生物化学-RNA的生物合成和加工课件.ppt
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- 生物化学 RNA 生物 合成 加工 课件
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1、第第 36 章章RNA的生物合成和加工的生物合成和加工(转录转录)RNA Biosynthesis, Transcription转录转录 (transcription) 生物体以生物体以DNA为模板合成为模板合成RNA的过程的过程 。 转转录录RNADNA 经转录生成的经转录生成的RNA有多种,主要的是有多种,主要的是rRNA,tRNA,mRNA,snRNA 和和 hnRNA参与转录的物质参与转录的物质原料原料: : NTP (ATP, UTP, GTP, CTP) 模板模板: : DNA酶酶: : RNA聚合酶聚合酶(RNA-pol)其他蛋白质因子其他蛋白质因子主要内容主要内容第一节 模板和
2、酶第二节 转录过程第三节 转录后加工第四节 RNA复制和逆转录模板和酶模板和酶第一节第一节一、转录模板一、转录模板 DNA分子上转录出分子上转录出RNA的区段,称为结构基因。的区段,称为结构基因。 DNA双链中按碱基配对规律能指引转录生成双链中按碱基配对规律能指引转录生成RNA的一股单链,称为模板链的一股单链,称为模板链(template strand),也称,也称作负链。相对的另一股单链是编码链作负链。相对的另一股单链是编码链(coding strand),也称为正链。,也称为正链。 5GCAGTACATGTC 33 c g t g a t g t a c a g 55GCAGUACAUGU
3、C 3NAla Val His Val C编码链编码链模板链模板链mRNA蛋白质蛋白质转录转录翻译翻译5 5 3 3 3 3 5 5 模板链模板链编码链编码链编码链编码链模板链模板链结构基因结构基因转录方向转录方向转录方向转录方向不对称转录不对称转录 在在DNA分子双链上某一区段,一股链用作分子双链上某一区段,一股链用作模板指引转录,另一股链不转录模板指引转录,另一股链不转录 ; 模板链并非永远在同一条单链上。模板链并非永远在同一条单链上。5 3 3 5 模板链(含结构基因)模板链(含结构基因)编码链编码链二、二、RNA聚合酶聚合酶(一)原核生物的(一)原核生物的RNA聚合酶聚合酶核心酶核心酶
4、全酶全酶 此外,每个此外,每个RNARNA聚合酶还含有聚合酶还含有2 2个个ZnZn离子。离子。f亚基由基因亚基由基因rpoZrpoZ编码,编码,MrMr为为1.101.1010104 4,曾长期,曾长期被忽略,甚至许多人不把它作为聚合酶的组分。然被忽略,甚至许多人不把它作为聚合酶的组分。然而,现在已经肯定,而,现在已经肯定,亚基是嗜热水生菌亚基是嗜热水生菌RNA polRNA pol必必不可少的组分,也是体外变性的不可少的组分,也是体外变性的RNA polRNA pol成功复性所成功复性所必需的,它与必需的,它与亚基一起构成催化中心,稳定其与亚基一起构成催化中心,稳定其与 亚基的结合。亚基的
5、结合。E.coliE.coli不同不同因子的性质与功能比较因子的性质与功能比较(二)真核生物的(二)真核生物的RNA聚合酶聚合酶(458)(458) 种类种类对鹅膏蕈碱对鹅膏蕈碱的反应的反应45S-rRNAhnRNA5S-rRNAtRNAsnRNA耐受耐受极敏感极敏感中度敏感中度敏感转录产物转录产物三、启动子和转录因子三、启动子和转录因子原核生物一个转录区段可视为一个转录单原核生物一个转录区段可视为一个转录单位,称为操纵子位,称为操纵子(operon),包括若干个结构基因,包括若干个结构基因及其上游的调控序列。及其上游的调控序列。 5 3 3 5 结构基因结构基因调控序列调控序列RNA-pol
6、RNA聚合酶识别聚合酶识别、结合和开始转录的一段结合和开始转录的一段DNA序列,称为启动子序列,称为启动子(promoter)。LOREM IPSUM DOLORnRNA聚合酶起始转录需要的辅助因子(蛋白质)称为转录因子(transcriptional factor)。RNA聚合聚合酶保护法酶保护法开始转录开始转录T T G A C AA A C T G T-35 区区(Pribnow box)T A T A A T Pu A T A T T A Py-10 区区1-30-5010-10-40-205 3 3 5 原核生物启动子保守序列原核生物启动子保守序列RNA-pol辨认位点辨认位点(re
7、cognition site) 5 5 RNA聚合酶保护区聚合酶保护区结构基因结构基因3 3 RNARNA聚合酶全酶结合位点聚合酶全酶结合位点转录过程转录过程 第二节第二节 大肠杆菌RNA聚合酶的作用起始阶段起始阶段:在在DNA分子上搜索启动子,并将分子上搜索启动子,并将 DNA双螺旋解开一小段。双螺旋解开一小段。延伸阶段延伸阶段:选择正确的核苷三磷酸(选择正确的核苷三磷酸(NTP),),催化磷酸二酯键的形成。催化磷酸二酯键的形成。终止阶段终止阶段:检测检测RNA 合成的终止信号,停止合成的终止信号,停止RNA的合成。的合成。特点:不需引物;无核酸外切酶活性。特点:不需引物;无核酸外切酶活性。
8、错误率高:错误率高:1/104105核苷酸核苷酸,是是DNA复制的复制的105倍。倍。(一)转录起始(一)转录起始转录起始需解决两个问题:转录起始需解决两个问题:1. RNA聚合酶必须准确地结合在转录模板的聚合酶必须准确地结合在转录模板的起始区域。起始区域。2. DNA双链解开,使其中的一条链作为转录双链解开,使其中的一条链作为转录的模板。的模板。一、原核生物的转录过程一、原核生物的转录过程RNA聚合酶全酶在转录起始区的结合聚合酶全酶在转录起始区的结合 2. DNA双链解开,约解开双链解开,约解开17个碱基对。(酶与个碱基对。(酶与启动子结合的部位是启动子结合的部位是AT富集区,有利于解链)富
9、集区,有利于解链) 1. RNA聚合酶全酶聚合酶全酶( 2)与模板结合与模板结合 5 -pppG -OH + NTP 5 -pppGpN - OH 3 + ppi转录起始过程转录起始过程 3.3.第一个核苷三磷酸第一个核苷三磷酸( (常常是常常是GTPGTP或或ATP)ATP)结合到结合到全酶上,形成全酶上,形成“启动子启动子- -全酶全酶- -核苷三磷酸核苷三磷酸”三元三元起始复合物。起始复合物。 4.4.第二个核苷酸参入,连结到第一个核苷酸的第二个核苷酸参入,连结到第一个核苷酸的33羟基上,形成了第一个磷酸二酯键。羟基上,形成了第一个磷酸二酯键。因子从全酶上掉下,又去结合其它的核心酶。因子
10、从全酶上掉下,又去结合其它的核心酶。 RNApol ( 2) - DNA - pppGpN- OH 3 转录起始复合物转录起始复合物:(二)转录延长(二)转录延长1. 亚基脱落,亚基脱落,RNApol聚合酶核心酶变构,聚合酶核心酶变构,与模板结合松弛,沿着与模板结合松弛,沿着DNA模板前移;模板前移; 2. 在在核心酶核心酶作用下,作用下,NTP不断聚合,不断聚合,RNA链链不断沿不断沿53方向方向延长。延长。(NMP) n + NTP (NMP) n+1 + PPi DNADNA上的解螺旋区:上的解螺旋区:在在RNARNA链延伸的同时,链延伸的同时,RNARNA聚合酶继续解开它前方的聚合酶继
11、续解开它前方的DNADNA双螺旋,暴露双螺旋,暴露出新的模板链,而后面被解开的两条出新的模板链,而后面被解开的两条DNADNA单链又单链又重新形成双螺旋,重新形成双螺旋,DNADNA上的解螺旋区保持约上的解螺旋区保持约1717个个碱基对的长度。碱基对的长度。转录空泡转录空泡(transcription bubble):RNA-pol (核心酶)(核心酶) DNA RNARNA链的延伸图解3 5 RNA-DNA杂交螺旋杂交螺旋聚合酶的移动方向聚合酶的移动方向新生新生RNA复链复链解链解链编码链编码链模板链模板链延长部位延长部位 RNA-DNARNA-DNA杂交区:刚合成出来的杂交区:刚合成出来的
12、RNARNA链与解开的链与解开的DNADNA模模板链之间可形成一小段板链之间可形成一小段RNA-DNARNA-DNA杂交区。随着核心酶的移杂交区。随着核心酶的移动,动,RNARNA链不断地延伸,杂交区也往前延伸,但后面的杂链不断地延伸,杂交区也往前延伸,但后面的杂交区随着交区随着DNADNA双螺旋的恢复,双螺旋的恢复,RNARNA链逐渐被置换出来,因此链逐渐被置换出来,因此,杂交区也保持着固定一小段。,杂交区也保持着固定一小段。5 3 DNA原核生物转录过程中的羽毛状现象原核生物转录过程中的羽毛状现象核糖体核糖体RNARNA聚合酶聚合酶f依赖依赖Rho ()因子的转录终止因子的转录终止f不依赖
13、不依赖Rho因子的转录终止因子的转录终止(三)转录终止(三)转录终止指指RNA聚合酶在聚合酶在DNA模板上停顿下来不模板上停顿下来不再前进,转录产物再前进,转录产物RNA链从转录复合物上脱链从转录复合物上脱落下来。落下来。 分类分类A T P1. 依赖依赖 Rho因子的转录终止因子的转录终止因子是因子是基因编码的蛋白质,是一种酶,基因编码的蛋白质,是一种酶,在在水解水解ATP的情况下,它沿着的情况下,它沿着53方向转录物方向转录物的的3端前进,直到遇到暂停在终止点位置的端前进,直到遇到暂停在终止点位置的RNA聚合酶。随后聚合酶。随后因子通过解链酶的活性因子通过解链酶的活性解开转录泡(解开转录泡
14、(transcription bubble)上的)上的RNA/DNA形成的杂交双螺旋,使形成的杂交双螺旋,使RNA转录转录物得到释放,从而终止转录。物得到释放,从而终止转录。 依赖因子(rho factor)的终止子2.不依赖不依赖 Rho因子的转录终止因子的转录终止DNA模板上靠近终止处,有些特殊的碱模板上靠近终止处,有些特殊的碱基序列,转录出基序列,转录出RNA后,后,RNA产物形成特殊产物形成特殊的结构来终止转录。的结构来终止转录。这类终止子结构上有这类终止子结构上有2个特征个特征 (2)发夹结构末端紧跟)发夹结构末端紧跟6个连续的个连续的U,这,这 发发夹结构阻碍了聚合酶的进一步延伸,
15、夹结构阻碍了聚合酶的进一步延伸,RNA链的合成就终止,酶和链的合成就终止,酶和 mRNA就从模板就从模板DNA上释放。上释放。 (1)DNA链的链的3端附近有回文结构,富端附近有回文结构,富 含含G-C碱基,随后紧跟的是碱基,随后紧跟的是A-T碱基,碱基, 转转录而形成的录而形成的RNA具有茎环的发夹具有茎环的发夹 形结构形结构。 不依赖于因子的终止回文结构回文结构AT富集区富集区GC富集区富集区不依赖不依赖因子的因子的终止子结构终止子结构茎环结构使转录终止的机理茎环结构使转录终止的机理 使使RNA聚合酶变构,转录停顿;聚合酶变构,转录停顿; 使转录复合物趋于解离,使转录复合物趋于解离,RNA
16、产物释放。产物释放。5 pppG5 3 3 5 RNA-polRNARNA合成过程合成过程起始起始双链双链DNA局部解开局部解开磷酸二酯磷酸二酯键形成键形成终止阶段终止阶段解链区到达解链区到达基因终点基因终点延长阶段延长阶段5 3 RNA 启动子(启动子(promoter) 终止子终止子(terminator)5 RNA聚合酶聚合酶 5 3 5 3 5 5 3 离开离开二、真核生物的转录过程二、真核生物的转录过程(一)转录起始(一)转录起始真核生物的转录起始上游区段比原核生物真核生物的转录起始上游区段比原核生物多样化,转录起始时,多样化,转录起始时,RNA-pol不直接结合模不直接结合模板,其
17、起始过程比原核生物复杂。板,其起始过程比原核生物复杂。 TATA盒盒 CAAT盒盒 GC盒盒 增强子增强子 顺式作用元件顺式作用元件 结构基因结构基因-GCGC-CAAT-TATA转录起始转录起始真核生物启动子保守序列真核生物启动子保守序列1. 转录起始前的上游区段转录起始前的上游区段 转录起始点转录起始点TATA盒盒CAAT盒盒GC盒盒 增强子增强子顺式作用元件顺式作用元件(cis-acting element)AATAAA切离加尾切离加尾 转录终止点转录终止点 修饰点修饰点 外显子外显子 翻译起始点翻译起始点内内含含子子 OCT-1 OCT-1:ATTTGCAT八聚体八聚体2. 转录因子转
18、录因子 能直接、间接辨认和结合转录上游区段能直接、间接辨认和结合转录上游区段DNA的蛋白质,或具有识别的蛋白质,或具有识别RNA聚合酶的作聚合酶的作用,现已发现数百种,统称为反式作用因子用,现已发现数百种,统称为反式作用因子(trans-acting factors)。又称为转录因子。又称为转录因子(transcriptional factors, TF)。 3. 转录起始前复合物转录起始前复合物(PIC) 真核生物真核生物RNA-pol不与不与DNA分子直接结分子直接结合,而需依靠众多的转录因子帮助间接结合合,而需依靠众多的转录因子帮助间接结合到到DNA分子上。分子上。 POL-TFFAB由
19、由RNA-Pol 催化转录的起始前复合物催化转录的起始前复合物 Pol-TFFHETBPTAFTFD-A-B-DNA复合物复合物TATAABTBPTAFTATAHECTD-P起始前复合物组装完成,起始前复合物组装完成,TFH使使CTD磷酸化磷酸化RNA-PolRNA-Pol 羧基端羧基端结构域结构域(二)转录延长(二)转录延长真核生物转录延长过程与原核生物大致相真核生物转录延长过程与原核生物大致相似,但因有核膜相隔,没有转录与翻译同步的似,但因有核膜相隔,没有转录与翻译同步的现象。现象。 5 -AAUAAA-5 -AAUAAA-核酸酶核酸酶-GUGUGUGRNA-polAATAAA GTGTG
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