膜片钳技术数据处理与分析.课件.ppt
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- 膜片 技术 数据处理 分析 课件
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1、.Clampfit 10膜片钳实验数据的处理与分析2014年4月23-25日杭州 浙江大学膜片钳技术高级培训班膜片钳技术高级培训班刘振伟刘振伟.2Patch clamp training classApr. 23-25, 2014.3Patch clamp training classApr. 23-25, 2014.4Patch clamp training classApr. 23-25, 2014一、基线的调零一、基线的调零l 基线的确认基线的确认 全细胞记录基线易确认,单通道记录基线不易确认。 单通道开放时间较长 所记录的时间较短 同时开放的通道数目较多且长时间持续开放确定通道电流的方
2、向:电流方向向上,最负向是基线位置,反之亦然。如何确定:膜片两侧液体、钳制电位 单通道电流基线的确认单通道电流基线的确认如果通道开放时电流向上,则基线在最下面的位置基线通道开放.5Patch clamp training classApr. 23-25, 2014 .6Patch clamp training classApr. 23-25, 2014l 基线基线不在零点不在零点的的原因原因 封接电阻的改变:漏电流 失调电位的存在:偏移、漂移 噪声的干扰:交流干扰 高通滤波的影响:对记录线的起始部位产生影响.7Patch clamp training classApr. 23-25, 2014
3、l 基线基线调零方法调零方法打开Analyze/Adjust/Baseline(1)Subtract mean of(去除均值法):适用于去除直流偏移。(2)Subtract slope of(去除斜率法):适合于去除持续线性漂移。(3)Subtract fixed value(去除固定值法):适用于去除直流偏移。数值有正负之分。(4)Adjust manually(手工调零法):适合于单通道电流的基线或基线漂移无规律。.8Patch clamp training classApr. 23-25, 2014 坐标零点坐标零点Epoch A段(1)Subtract mean of(去除均值法)(
4、2)Subtract slope of(去除斜率法).9Patch clamp training classApr. 23-25, 2014(3)Subtract fixed value(去除固定值法) (4)Adjust manually(手工调零法).10Patch clamp training classApr. 23-25, 2014l 基线调零的注意事项基线调零的注意事项(1)有些只相对值(如电流幅度的变化值),不需要将基线调零。但多数情况需要基线调零,建议都要进行基线调零。(2)对于基线变动复杂的数据,基线调零可能会用到上述的几种方法。(3)对于某些基线变动,Clampfit中的基
5、线调零方法可能也无法准确调零。建议最好在采集数据时就设法调整好基线。.11Patch clamp training classApr. 23-25, 2014l Clampfit演示基线调零方法演示基线调零方法.12Patch clamp training classApr. 23-25, 2014二二、坏点的去除坏点的去除l 坏点产生的原因坏点产生的原因 刺激伪迹:给标本施加刺激时产生。 电容瞬变电流:电容的充放电反应。 瞬时脉冲干扰(Glitch):打开电源开关(日光灯、仪器设备开启时) 手机来电:一过性高频。人手靠近记录探头:高幅、高频。.13Patch clamp training c
6、lassApr. 23-25, 2014l 坏点的赋值坏点的赋值 (1)Data value at cursor 1:Cursor 1的数值。 (2)Mean between cursor 1.2:Cursor 1-2之间均值。 (3)Mean between cursor 3.4:Cursor 3-4之间均值。 (4)Straight -line fit between cursor 1.2:Cursor 1-2之间的直线拟合值。 (5)Fixed value(pA/mV):输入一个固定的数值。.14Patch clamp training classApr. 23-25, 2014l Cl
7、ampfit演示去除坏点演示去除坏点.15Patch clamp training classApr. 23-25, 2014l 注意事项注意事项 (1)坏点太多时,应在记录前予以去除。(2)坏点持续时间短,如果出现持续时间较长的坏点,则数据要废弃。.16Patch clamp training classApr. 23-25, 2014三三、滤波滤波l 信号采集前的滤波信号采集前的滤波 全细胞通道电流记录:1-2 kHz 全细胞突触活动记录:10 kHz 单通道电流记录:10 kHz 动作电位记录:10 kHz.17Patch clamp training classApr. 23-25,
8、2014l 信号采集后的滤波信号采集后的滤波 .18Patch clamp training classApr. 23-25, 2014 Lowpass Highpass Bandpass Notch Electrical Interference l Clampfit滤波类型滤波类型 .19Patch clamp training classApr. 23-25, 2014l Lowpass 最为常用。 Clampfit根据采样定理与Nyquist定理自动算出f-3dB范围并显示在该框底部。 7种类型:(1)8-pole Bessel:数据失真小,普遍用于时域数据。(2)Boxcar:数码滤
9、波器,用于时域数据。当前数据点及其前后一些数据点(取决于Smoothing points,取3-99中的奇数)的平均值赋予当前数据点,完成滤波。 Smoothing points值越大,数据幅度削减越大。 (3)Gaussian:数码滤波器,同Boxcar,但当前数据点在平均值中所占的比例较大。(4)RC (8-coincident-pole):用于时域数据。(5)RC ( single-pole):用于时域数据。(6)8-pole Butterworth:用于频域数据。(7)8-pole Chebyshev:用于频域数据。 .20Patch clamp training classApr.
10、23-25, 2014l Clampfit演示演示Lowpass滤波滤波.21Patch clamp training classApr. 23-25, 2014l Highpass 又称交流耦合(AC Coupling),可削弱低频信号而通过高频信号。 Clampfit提供两种:8-pole Bessel,单极RC 采用- f-3dB ,Clampfit自动计算出f-3dB范围并显示在该框底部。 最常见的是在神经元上进行细胞内记录时使用高通滤波器,它可降低膜电位的低频振荡对突触电流的干扰。.22Patch clamp training classApr. 23-25, 2014l Clamp
11、fit演示演示Highpass滤波滤波.23Patch clamp training classApr. 23-25, 2014l Bandpass 相当于低通滤波与高通滤波的交叉,需要同时设定高通滤波与低通滤波。 高通滤波的f-3dB不能高于低通滤波的f-3dB 。 带通滤波用于欲记录的信号频率较为单一和固定时,对其它频率的噪声进行滤波。.24Patch clamp training classApr. 23-25, 2014l Notch 带阻滤波:削弱某一特定频率(如50 Hz交流)信号。 中心频率(Center frequency):10-3,000 Hz。 频率宽度(3dB widt
12、h):频率宽度。-3dB width越窄,滤波需要的数据点越多,滤波效果越好。.25Patch clamp training classApr. 23-25, 2014l Clampfit演示演示Notch滤波滤波.26Patch clamp training classApr. 23-25, 2014l Electrical Interference(EI)电干扰滤波器(Electrical interference filter, EI)为数码滤波器。可同时去除50 Hz及其谐波(100 Hz、150 Hz等)的复杂交流噪声。Harmonics from 1 to:用于设定欲去除的交流谐波
13、的最高数目,最大数目为20(对应于1 kHz),一般去除第1-3个就够了。Cycles to average:数目越大,-3dB频率宽度越窄,滤波效果越好,但需时越长。Reference frequency:选50 Hz。.27Patch clamp training classApr. 23-25, 2014EI所需最少数据点的计算举例所需最少数据点的计算举例 滤波器所需最少数据点 (采样频率/ 50 Hz) Cycles to average若采样频率 10 kHz,则一个50 Hz正弦波周期的采样点数 10 kHz / 50 200 点若设定Cycles to average 10,则需
14、要的最少采样点数 2,000点 采样数据点不够的话,将不能清除谐波干扰。.28Patch clamp training classApr. 23-25, 2014四四、数据文件内部、数据文件内部/ /之间的数学运算之间的数学运算l Analyze/Average Traces平均文件内任意几条相同的Trace,获得平均后的一条Trace。要求: Clampex软件的Fixed-length events、Episodic stimulation和High-speed oscilloscope模式。 重复记录的信号,时程必须固定不变。.29Patch clamp training classAp
15、r. 23-25, 2014 降低信号噪声降低信号噪声信号频率谱与噪声频率谱一致或有重叠时,滤波不行。平均Trace的原理:设有N条Trace,则(见表): 先累加所有N条Trace,此时信号幅度增大为原来的N倍,而噪声却只增大为原来的N倍。 然后再除以Trace条数N, 信号幅度不发生大的变化,而噪声幅度却降低为原来的1/N。.30Patch clamp training classApr. 23-25, 2014l Clampfit演示演示Average Traces功能功能.31Patch clamp training classApr. 23-25, 2014l Analyze/Seg
16、mented Average可对几个Trace中的某一相同时段(如Epoch A)或Cursor 1-2之间的时间段进行平均,平均后的文件通常用于Analyze/Subtract Control功能中的Control File。.32Patch clamp training classApr. 23-25, 2014l Analyze/Arithmetic对文件内的任何Trace进行加减乘除等运算,使原来的Trace得到新值。 如t3=t1+t2,t3=2t1+3t2Results窗口中的该功能可对不同Column的数据进行运算,得到新的Column的数值。.33Patch clamp tra
17、ining classApr. 23-25, 2014l Analyze/ Average Files对几个文件进行平均。例如在进行相同的实验时,需要将几个采样文件相应的每一个Trace进行平均。平均后的文件会自动生成,文件名为Average000-999.abf。仅适用于Episodic Stimulation、High-speed oscilloscope模式的数据;Protocol设置必须一致。同样具有降低噪声的作用。.34Patch clamp training classApr. 23-25, 2014l Clampfit演示演示Average Files功能功能.35Patch c
18、lamp training classApr. 23-25, 2014l Analyze/ Subtract Control两个文件中所有相应的Trace进行相减,可用于去除漏电流或分离某种通道电流。要求两个文件要采用相同的Protocol来采集(信号数目、Sweep数目与长短、信号单位、采样频率)。Test file为“大”文件“被减数”,Control File为“小”文件“减数”。 Multiply control traces by: 将Control File中的Trace乘以该倍数,然后再从Test file中减除。.36Patch clamp training classApr.
19、 23-25, 2014l Clampfit演示演示Subtract Control功能功能.37Patch clamp training classApr. 23-25, 2014l 注:注:如需要,可用Analyze/Data Reduction或Interpolation功能使采样频率变为一致。若Test file中的Signal或Sweep数少于Control file,后者多余的Signal或Sweep将不被使用。反之,若Test file中的Signal或Sweep数大于Control file,后者最后一个Signal或Sweep将被反复使用。若Test file中的Sweep长
20、度小于Control file,后者Sweep中多余的点将不被使用。反之,若Test file中的Sweep长度大于Control file,后者Sweep中最后一个点将被反复使用。以Test file为准.38Patch clamp training classApr. 23-25, 2014l Analyze/Concatenate Files 将在同一条件下获得的数据文件并成一个文件。同一条件是指相同的采集模式/采样频率/采样时间/信号个数 连接后的文件会自动生成: Concatenate000-999.abf。.39Patch clamp training classApr. 23-2
21、5, 2014l Clampfit演示演示Concatenate Files功能功能.40Patch clamp training classApr. 23-25, 2014.41Patch clamp training classApr. 23-25, 2014l膜两侧电压差Vm改变,激活离子通道,用激活曲线描述。 反映通道开启的速度速度及难易程度难易程度。一一、离子通道的激活曲线离子通道的激活曲线.42Patch clamp training classApr. 23-25, 2014l给予细胞一系列脉冲电压来记录全细胞电流,作通道的激活曲线: X轴脉冲电压Vm Y轴全细胞通道电导g/gm
22、ax Boltzmann方程拟合.43Patch clamp training classApr. 23-25, 2014g:全细胞通道激活电导gmax:全细胞通道最大激活电导Vm:不同的去极化(或超极化)脉冲电压V1/2:通道激活50%时的脉冲电压k:斜率因子(反映激活速度快慢,k越大,激活速度越慢)lBoltzmann方程.44Patch clamp training classApr. 23-25, 2014设:f(V) = gImax=gmax=1Vmid=V1/2V=VmVc=kC=0则即为前述的激活曲线方程:lClampfit中的Boltzmann方程:Boltzmann, cha
23、rge-voltage方程.45Patch clamp training classApr. 23-25, 2014 先对数据进行处理(如基线调零、滤波、选择用于分析的Sweep数目等)。 测量不同去极化脉冲电压下全细胞电流的峰值I(pA)。 计算全细胞电导。gI / (VmVrev) 对全细胞电导g进行标化:g / gmax,gmax=Imax / (Vm-Vrev)。 作点图 最后用激活曲线方程对散点图进行拟合l 离子通道激活曲线制作步骤离子通道激活曲线制作步骤.46Patch clamp training classApr. 23-25, 2014l Clampfit演示激活曲线的制作演
24、示激活曲线的制作.47Patch clamp training classApr. 23-25, 2014l 几点说明几点说明(1)通过激活曲线的左移或右移以及半失活电压的变化等指标可以判断药物对通道开启过程的影响。(2)若要反映一类通道的激活特点或对不同组数据进行比较,需要有细胞例数上的要求,要求出平均g/gmax值与标准差,再作激活曲线。(3)通道反转电位可通过Nernst方程计算出来,也可直接测试出来,后者更准确。.48Patch clamp training classApr. 23-25, 2014l离子通道电流-电压关系曲线(I-V曲线): 反映通道:激活过程、阈电位、反转电位、整
25、流特性l给予连续变化的步阶/斜坡脉冲电压Vm(范围大,最好跨越反转电位),测通道电流大小I,作I-V曲线: X轴Vm Y轴Il药物可影响通道激活或衰减,使 I-V曲线形状发生改变。二二、离子通道的离子通道的I-VI-V曲线曲线.49Patch clamp training classApr. 23-25, 2014l 用用Analyze/Quick Graph/I-V作作I-V曲线曲线适用于脉冲电压为歩阶(方波)形式的记录数据。.50Patch clamp training classApr. 23-25, 2014l Clampfit演示演示用用Quick Graph/I-V作作I-V曲线曲
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