Linux基础与常用命令简介课件.pptx
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- Linux 基础 常用命令 简介 课件
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1、Linux 基础与常用命令简介Linux 简介p 起源p 发行版p 应用领域p 与 Windows 比较Linux 的起源Linux内核最初只是由芬兰人李纳斯托瓦兹(Linus Torvalds)在赫尔辛基大学上学时出于个人爱好而编写的。Linux是一套免费使用和自由传播的类Unix操作系统,是一个基于POSIX和UNIX的多用户、多任务、支持多线程和多CPU的操作系统。Linux能运行主要的UNIX工具软件、应用程序和网络协议。它支持32位和64位硬件。Linux继承了Unix以网络为核心的设计思想,是一个性能稳定的多用户网络操作系统。操作系统分类Linux 发行版Linux 发行版即通常所
2、说的“Linux 操作系统”。由一些组织、团体、公司或者个人制作并发行。Linux 内核主要作为 Linux 发行版的一部分而使用。Linux 发行版包括 Linux 内核,以及将整个软件安装到电脑上的一套安装工具,还有各种 GNU 软件,和其他的一些自由软件,在一些 Linux 发行版中可能会包含一些专有软件。目前正在积极开发中的发行版超过三百个,最普遍被使用的发行版有约十二个。目前市面上较知名的发行版有:Ubuntu、RedHat、CentOS、Debain、Fedora 等。一个典型的发行版包括:Linux 内核,GNU 库和各种系统工具,命令行 Shell,图形界面底层的X窗口系统和上
3、层的桌面环境等。桌面环境有如 KDE 或 GNOME 等,并包含数千种应用软件。Linux 的应用领域今天各种场合都有使用各种 Linux 发行版,从嵌入式设备到超级计算机,并且在服务器领域确定了地位,通常服务器使用 LAMP(Linux + Apache + MySQL + PHP)或 LNMP(Linux + Nginx+ MySQL + PHP)组合。目前 Linux 不仅在家庭与企业中使用,并且在政府中也很受欢迎。p 个人电脑p 服务器、主机和超级计算机p 嵌入式设备与 Windows 比较比较WindowsLinux界面界面统一,外壳程序固定所有Windows程序菜单几乎一致,快捷键
4、也几乎相同图形界面风格依发布版不同而不同,可能互不兼容。GNU/Linux的终端机是从UNIX传承下来,基本命令和操作方法也几乎一致。驱动程序驱动程序丰富,版本更新频繁。默认安装程序里面一般包含有该版本发布时流行的硬件驱动程序,之后所出的新硬件驱动依赖于硬件厂商提供。对于一些老硬件,如果没有了原配的驱动有时很难支持。另外,有时硬件厂商未提供所需版本的Windows下的驱动,也会比较头痛。由志愿者开发,由Linux核心开发小组发布,很多硬件厂商基于版权考虑并未提供驱动程序,尽管多数无需手动安装,但是涉及安装则相对复杂,使得新用户面对驱动程序问题(是否存在和安装方法)会一筹莫展。但是在开源开发模式
5、下,许多老硬件尽管在Windows下很难支持的也容易找到驱动。HP、Intel、AMD等硬件厂商逐步不同程度支持开源驱动,问题正在得到缓解。使用使用比较简单,容易入门。图形化界面对没有计算机背景知识的用户使用十分有利。图形界面使用简单,容易入门。文字界面,需要学习才能掌握。生物信息学与 Linux 应用为什么要选择 Linux/Unix 平台作为生物信息学研究的主要平台?生物信息学的重点研究目标是生物数据分析。尤其是未来生物学研究的特点是大量大规模测序数据产生。Windows 的窗口化软件适合可视化小规模运算,支持鼠标,缺乏对大数据的支持,可定制性差; Windows Shell 的使用体验差
6、,没有完善的命令;远程功能不够好。Linux 具备大数据高性能支持,shell 可编程能力强;包含大量开发者开发生物信息学软件包和脚本;可定制性好;支持轻量化的远程交互;开源,对生物数据分析来说是最好的平台。生物信息学与 Linux 应用软件或平台名称描述BioLinux强大的生物信息学分析平台,是基于 Linux 的免费操作系统,整合了大量生物信息学软件BioPerl整合大量生物学数据处理模块的 Perl 语言工具包BioPython整合大量生物学数据处理模块的 Python 语言工具包Bioconductor整合大量生物学数据处理软件包的 R 语言软件库EMBOSS欧洲分子生物学开源软件套
7、装,用于序列数据处理及分子生物学研究Mothur16s RNA 数据分析blast+BLAST 本地 blast 软件,建库及序列比对TopHat, Cufflinks 等转录组测序数据分析工具Linux 操作系统安装国内 Linux 操作系统资源下载:http:/以 Ubuntu 为例:http:/ ubuntu-16.04.1-desktop-amd64.iso系统刻录软件 UltraISO 等其他(U盘、虚拟机软件)主机安装主机的安装与通用的操作系统安装方法一致1.获取系统安装镜像2.利用刻录软件将镜像刻录至U盘或光盘中3.计算机开机 BIOS 设置为U盘启动4.在初始界面中选择 “In
8、stall Ubuntu”5.进行后续设置虚拟机安装1.通过 ISO 安装,和主机安装步骤类似(见文档);2.通过安装好的虚拟机镜像直接使用p安装虚拟机软件 VirtualBoxp新建虚拟机p选择专家模式,载入已有盘片p调整虚拟机设置p运行虚拟机LinuxLinux的目录结构v/bin bin是binary的缩写。这个目录是对UNIX系统习惯的沿袭,存放着使用者最经常使用的命令。例如:cp,ls,cat等。v/boot 这里存放的是启动Linux时使用的一些核心文件。v/dev dev是device(设备)的缩写。这个目录下是所有Linux的外部设备,其功能类似DOS下的.sys和Window
9、s下的.vxd。在Linux中设备和文件是用同种方法访问的。例如:/dev/hda代表第一个物理IDE硬盘v/etc 这个目录用来存放所有系统管理所需要的配置文件和子目录。Linux 文件结构查看文件结构基本命令: ls /bin: bin是 Binary 的缩写, 这个目录存放着最经常使用的命令。/boot: 这里存放的是启动 Linux 时使用的一些核心文件,包括一些连接文件以及镜像文件。/dev : dev 是 Device (设备)的缩写, 该目录下存放的是 Linux 的外部设备,在 Linux 中访问设备的方式和访问文件的方式是相同的。/etc: 这个目录用来存放所有的系统管理所需
10、要的配置文件和子目录。/home: 用户的主目录,在 Linux 中,每个用户都有一个自己的目录,一般该目录名是以用户的账号命名的。Linux 文件结构/lib: 这个目录里存放着系统最基本的动态连接共享库,其作用类似于 Windows 里的DLL文件。几乎所有的应用程序都需要用到这些共享库。/root: 该目录为系统管理员,也称作超级权限者的用户主目录。/tmp: 这个目录是用来存放一些临时文件的。/usr: 这是一个非常重要的目录,用户的很多应用程序和文件都放在这个目录下,类似与 Windows 下的 Program files 目录。/usr/bin: 系统用户使用的应用程序。/usr/
11、src: 内核源代码默认的放置目录。/var: 这个目录中存放着在不断扩充着的东西,我们习惯将那些经常被修改的目录放在这个目录下。包括各种日志文件。文件名与文件类型文件名是一个文件的标识。Linux系统中的文件名的命名规则与Windows系统基本相同。它同样是由字母、数字、下划线、圆点等组成,最长不能超过255个字符。在Linux系统中,没有像Windows系统那样明显的扩展名,但它对字母大小写是严格区分的。Linux有四种基本文件系统类型:(1) 普通文件:如文本文件、C语言源代码、Shell脚本、二进制的可执行文件等。(2) 目录文件:包括文件名、子目录名及其指针。它是Linux储存文件名
12、的惟一地方。(3) 链接文件:它是一个文件的第二个名字,这是针对多用户共享同一文件而产生的文件。(4) 特殊文件:Linux的一些设备如磁盘、终端、打印机等都在文件系统中表示出来,这一类文件就是特殊文件,常放在/dev目录内。文件和目录权限rwxr-xr-rwxr-xr-1组:组:文件所有者文件所有者2组:组:同组用户同组用户3组:组:其他用户其他用户n权限组成共9位,每3位为一组 共3组各组依次代表文件所有者、同组用户和其他用户对该文件的权限。每组的3位依次代表读、写、执行权限。每一组都是rwx三个符号与“-”符号的组合 r:读权限w:写权限 x:执行权限:禁止权限组成n八进制表示: r:4
13、 w:2 x:1 -:0rwx74+2+1读、写、执行rw-64+2+0读、写r-x54+1读、执行r-44+0+0只读-wx32+1写、执行-w-20+2+0只写-00+0+0禁止读、写、执行认识你的机器查看系统的版本和处理器架构 uname -a查看内存大小 free -m查看硬盘空间 df h查看cpu信息 less /proc/cpuinfo远程登录 Linux使用 putty 远程登录 Linux ssh 服务器 打开 Putty 软件 添加服务器地址 登录服务器1服务器服务器 IP 地址地址服务器备注服务器备注在在login as: 后填写用户名,回车后填写用户名,回车在在pass
14、word: 出现后输入密码(不显示)出现后输入密码(不显示)Linux 文件属性Linux 系统是一种典型的多用户系统,不同的用户处于不同的地位,拥有不同的权限。为了保护系统的安全性,Linux 系统对不同的用户访问同一文件(包括目录文件)的权限做了不同的规定。在Linux中我们可以使用 ll 或者ls -l 命令来显示一个文件的属性以及文件所属的用户和组,如: 第一位的 d 在 Linux 中代表该文件是一个目录文件。接下来的字符中,以三个为一组,均为 rwx 的三个参数的组合。其中, r 代表可读(read)、 w 代表可写(write)、 x 代表可执行(execute)。 要注意的是,
15、这三个权限的位置不会改变,如果没有权限,就会只显示为减号 - 而已。Linux 文件属性更改文件属性1.chgrp -R 组名 文件名2.chown -R 用户名 文件名 or chown -R 用户名:组名 文件名3.chmod -R xyz 文件名解释:1.-R 为可选操作,用于对一个文件夹下的所有文件进行操作,使用时加在命令后,如 chgrp -R group1 dir/ (dir/ 是一个文件夹)2.Linux 文件的基本权限就有九个,分别是 owner/group/others 三种身份各有自己的 read/write/execute 权限。各权限分数对照表为 r=4, w=2, x
16、=1。所以将每种用户身份的三个权限各自累加(如 rwx=4+2+1=7)的数值依次排列就是要设定的文件属性值,如 -rwxrwx- = 770。Linux 文件属性chmod u=rwx,g=rx,o=r 文件名chmod (u/g/o/a) (+/-/=) (r/w/x) 文件名解释:1.用户身份可以归类为 user, group, others 三种,用 u, g, a 概括,另加 a 代表全部身份。+代表增加某种权限,-代表除去某种权限,=代表设为某种权限。2.当需要给文件指定某种身份的权限时,就使用 chmod 命令对权限进行修改。如 chmod a+w a.txt 全部增加写入权限c
17、hmod a-x a.txt 除去全部可执行权限chmod u=rwx,g=rx,o=r a.txt 把 a.txt 权限修改为 -rwxr-xr-常用命令1.文件与目录管理2.用户管理3.磁盘管理4.文本输入5.软件管理6.其他命令文件与目录管理概念p绝对路径:从顶级目录”/”写起,如 /usr/binp相对路径:用 “.” 代替当前目录,用”.”代替上级目录,如 ./Downloads 表示上一层目录中的 Downloads 文件夹常用命令ls: 列出目录mkdir: 创建一个新的目录cd: 切换目录rmdir: 删除一个空的目录pwd: 显示目前的目录cp: 复制文件或目录rm: 删除文
18、件或目录mv: 移动文件或目录文件与目录管理ls 选项与参数 例: ls -a 目录名-a : 全部的文件,连同隐藏档( 开头为 . 的文件) 一起列出来(常用)-d : 仅列出目录本身,而不是列出目录内的文件数据(常用)-l : 长数据串列出,包含文件的属性与权限等等数据;(常用) cd 选项与参数 例: cd 目录名cd 相对路径/绝对路径,如 cd Docments/cd 回到用户家目录,等于直接运行 cdcd . 回到上一级目录文件与目录管理 pwd 选项与参数 例: pwd -P-P: 展示真实路径,因为有些目录是从其他位置链接过来的 mkdir 选项与参数 例: mkdir -mp
19、 目录名-m: 配置文件夹权限,如 mkdir -m 711 test-p: 创建多级目录,如 mkdir -p test1/test2/test3/ rmdir 选项与参数 例: rmdir -p 目录名-p: 删除多级空目录,如 rmdir -p test1/test2/test3/ cp 选项与参数 例: cp -f 源文件 目标文件-r: 复制目录文件与目录管理 rm 选项与参数 例: rm -fir 文件或目录-f :忽略不存在的文件-i : 互动模式,在删除前会询问使用者是否动作-r : 删除目录(慎用) mv 选项与参数 例: mv -fiu 源文件 目标文件-f : force
20、 强制的意思,如果目标文件已经存在,不会询问而直接覆盖-i : 若目标文件已经存在时,就会询问是否覆盖-u : 若目标文件已经存在,仅在复制文件比目标文件新的情况下覆盖文件与目录管理文件内容查看常用命令cat: 由第一行开始显示文件内容more: 一页一页的显示文件内容tac: 从最后一行开始显示less: 与 more 类似nl: 显示并输出行号head: 只看头几行tail: 只看末尾几行用户与用户组管理概念Linux 系统是一个多用户多任务的分时操作系统,任何一个要使用系统资源的用户,都必须首先向系统管理员申请一个账号,然后以这个账号的身份进入系统。每个用户账号都拥有一个惟一的用户名和各
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