8-基础生物化学-第8章 核酸代谢课件.ppt
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1、第第8 8章章 核酸的生物合成核酸的生物合成基本内容基本内容1. DNA 的生物合成的生物合成1.1 DNA复制的半保留性复制的半保留性1.2 DNA的复制酶和相关蛋白的复制酶和相关蛋白1.3 原核细胞的原核细胞的 DNA 复制复制1.4 真核生物的真核生物的 DNA 复制复制2. RNA 的生物合成的生物合成3. 核酸合成抑制剂核酸合成抑制剂4. 基因工程简介基因工程简介基本要求:基本要求: (1)掌握中心法则、)掌握中心法则、DNA复制的基本过程及参与的复制的基本过程及参与的酶和蛋白、逆转录、酶和蛋白、逆转录、RNA的转录及其加工、的转录及其加工、DNA重组重组技术和技术和PCR技术。技术
2、。(2)理解原核与真核生物)理解原核与真核生物DNA复制的差异、核酸合复制的差异、核酸合成的抑制剂。成的抑制剂。(3)了解)了解RNA的复制、突变和修复的种类、基因工的复制、突变和修复的种类、基因工程的应用。程的应用。 DNA 是生物界遗传主要物质基础。是生物界遗传主要物质基础。生物有机体的遗生物有机体的遗传特征以密码的形式编码在传特征以密码的形式编码在 DNA 分子上,表现为特分子上,表现为特定的定的核苷酸排列顺序核苷酸排列顺序即遗传信息。即遗传信息。 80 年代以后在某些致癌年代以后在某些致癌 RNA 病毒病毒中发现遗传信息也中发现遗传信息也 可存在于可存在于 RNA 分子中,由分子中,由
3、 RNA 通过逆转录的方式通过逆转录的方式将遗传信息传递给将遗传信息传递给DNA。 在细胞分裂前通过在细胞分裂前通过 DNA 复制复制,将遗传信息由亲代传将遗传信息由亲代传递给子代,在后代的个体发育过程中,递给子代,在后代的个体发育过程中,遗传信息自遗传信息自DNA 转录给转录给 RNA,并指导蛋白质合成并指导蛋白质合成,以执行各种,以执行各种生命功能,使后代表现出与亲代相似的遗传性状。生命功能,使后代表现出与亲代相似的遗传性状。遗传信息传递方向遗传信息传递方向生物界遗传信息传递的生物界遗传信息传递的中心法则中心法则中心法则示意图:中心法则示意图: 当一个母细胞在分裂为两个当一个母细胞在分裂为
4、两个子细胞之前,母细胞中的子细胞之前,母细胞中的 DNA 必须忠实地被复制,通必须忠实地被复制,通过复制把亲代的遗传信息传过复制把亲代的遗传信息传递给子代从而使子代表现出递给子代从而使子代表现出亲代的遗传性状。亲代的遗传性状。 DNA复制复制(DNA replication)也也称之称之DNA合成。合成。DNA 复制复制是一个在是一个在 DNA聚合酶的催聚合酶的催化下整个基因组被复制的过化下整个基因组被复制的过程。程。第一节第一节 DNA的生物合成的生物合成1. DNA的复制的复制1.1 DNA复制的半保留性复制的半保留性半保留复制半保留复制 (semiconservation replica
5、tion) 定义定义:复:复制过程中双螺旋解旋并分开,然后以每条制过程中双螺旋解旋并分开,然后以每条链为模板链为模板,按碱基互补配对原则按碱基互补配对原则, 由由 DNA 聚合酶聚合酶催催化合成新的互补链化合成新的互补链,结果由一条链成为互补的两条结果由一条链成为互补的两条链链,新形成的两个新形成的两个 DNA 分子与原来分子与原来 DNA 分子的碱分子的碱基序列完全相同。由于每个子代基序列完全相同。由于每个子代 DNA 的一条链来自的一条链来自亲代亲代 DNA,另一条链则是新合成的,这种复制方式另一条链则是新合成的,这种复制方式称为半保留复制。称为半保留复制。 意义意义:保持遗传特性的稳定。
6、:保持遗传特性的稳定。 关于关于DNA分子的分子的复制,人们曾经提复制,人们曾经提出两种模式:出两种模式:全保留复制方式,全保留复制方式,即从亲代即从亲代DNA的两的两条链复制出一个新条链复制出一个新的子代的子代 DNA;半保留复制式,半保留复制式,是是 Watson 和和 Crick 根据根据 DNA 双螺旋双螺旋模型提出来的,即模型提出来的,即在子代的在子代的 DNA中,中,一条链来自亲代,一条链来自亲代,另一条链是新合成另一条链是新合成的。的。 哈佛大学生物系教授哈佛大学生物系教授 Matthew Meselson 和他的学生和他的学生 Franklin Stahl 用实验证明了用实验证
7、明了 DNA 是按半保留方式进行复制的。是按半保留方式进行复制的。 半保留复制的证据半保留复制的证据随着代数增加随着代数增加 14N-DNA 逐渐逐渐增加。增加。 而而14N/15N-DNA 区带区带逐渐减弱。逐渐减弱。 大肠杆菌在大肠杆菌在 15NH4Cl 培养基中生长培养基中生长 12 代,使代,使 DNA被被 15N 标记,再将细菌移到只含标记,再将细菌移到只含 14NH4Cl 培养基中培养基中培养。培养。 取每一代细胞进行裂解,将裂解液进行密度梯度离取每一代细胞进行裂解,将裂解液进行密度梯度离心。心。 离心后从管底到管口,离心后从管底到管口,DNA 分子停留在与其相当分子停留在与其相当
8、的的 CsCl 密度处,在紫外光下可以看到形成的区带。密度处,在紫外光下可以看到形成的区带。14N-DNA 分子密度较轻分子密度较轻 (1.7g/cm3),停留在离管口,停留在离管口较近的位置;较近的位置;15N-DNA 分子密度较大,停留在离管分子密度较大,停留在离管口较远的位置。口较远的位置。 当含有当含有 15N-DNA 细胞在细胞在 14NH4C1 培养液中培养一培养液中培养一代后,只有一条区带介于代后,只有一条区带介于 14N-DNA 与与 15N-DNA 之之间,表明间,表明DNA一条链来自一条链来自 15N-DNA, 另一条链为另一条链为含有含有 14N 的新合成链。的新合成链。
9、 培养两代后则在培养两代后则在 14N-DNA 区又出现一条带。区又出现一条带。 按照按照 DNA 半保留复制方式,培养两代只能出现半保留复制方式,培养两代只能出现 14N-15N-DNA 杂合分子和杂合分子和 14N-DNA两种分子。两种分子。 随着代数增加随着代数增加 14N-DNA 逐渐增加。逐渐增加。 而而14N-15N-DNA区带逐渐减弱。区带逐渐减弱。DNA聚合酶的性质聚合酶的性质: 以以 dNTP 为原料催化合成为原料催化合成 DNA; 需要需要模板模板和和引物引物的存在;的存在; 不能起始不能起始合成新的合成新的DNA链;链; 催化催化 dNTP 加到生长中加到生长中 DNA
10、链的链的 3 -OH 末端;末端; 催化催化DNA合成的合成的方向方向是是 5 3 。 有有 3 5 外切酶活性,以保证复制过程高保真度。外切酶活性,以保证复制过程高保真度。 DNA聚合酶聚合酶 (DNA Polymerases)1.2 DNA的复制酶和相关蛋白的复制酶和相关蛋白DNA复制:模板、原料、引物复制:模板、原料、引物 、酶、蛋白质。、酶、蛋白质。3 DNA聚合酶聚合酶 从从 3 5 方向识别和切除方向识别和切除不配对核苷酸。不配对核苷酸。 错配核苷酸进入错配核苷酸进入pol结合位点不能与模板配对,无法结合位点不能与模板配对,无法改变酶的构象,被改变酶的构象,被 3 5 外切酶活性位
11、点识别并切除。外切酶活性位点识别并切除。3 5 外切酶活性外切酶活性 ( (校对作用校对作用) )模板模板 Arthur Kornberg(斯坦福(斯坦福大学医学院教授)等人于大学医学院教授)等人于1956 年在大肠杆菌的提取年在大肠杆菌的提取液中发现了液中发现了 DNA聚合酶,聚合酶,即现在的即现在的 DNA 聚合酶聚合酶 I,也称也称Kornberg酶酶,分子量,分子量为为 109 kD 大肠杆菌大肠杆菌 DNA polymerase ( DNA pol)结构结构近似球体,直径约近似球体,直径约 65 ,纵轴上有约纵轴上有约 20 深沟深沟 (cleft),带正电荷,是酶的活性中心。带正电
12、荷,是酶的活性中心。 经经枯草杆菌蛋白酶枯草杆菌蛋白酶处理后,酶分子分裂成两个片段:处理后,酶分子分裂成两个片段: 大片段大片段(Klenow片段片段) MW:76KD5 3 聚合酶活性聚合酶活性3 5 外切酶活性外切酶活性 (校对作用校对作用) 小片段小片段 MW: 34KD5 3 外切酶活力外切酶活力 (切除、修复作用切除、修复作用) 。 作用于作用于具切口的具切口的双链双链 DNA 的碱基配对部分,从的碱基配对部分,从 5 端切下单核苷酸或寡核苷酸。端切下单核苷酸或寡核苷酸。 在在 DNA 损伤修复中可能起着重要作用。损伤修复中可能起着重要作用。 切除切除 5 -末端末端 RNA 引物。
13、引物。5 3 外切酶活力外切酶活力 (切除、修复作用切除、修复作用)DNA pol不是不是大肠杆菌中大肠杆菌中DNA复制的主要酶。复制的主要酶。a. 体内体内 DNA 合成速率比纯化的合成速率比纯化的 DNA pol催化催化 dNTP 掺入速率高掺入速率高 20 倍;倍;b. 大肠杆菌的一个突变株中,大肠杆菌的一个突变株中, DNA pol活力正常,活力正常,但但 染色体染色体 DNA 复制不正常;复制不正常;c. 在一些突变株中,在一些突变株中,DNA pol活力很低,但活力很低,但DNA复复制正常,而此突变株对辐射和化学诱变剂却高度制正常,而此突变株对辐射和化学诱变剂却高度敏感。敏感。DN
14、A pol在在 DNA 修复修复中起着重要的作用,中起着重要的作用,切除切除 5 -末端末端 RNA 引物,并将岗崎片段之间的间隙补齐。引物,并将岗崎片段之间的间隙补齐。 MW:120 KD,单链。含量仅为,单链。含量仅为 DNA pol的的 5% 具具 53聚合活性聚合活性。具。具 35外切酶活性外切酶活性,但,但无无 53外切酶活性。外切酶活性。 DNApol 缺陷的大肠杆菌突变株的缺陷的大肠杆菌突变株的 DNA复制正复制正常。表明常。表明 DNA pol 不是不是DNA复制的主要酶,它复制的主要酶,它可能在可能在 DNA 损伤修复损伤修复中起一定作用。中起一定作用。 大肠杆菌大肠杆菌DN
15、A聚合酶聚合酶 (DNA pol) 多亚基:至少多亚基:至少 10 种亚基组成的复合物,称为种亚基组成的复合物,称为 DNA 聚合酶全酶。聚合酶全酶。MW:400kD 核心聚合酶核心聚合酶(core polymerase): , ,三个亚基。三个亚基。 具具 53 聚合酶活性聚合酶活性 ( 亚基亚基) 、35核酸外切酶活核酸外切酶活性性( 亚基亚基),但,但 无无 53外切酶活性。外切酶活性。 亚基把酶的核心夹于膜板上,从而提高酶的工作亚基把酶的核心夹于膜板上,从而提高酶的工作效率。效率。 在细胞内数量少,但催化在细胞内数量少,但催化 dNTP 掺入掺入 DNA 链速率是链速率是DNA pol
16、的的 15 倍。倍。大肠杆菌大肠杆菌 DNA 聚合酶聚合酶 (DNA pol )DNA聚合酶聚合酶 III 由多亚基组成由多亚基组成 DNA pol III全酶全酶形成一个形成一个非对称的二聚体非对称的二聚体,使复制,使复制的的先导链先导链及及随后链随后链在全酶上同时沿解链同方向合成。在全酶上同时沿解链同方向合成。 是细胞内是细胞内 DNA 复制所必需的酶。复制所必需的酶。 E. Coli DNA pol I 的主要功能是的主要功能是DNA 修复,除去修复,除去RNA引物,并引物,并将岗崎片段之间的间隙补齐;将岗崎片段之间的间隙补齐; DNA pol II 主要参与主要参与 DNA 的修复。的
17、修复。 DNA pol III 主要负责生长着的复制叉处的主要负责生长着的复制叉处的DNA复制;复制; 都可催化聚合反应,但都可催化聚合反应,但链延伸的速度链延伸的速度有很大差别,有很大差别,DNA pol III 活性最高,复制速度最快。活性最高,复制速度最快。 都都具有校正活具有校正活性性,即它们都具,即它们都具有有 3 5 外切酶外切酶活性,可以将错活性,可以将错配的核苷酸切去,配的核苷酸切去,再将正确的填上。再将正确的填上。这一功能对于这一功能对于DNA合成非常重合成非常重要。要。 RNA 引物引物:引物酶引物酶以单链以单链 DNA 为模板,利用核糖为模板,利用核糖核苷酸合成核苷酸合成
18、 RNA 作为作为 DNA 合成的引物。合成的引物。 大肠杆菌引物酶大肠杆菌引物酶:由大肠杆菌的:由大肠杆菌的 dna G基因编码,基因编码,1条多肽链,条多肽链,MW:60KD,50-100分子分子/细胞。细胞。 单链噬菌体单链噬菌体 M13 DNA和质粒和质粒 Co1E1 DNA复制时,引物的合复制时,引物的合成是由成是由RNA聚合酶催化的。聚合酶催化的。 噬菌体噬菌体T7的的Gene4蛋白,蛋白,T4的的Gene41和和61蛋白等也具有引蛋白等也具有引物酶活性和具有大肠杆菌引物酶相似功能。物酶活性和具有大肠杆菌引物酶相似功能。 引发体:引发体:引物酶与辅助蛋白引物酶与辅助蛋白 (如如 D
19、naB、DnaC、DnaT、PriA、PriB、PriC等等) 组成组成引发体引发体才有活性。才有活性。 引物酶引物酶 (Primase) 和引发体和引发体 (primosome) MW:75kD,单体酶,单体酶 借助借助 ATP 或或 NAD 水解提供能量,催化水解提供能量,催化 dsDNA中中一条一条链的相邻核苷酸之间链的相邻核苷酸之间 5-Pi与与3-OH 之间之间生成磷酸二酯生成磷酸二酯键,封闭键,封闭 DNA 双链上的缺口。双链上的缺口。 不作用:缺少一个或几个核苷酸残基,两条游离的单不作用:缺少一个或几个核苷酸残基,两条游离的单链。链。 DNA 连接酶催化反应可逆。逆反应使共价闭环
20、超螺旋连接酶催化反应可逆。逆反应使共价闭环超螺旋 DNA 产产生有缺口生有缺口 DNA-腺苷酸,生成松弛闭环腺苷酸,生成松弛闭环 DNA。 连接酶在连接酶在 DNA复制复制、损伤、损伤修复修复、重组重组中起重要作用。中起重要作用。 DNA连接酶连接酶 (DNA ligase ) DNA 复制和修复中,必复制和修复中,必须解开须解开 dsDNA 。 螺旋酶首先结合在单链螺旋酶首先结合在单链 DNA上,利用上,利用ATP的能的能量向双螺旋方向移动使量向双螺旋方向移动使DNA双链打开。双链打开。 DNA 解螺旋酶解螺旋酶 (Helicase) DNA 双螺旋经螺旋酶作用形成的单链很快被单链结合蛋白双
21、螺旋经螺旋酶作用形成的单链很快被单链结合蛋白(single strand DNA binding protein, SSB) 所覆盖。所覆盖。 一个一个 SSB 四聚体结合于四聚体结合于 ssDNA 上,可覆盖上,可覆盖32nt,可以促进,可以促进其他其他 SSB 四聚体与四聚体与 ssDNA 结合,出现协同结合。结合,出现协同结合。 单链单链 DNA 结合蛋白结合蛋白 (SSB) 作用作用: 防止防止 ssDNA 被核酸酶降解;使被核酸酶降解;使 ssDNA呈伸呈伸展状态,防止其重新配对形成展状态,防止其重新配对形成dsDNA,有利于,有利于ssDNA作为模板。作为模板。 降低天然降低天然
22、DNA 的熔解温度,促进解链。的熔解温度,促进解链。 SSB 可可重复使用重复使用: 当新生的当新生的 DNA 链合成到某一位置链合成到某一位置时,该处的时,该处的 SSB 便会脱落,并被重复利用。便会脱落,并被重复利用。 DNA 复制时,模板复制时,模板 DNA 需要解开超螺旋,复制完成需要解开超螺旋,复制完成后需要再形成超螺旋。后需要再形成超螺旋。拓扑异构酶拓扑异构酶 通过使通过使 DNA 的的一条链一条链发生断裂和再连接,能使超螺旋发生断裂和再连接,能使超螺旋 DNA 转变成松弛型环状转变成松弛型环状DNA,每催化一次可每催化一次可消除一个负消除一个负超螺旋超螺旋,即使即使 L 增加增加
23、 1,反应,反应无需供给能量无需供给能量。 DNA 拓扑异构酶拓扑异构酶 (DNA Topisomerase)拓扑异构酶拓扑异构酶 即促旋酶即促旋酶 (DNA gyrase), 需要需要 ATP 提供能量,使提供能量,使 DNA 的的两条链两条链同时断裂和再连接,使松弛型环状同时断裂和再连接,使松弛型环状 DNA 转变成负超转变成负超螺旋螺旋 DNA,每催化每催化 1 次,次,L 减少减少 2。 天然状态天然状态 dsDNA 几乎均以负超螺旋的方式存在。几乎均以负超螺旋的方式存在。 拓扑异构酶拓扑异构酶和拓扑异构酶和拓扑异构酶II 共同控制着共同控制着 DNA 的拓扑结构。的拓扑结构。 DNA
24、 的合成以四种的合成以四种 dNTP 为底物,在为底物,在DNA 膜板的指令膜板的指令下,按碱基配对原则,由下,按碱基配对原则,由 DNA 聚合酶催化,向聚合酶催化,向 DNA 3-OH 端添加核苷酸,以端添加核苷酸,以 5-3的方向合成于膜板互补的方向合成于膜板互补的新链。的新链。 复制过程:起始、延伸和终止。复制过程:起始、延伸和终止。(1) DNA 复制的起始复制的起始 大肠杆菌基因组是一环形大肠杆菌基因组是一环形 dsDNA,其复制是从一个固,其复制是从一个固定复制定复制原点原点 (oriC) 开始的。开始的。 原点形成原点形成复制叉复制叉,经过,经过先导链先导链的连续复制和的连续复制
25、和滞后链滞后链的的 不连续复制,到达终点完成复制。不连续复制,到达终点完成复制。1.3 原核细胞的原核细胞的 DNA 复制复制 复制起点复制起点 DNA复制从分子上固定位置复制从分子上固定位置 (原点原点)开始,此开始,此位置称复制起点位置称复制起点 (Origin of replication,ori)。新生链(红色)新生链(红色) 大多数大多数 DNA 是双向复制,复制时是双向复制,复制时 DNA 双螺旋一边双螺旋一边解链一边合成新链。解链一边合成新链。 复制方向复制方向大肠杆菌大肠杆菌DNA 复制的电镜照片复制的电镜照片复制叉复制叉(replication fork):DNA正在复制的分
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