基因比对的基本方法.课件.ppt

1、序列比对的基本方法（二）序列比对的基本方法（二） 内 容 1.基本方法概述 2.FASTA简介 3.BLAST介绍概 述 序列比对（alignment）：为确定两个或多个序列之间的相似性以至于同源性，而将它们按照一定的规律排列。，将两个或多个序列排列在一起，标明其相似之处。 序列相似性比较：就是将待研究序列与DNA或蛋白质序列库进行比较，用于确定该序列的生物属性，也就是找出与此序列相似的已知序列是什么。完成这一工作只需要使用两两序列比较算法。 常用的程序包括BLAST,FASTA等； 序列同源性分析：是将待研究序列加入到一组与之同源，但来自不同物种的序列中进行多序列同时比较，以确定该序列与其它

2、序列间的同源性大小。这是理论分析方法中最关键的一步。完成这一工作必须使用多序列比较算法。 常用的程序有CLUSTAL等。FASTA简介 Fasta算法是由Lipman和Pearson于1985年发表的，基本思路是识别与代查序列相匹配的很短的序列片段，称为k-tuple。 以下是EBI提供的fasta的服务：http:/www.ebi.ac.uk/fasta33/BLAST BLAST是一个NCBI开发的基因序列相似性数据库搜索程序，还可作为鉴别基因和遗传特点的手段。 BLSTA是Basic Local Alignment Search Tool局部相似性基本查询工具的缩写 Compare a

3、query sequence to all the sequences in a specified databaseBLAST的资源 网络版本：在线的blast服务是我们最经常用到的blast服务。 单机版本：可以通过NCBI的ftp站点获得，有适合不同平台的版本包括linux,dos等。获得程序的同时必须获取相应的数据库才能在本地进行blast分析。网络版本 网络版 http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/Blast/ 优点：服务使用方便，容易操作，数据库同步更新等优点； 缺点：不利于操作大批量的数据库，同时也不能自己定义搜索的数据库。单机版本 单机版：ftp:/ftp.nc

4、bi.nlm.nih.gov/blast/executables/ 优点：是可以处理大批的数据，可以自己定义数据库； 缺点：需要耗费本地机的大量资源，此外操作也没有网络版直观，方便，需要一定的计算机操作水平。BLAST分类 Blast是一个序列相似性搜索的数据包，其中包含了很多个独立的程序，这些程序是根据查询的对象和数据库的不同来定义的。BLAST分类程序名程序名查询序列查询序列数据库数据库搜索方法搜索方法BlastnBlastn核酸核酸核酸核酸核酸序列搜索逐一核酸数据库中的核酸序列搜索逐一核酸数据库中的序列序列BlastpBlastp蛋白质蛋白质蛋白质蛋白质蛋白质序列搜索逐一蛋白质数据库蛋白

5、质序列搜索逐一蛋白质数据库中的序列中的序列BlastxBlastx核酸核酸蛋白质蛋白质核酸序列核酸序列6 6框翻译成蛋白质序列后和框翻译成蛋白质序列后和蛋白质数据库中的序列逐一搜索蛋白质数据库中的序列逐一搜索TblastnTblastn蛋白质蛋白质核酸核酸蛋白质序列和核酸数据库中的核酸蛋白质序列和核酸数据库中的核酸序列序列6 6框翻译后的蛋白质逐一比对框翻译后的蛋白质逐一比对TblastxTblastx核酸核酸核酸核酸核酸序列核酸序列6 6框翻译成蛋白质序列，再框翻译成蛋白质序列，再和核酸数据库中的核酸序列和核酸数据库中的核酸序列6 6框翻译框翻译成的蛋白质序列逐一进行比对，执成的蛋白质序列逐一进行比对，执行相当久行相当久 THANK YOU!