷酸
18、二酯键)键的有序形成。 嘌呤的化学结构能形成顺式和反式构型,与相应嘌呤的化学结构能形成顺式和反式构型,与相应的嘧啶形成氢键配对,嘌呤应处于反式构型。的嘧啶形成氢键配对,嘌呤应处于反式构型。目录目录遵守严格的碱基配对规律;遵守严格的碱基配对规律;聚合酶在复制延长时对碱基的选择功能;聚合酶在复制延长时对碱基的选择功能;复制出错时复制出错时DNA-pol的及时校读功能。的及时校读功能。nDNA复制的保真性复制的保真性 至少要依赖三种机制:至少要依赖三种机制:目录目录四、复制中的分子解链伴有四、复制中的分子解链伴有DNA 分子拓扑学变化分子拓扑学变化DNA分子的碱基埋在双螺旋内部,只有分子的碱基埋在双
19、螺旋内部,只有把把DNA解成单链,它才能起模板作用。解成单链,它才能起模板作用。目录目录(一)多种酶参与(一)多种酶参与DNA解链和稳定单链状态解链和稳定单链状态理理顺顺DNA链链拓拓扑扑异异构构酶酶(gyrA, B)稳稳定定已已解解开开的的单单链链单单链链DNA结结合合蛋蛋白白SSB催催化化RNA引引物物生生成成引引物物酶酶DnaG(dnaG)运运送送和和协协同同DnaBDnaC(dnaC)解解开开DNA双双链链解解螺螺旋旋酶酶DnaB(dnaB)辨辨认认起起始始点点DnaA(dnaA)蛋蛋白白质质(基基因因)通通用用名名功功能能原原核核生生物物复复制制起起始始的的相相关关蛋蛋白白质质目录目
20、录解螺旋酶解螺旋酶(helicase)利用利用ATP供能,作供能,作用于氢键,使用于氢键,使DNA双链解开成为两条单链。双链解开成为两条单链。引物酶引物酶(primase) 复制起始时催化生成复制起始时催化生成RNA引物的酶。引物的酶。单链单链DNA结合蛋白结合蛋白(single stranded DNA binding protein, SSB) 在复制中维持模板在复制中维持模板处于单链状态并保护单链的完整处于单链状态并保护单链的完整。 目录目录108局部解链后局部解链后(二)(二)DNA拓扑异构酶改变拓扑异构酶改变DNA超螺旋状态、超螺旋状态、理顺理顺DNA链链n复制过程正超螺旋的形成:复
21、制过程正超螺旋的形成:目录目录既能水解既能水解 、又能连接磷酸二酯键。、又能连接磷酸二酯键。 拓扑异构酶拓扑异构酶拓扑异构酶拓扑异构酶n拓扑异构酶分类:拓扑异构酶分类:n拓扑异构酶作用特点:拓扑异构酶作用特点:松懈松懈DNADNA双螺旋结构,使双螺旋结构,使DNADNA由正由正超螺旋变为负超螺旋。超螺旋变为负超螺旋。n拓扑异构酶的功能:拓扑异构酶的功能:目录目录拓扑异构酶拓扑异构酶 切断切断DNA双链中双链中一股一股链,使链,使DNA解链旋转不解链旋转不致打结;适当时候封闭切口,致打结;适当时候封闭切口,DNA变为松弛状变为松弛状态态。反应反应不需不需ATP。拓扑异构酶拓扑异构酶 切断切断DN
22、A分子分子两股两股链,断端通过切口旋链,断端通过切口旋转使超螺旋松弛。转使超螺旋松弛。 利用利用ATP供能,连接断端,供能,连接断端, DNA分子进分子进入负超螺旋状态。入负超螺旋状态。n作用机制:作用机制:目录目录n拓扑酶的作用方式:拓扑酶的作用方式:目录目录五、五、DNA连接酶连接连接酶连接DNA双链中的双链中的单链缺口单链缺口连接连接DNA链链3 -OH末端和相邻末端和相邻DNA链链5 -P末端,使二者生成磷酸二酯键,从而把两末端,使二者生成磷酸二酯键,从而把两段相邻的段相邻的DNA链连接成一条完整的链。链连接成一条完整的链。n DNA连接酶连接酶(DNA ligase)作用方式:作用方
23、式:POO-O-OHO5POO-O-O335DNA连接酶连接酶ATPADP5353nDNA连接酶的作用机制:连接酶的作用机制:目录目录DNA连接酶在复制中起最后接合缺口连接酶在复制中起最后接合缺口的作用。的作用。在在DNA修复、重组及剪接中也起缝合修复、重组及剪接中也起缝合缺口作用。缺口作用。也是基因工程的重要工具酶之一。也是基因工程的重要工具酶之一。n功能:功能:目录目录DNA生物合成过程生物合成过程The Process of DNA Replication第第 三三 节节目录目录(一)复制起始:(一)复制起始:DNA解链形成引发体解链形成引发体需要解决两个问题:需要解决两个问题:1. D
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