蛋白质质谱相关基础知识课件.ppt

1、串联质谱仪的构造：串联质谱仪的构造：质谱仪是用来测带电离子质量的。串联质谱工作视频 质谱质量扫描 三重四级杆工作原理分离系统分离系统鸟枪法选定的肽段离子在碰撞室与惰性气体作用而发生碰撞诱导解离(collision-induced dissociation,CID)肽链断裂点与离子类型示意图N端C端在CID碎裂模式中，主要有三种不同的肽键断裂方式，产生6中不同的碎裂离子：即N端的a, b, c型离子与C端的x, y, z型离子. 每种断裂类型分别生成互补的两种离子, 如a-x,b-y,c-z 。最常见的是a 型离子、b 型离子和y型离子，其他类型离子较少出现离子类型符号右下标的数字表示该离子所含

2、有的氨基酸残基数目. 断裂后的离子还可能丢失一个中性的水分子或氨分子原始质谱数据原始质谱数据（.raw、.wiff文件）文件）数据格式转换蛋白质序蛋白质序列数据库列数据库转换为打分软件(如Mascot)可识别的数据格式（如：mgf）Uniprot DBensemblDBNCBI DB自构蛋白质序列肽段图谱打分肽段图谱打分比对软件（如比对软件（如Mascot）得到肽段图谱比得到肽段图谱比对结果对结果控制假阳性率控制假阳性率（FDR）1%或或5%得到结果得到结果raw文件文件三维数据三维数据MS/MS图谱图谱l 图谱与最终鉴定得到的肽段间的匹配情况可以用plabel软件查看(plabel生成质谱图时所需信息的是从.mgf格式文件中提取的)