基础生化-2011第九章 DNA的生物合成课件.ppt
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- 基础生化-2011第九章 DNA的生物合成课件 基础 生化 2011 第九 DNA 生物 合成 课件
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1、第九章第九章 DNADNA的生物合成的生物合成第一节第一节 DNADNA的复制的复制第二节第二节 DNADNA的损伤修复的损伤修复第三节第三节 反转录反转录第一节第一节 DNADNA的复制(的复制(replication)一、一、复制的一般特点复制的一般特点二、复二、复制的方式制的方式半保留复制半保留复制四、参与复制的酶和蛋白质四、参与复制的酶和蛋白质三、三、DNADNA的复制起点和复制方式的复制起点和复制方式五、复制的过程五、复制的过程六、六、DNADNA复制的忠实复制的忠实性性一、一、复制的一般特点复制的一般特点1.1.模板、前体、模板、前体、MgMg2+2+。2.DNA2.DNA的解链的
2、解链3.3.半保留复制半保留复制4.4.需要引物需要引物5.5.链延伸的方向链延伸的方向6.6.固定的起点(复制起始区有共有特征)固定的起点(复制起始区有共有特征)7.7.复制的方向(双、单)复制的方向(双、单)8.8.半不连续复制半不连续复制返回节返回节二、二、 复制的方式复制的方式半保留复制半保留复制P515二、二、 复制的方式复制的方式半保留复制半保留复制1.1.半保留复制半保留复制WatsonWatson和和CrickCrick在提出在提出DNADNA双螺旋结构模型时即推测,双螺旋结构模型时即推测,DNADNA在复在复制时首先两条链之间的氢键断裂两条链分开,然后以每一条链制时首先两条链
3、之间的氢键断裂两条链分开,然后以每一条链分别做模板各自合成一条新的分别做模板各自合成一条新的DNADNA链,这样新合成的子代链,这样新合成的子代DNADNA分分子中一条链来自亲代子中一条链来自亲代DNADNA,另一条链是新合成的,这种复制方,另一条链是新合成的,这种复制方式为半保留复制。式为半保留复制。 P515(2 2)19631963年,年,CairnsCairns用放射自显影法,用放射自显影法, 3 3H-H-脱氧胸苷标记大肠杆脱氧胸苷标记大肠杆菌菌DNA,DNA,在显微镜下首次观察到完整的正在复制的染色体在显微镜下首次观察到完整的正在复制的染色体DNADNA。三、三、DNADNA的复制
4、起点和复制方式的复制起点和复制方式(一)(一)DNADNA的复制起点的复制起点复制从特定的位点开始,这一位置叫复制从特定的位点开始,这一位置叫复制原点复制原点。原核生物的原核生物的DNADNA上一般只有一个复制原点,但在迅速生长上一般只有一个复制原点,但在迅速生长时期,第一轮复制尚未完成,就在起点处启动第二轮复制;时期,第一轮复制尚未完成,就在起点处启动第二轮复制;真核生物则有多个复制原点,可以同时启动复制过程。真核生物则有多个复制原点,可以同时启动复制过程。1. 1. 复制子复制子(replicon)(replicon):基因组能独立进行复制的单位。基因组能独立进行复制的单位。2. 2. 复
5、制起点(复制起点(originorigin):):P516P5163. 3. 复制方向:复制方向:单向或双向单向或双向浓度不同的浓度不同的3 3H-H-脱氧胸苷标记大肠杆菌脱氧胸苷标记大肠杆菌DNADNA。1.1.复制(大肠杆菌为代表)复制(大肠杆菌为代表)2.2.滚环复制滚环复制3.D-3.D-环复制(取代环式)环复制(取代环式)4.4.真核细胞的复制真核细胞的复制(二)(二) DNADNA的复制方式的复制方式P518P518滚环复制滚环复制(rolling circle replication)(rolling circle replication)是一些简单是一些简单低等生物或染色体以外
6、的低等生物或染色体以外的DNADNA复制的特殊形式。复制的特殊形式。535353返回节返回节滚环复制滚环复制dNTPDNA-pol D环复制环复制(D-loop replication) 是线粒体是线粒体DNA (mitochondrial DNA,mtDNA)和叶绿体和叶绿体DNA的复制形式。两条链复制起点分开的复制形式。两条链复制起点分开n1d ATPn2d CTPn3d GTPn4d TTPDNA聚合酶聚合酶DNA模板模板DNA+(n1+n2+n3+n4) )PPi四、参与复制的酶和蛋白质四、参与复制的酶和蛋白质(一)(一) DNA聚合酶聚合酶(依赖于依赖于DNA的的DNA polyme
7、ase)1.原核生物原核生物 DNA聚合酶聚合酶该酶的催化特点直接决定了该酶的催化特点直接决定了DNADNA复制的基本特点。复制的基本特点。P519P519 底物底物 模板指导:加入核苷酸的种类由模板决定模板指导:加入核苷酸的种类由模板决定 需要引物链:只能催化脱氧核苷酸加到已有核苷需要引物链:只能催化脱氧核苷酸加到已有核苷酸链的酸链的3-OH3-OH上。上。 链的延伸方向:链的延伸方向:5 35 3 产物的性质与模板相同产物的性质与模板相同P520P520DNADNA聚合酶的反应特点:聚合酶的反应特点:DNA polymerase DNA polymerase 是主要的复制酶是主要的复制酶E
8、.Coli 三种三种DNA聚合酶比较聚合酶比较切去引物切去引物RNA,DNA修复修复DNA修复修复DNA复制复制DNADNA聚合酶聚合酶和和是易错的是易错的DNADNA聚合酶(聚合酶(19991999)P522模模 板板聚合酶活聚合酶活性位点性位点引物引物3 5 外外切酶位点切酶位点大肠杆菌大肠杆菌DNADNA聚合酶聚合酶I I的的凹槽空间凹槽空间为多功能酶:为多功能酶:有限水解后得到的大片有限水解后得到的大片段段KlenowKlenow具有具有3535外切酶活性;外切酶活性;聚合酶和聚合酶和3535外切外切酶活性紧密结合;酶活性紧密结合;小片段有小片段有5 35 3外切外切酶活性;酶活性;
9、校校 读读DNA聚合酶聚合酶I的的3535核酸外切核酸外切DNADNA复制过程受到双重核对:聚合酶的选择(错误率复制过程受到双重核对:聚合酶的选择(错误率1010-5-5)、)、3535外切酶的校对(错误率外切酶的校对(错误率5 5* *1010-7-7)。)。5353核酸外切核酸外切DNA polymerase III的亚基组成的亚基组成核心酶核心酶夹子装配器夹子装配器滑动钳滑动钳是异二聚体,有两种形式:核心酶、全酶是异二聚体,有两种形式:核心酶、全酶P522P522使使DNADNA解开的双链可以同时进行复制。解开的双链可以同时进行复制。 E. coli DNA 聚合酶聚合酶不对称二聚体不对
10、称二聚体 滑动钳滑动钳钳钳载载复复合合物物核心酶核心酶复杂的结构使其具有更高的忠实性、协同性和持续性。复杂的结构使其具有更高的忠实性、协同性和持续性。可滑动的可滑动的 夹持器亚基夹持器亚基催化亚基催化亚基3 5 外切酶亚基外切酶亚基前导链前导链 合成合成后随链后随链 合成合成 夹持器夹持器装置装置催化亚基催化亚基 亚基保持核心酶亚基保持核心酶 的二聚体结构的二聚体结构DNA聚合酶聚合酶催化活性催化活性功功 能能5353聚合聚合3535核酸外核酸外切切5353核酸外核酸外切切真真核核生生物物DNADNA聚合酶聚合酶 切掉引物后,补上正确切掉引物后,补上正确的的DNADNA片段片段DNADNA聚合
11、酶聚合酶 核核DNADNA的修复的修复DNADNA聚合酶聚合酶g g 线粒体线粒体DNADNA复制和修复复制和修复DNADNA聚合酶聚合酶 负责核负责核DNADNA先导链的延先导链的延长长 DNADNA聚合酶聚合酶核核DNADNA的复制和修复的复制和修复2. 2. 真核生物常见的真核生物常见的DNADNA聚合酶聚合酶 P531P531其它其它 DNA聚合酶一般缺乏聚合酶一般缺乏53核酸外切活性核酸外切活性 (二)(二) 使使DNADNA双螺旋解开的酶和蛋白质双螺旋解开的酶和蛋白质1.1.解螺旋酶解螺旋酶( (helicase)helicase)(1)具有依赖)具有依赖DNA(单链)的(单链)的
12、NTPase活性,每解开一对碱基活性,每解开一对碱基需要水解需要水解2分子分子ATP。(2)具有移位酶活性可沿被结合的)具有移位酶活性可沿被结合的DNA链单向移动。如大肠链单向移动。如大肠杆菌中的杆菌中的rep蛋白蛋白,方向为方向为35 ;参与复制的;参与复制的DnaB蛋白蛋白 5 3 。2.2.单链结合蛋白单链结合蛋白(single-strand binding Protein,SSBP): 大肠杆菌大肠杆菌SSBSSB分子量分子量7575,60006000,由,由4 4个相同亚基构成。个相同亚基构成。作用:稳定单链作用:稳定单链DNADNA。SSBSSB与解链后的与解链后的DNADNA单链
13、结合,结合后的单链结合,结合后的DNADNA分子僵硬,不易弯曲,有利于单链分子僵硬,不易弯曲,有利于单链DNADNA分子的稳定,避免分子的稳定,避免核酸酶进攻;同时降低了核酸酶进攻;同时降低了TmTm值,进一步促进值,进一步促进DNADNA的解链。的解链。P526P5263.3.拓扑异构酶拓扑异构酶通过催化通过催化DNADNA链断裂、旋转和重新连接改变链断裂、旋转和重新连接改变DNADNA拓扑学性质。拓扑学性质。生物体内生物体内DNADNA通常处于负超螺旋状态,此时有利于解链。通常处于负超螺旋状态,此时有利于解链。(1 1)类型)类型酶酶作用:作用:DNADNA一条链的断裂和连接,无能量消耗。
14、一条链的断裂和连接,无能量消耗。举例举例: :大肠杆菌拓扑异构酶大肠杆菌拓扑异构酶可减少负超螺旋;对正超螺旋无可减少负超螺旋;对正超螺旋无作用(原核)作用(原核)(2 2)类型)类型型酶型酶作用:作用:DNADNA两条链同时断裂和再连接,引入超螺旋时消耗两条链同时断裂和再连接,引入超螺旋时消耗ATPATP。举例:细菌的举例:细菌的DNADNA旋转酶(拓扑异构酶旋转酶(拓扑异构酶)可引入负超螺旋()可引入负超螺旋(需需ATPATP提供能量),有利于复制解链、及时消除复制叉前方的提供能量),有利于复制解链、及时消除复制叉前方的正超螺旋、分开复制结束后缠绕在一起的两个子代正超螺旋、分开复制结束后缠绕
15、在一起的两个子代DNADNA。P525P525合成合成RNARNA引物,又叫引物,又叫引物合成酶引物合成酶、引发酶。、引发酶。 它以单链它以单链DNADNA为模板,以为模板,以ATPATP、GTPGTP、CTPCTP、UTPUTP为原料,为原料,从从5 5 33 方向合成出方向合成出RNARNA片段,即引物。片段,即引物。 原核细胞是原核细胞是DNADNA聚合酶聚合酶或或RNaseHRNaseH(水解与(水解与DNADNA杂交的杂交的RNARNA链)。链)。 真核细胞是真核细胞是RNaseHRNaseH(三)(三) 引物酶引物酶( (primrase)primrase)(四)(四) 切除引物的
16、酶切除引物的酶 (五)(五) DNADNA连接酶连接酶 ( (DNA ligase)DNA ligase)1.1.作用:缝合切口和片段作用:缝合切口和片段催化双链催化双链DNADNA内相邻核苷酸的内相邻核苷酸的3 3 -OH-OH和和5 5 -Pi-Pi形成磷酸二酯键。形成磷酸二酯键。不仅参与复制,也参与不仅参与复制,也参与DNADNA修复和重组。修复和重组。2.2.连接反应需要能量:连接反应需要能量:E.coliE.coli 和某些和某些细菌中由细菌中由NADNAD+ +提供;真核、病毒和噬菌体提供;真核、病毒和噬菌体由由ATPATP提供。提供。3535OHOHP PP523P523 端粒是
17、位于染色体末端的特殊结构,由很多成串的短重端粒是位于染色体末端的特殊结构,由很多成串的短重复序列组成。一条链富含复序列组成。一条链富含G,互补链富含,互补链富含C。在决定细胞寿命。在决定细胞寿命中起重要作用。中起重要作用。5 3 3 5 5 3 3 5 (六)(六) 端粒酶(真核)端粒酶(真核)P532线形复制时末端线形复制时末端RNARNA引物的切除会导致链的缩短。引物的切除会导致链的缩短。端粒酶端粒酶是一种依赖于是一种依赖于RNARNA的的DNADNA聚合酶,聚合酶,RNA-RNA-蛋白质蛋白质复合体。复合体。它以其它以其RNARNA为模板为模板, , 通过逆转录过程对末端通过逆转录过程对
18、末端DNADNA链进链进行延长。维持染色体结构的完整。行延长。维持染色体结构的完整。爬行模式爬行模式返回节返回节P532五、复制的过程(大肠杆菌为例)五、复制的过程(大肠杆菌为例) (一)(一) 复制的起始复制的起始就目前所知,起始阶段是就目前所知,起始阶段是DNADNA复制中唯一可以受调节的阶段复制中唯一可以受调节的阶段,复制过程的调控主要取决于,复制过程的调控主要取决于复制启动的频率复制启动的频率,而,而DNADNA延长延长的速度大体上是恒定的。的速度大体上是恒定的。 DNADNA的复制是由引发体识别并结合于复制原点而被启动的复制是由引发体识别并结合于复制原点而被启动的,其机理比较复杂,目
19、前还不十分明了。的,其机理比较复杂,目前还不十分明了。P527E.coliE.coli复制起始点复制起始点orioriC C的结构(的结构(P527P527)跨度为跨度为245bp245bp,有,有3 3组串联重复序列和组串联重复序列和2 2对反向重复序列对反向重复序列 。20-4020-40个个DnaADnaA各自带各自带1 1个个ATPATP结合在结合在4bp4bp重复重复序列序列在在13bp13bp序列上解链序列上解链DnaB/DnacDnaB/Dnac解开双螺解开双螺旋形成复制叉旋形成复制叉复制起始点、复制子与复制叉复制起始点、复制子与复制叉复制原点处复制原点处DNADNA双螺旋局部解
20、链,形成双螺旋局部解链,形成“眼状眼状”结构结构 复制眼复制眼复制眼形成后,其两端的叉子状结构称为复制叉。复制眼形成后,其两端的叉子状结构称为复制叉。引发体引导引物酶到达复制叉位置合成引物。引发体引导引物酶到达复制叉位置合成引物。Dna ADna BDna CDNA拓异构酶5335含有解螺旋酶(含有解螺旋酶( DnaBDnaB蛋白)、蛋白)、DnaCDnaC蛋白(招募)、引物酶和蛋白(招募)、引物酶和DNADNA复制起始区域的复合结构称为引发体。复制起始区域的复合结构称为引发体。引物合成方向也是引物合成方向也是5 5 33 方向。长度约为十几个到几十个核苷方向。长度约为十几个到几十个核苷酸不等
21、。酸不等。参与复制起始的蛋白因子参与复制起始的蛋白因子 名称名称 功能功能 DnaADnaA蛋白蛋白 辨认起始点辨认起始点 解螺旋酶(解螺旋酶(DnaBDnaB,RepRep) 解开解开DNADNA双链双链DnaC DnaC 协助解螺旋酶协助解螺旋酶 引物酶(引物酶(DnaGDnaG) 催化催化RNARNA引物生成引物生成SSB SSB 稳定解开的单链稳定解开的单链拓扑异构酶拓扑异构酶 理顺理顺DNADNA链链P527(二)复制的延伸(二)复制的延伸DNADNA聚合酶聚合酶加入到引发体上,这种由加入到引发体上,这种由DNADNA和多种蛋白质和多种蛋白质组装形成用于组装形成用于DNADNA复制的
22、复合体称为复制的复合体称为复制体复制体。延伸需要形成复制体,同时进行前导链和后随链的合成。延伸需要形成复制体,同时进行前导链和后随链的合成。1. 复制体的形成复制体的形成2. 复制叉推进的方式复制叉推进的方式P529一条链上一条链上DNADNA合成方向和复制叉移动方向相同,而在另一条模板合成方向和复制叉移动方向相同,而在另一条模板上却是相反的。复制时两条链如何能够同时作为模板合成新链上却是相反的。复制时两条链如何能够同时作为模板合成新链呢?呢?3 5 3 5 解链方向解链方向3 5 3 5 19681968年日本人冈崎提出半不连续复制模型年日本人冈崎提出半不连续复制模型实验设计:实验设计:用用
23、3 3H-H-脱氧胸苷标记噬菌体脱氧胸苷标记噬菌体T4T4感染的大肠杆菌感染的大肠杆菌碱性密度梯度离心分离标记的碱性密度梯度离心分离标记的DNADNA产物产物结果:结果:短时间首先出现较短的短时间首先出现较短的DNADNA(约(约1000nt1000nt),接着出),接着出现较大分子。现较大分子。DNADNA连接酶变异的温度敏感株则积累大量连接酶变异的温度敏感株则积累大量DNADNA片段片段说明:说明:DNADNA复制时先合成短片段,然后由连接酶连复制时先合成短片段,然后由连接酶连成大分子成大分子若用若用DNADNA连接酶变异的温度敏感株进行实验?连接酶变异的温度敏感株进行实验?3 5 3 5
24、 3 5 3 5 解链方向解链方向前导链前导链(leading strand)后随链后随链(lagging strand)DNADNA的半不连续复制的半不连续复制3 5 前导链和后随链;半不连续复制;冈崎片段前导链和后随链;半不连续复制;冈崎片段 引物酶引物酶在复制原点附近合成一段在复制原点附近合成一段RNARNA引物;引物;DNADNA聚合酶聚合酶 ( (原原核细胞核细胞) )在引物的在引物的33末端逐个添加脱氧核苷酸。末端逐个添加脱氧核苷酸。 随着复制叉的推进,亲代随着复制叉的推进,亲代DNADNA双螺旋不断被解开,先导链也双螺旋不断被解开,先导链也不断延伸直到复制终点。不断延伸直到复制终
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