第三讲-DPS应用(5、专业试验统计)课件.ppt
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- 第三 DPS 应用 专业 试验 统计 课件
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1、.第五章第五章 专业试验统计专业试验统计.一、生物测定n生物测定,又称为半数效量,是生物、医学研究中最普遍生物测定,又称为半数效量,是生物、医学研究中最普遍的一类实验,通常包括供试因子的一类实验,通常包括供试因子(如化学或生物性杀虫剂、杀菌剂、如化学或生物性杀虫剂、杀菌剂、除草剂、植物生长调节剂、新医药、保健品或可能具有某种活性的物质或产除草剂、植物生长调节剂、新医药、保健品或可能具有某种活性的物质或产品品)和受试靶体和受试靶体(如一种昆虫、植物或小白鼠之类的实验动物如一种昆虫、植物或小白鼠之类的实验动物)。这类实。这类实验有定性与定量水平之分。定性测定较为简单,如仅测定验有定性与定量水平之分
2、。定性测定较为简单,如仅测定某种微生物是否对某种动物有致病性,其结果仅仅回答是某种微生物是否对某种动物有致病性,其结果仅仅回答是或非两种可能;定量测定则较为复杂,通常包括供试因子或非两种可能;定量测定则较为复杂,通常包括供试因子的一系列剂量,每剂量要处理合理数量的一系列剂量,每剂量要处理合理数量(越多实验误差越小越多实验误差越小)的的受试靶体并且整个实验要持续观察一段时间。受试靶体并且整个实验要持续观察一段时间。.一、生物测定n定性数据概率分析定性数据概率分析q例:根据甘蔗工业科学研例:根据甘蔗工业科学研究所用农药液剂、烟草粉究所用农药液剂、烟草粉肥皂液和烟脉肥皂液三种肥皂液和烟脉肥皂液三种药
3、液对棉蚜进行毒力测定药液对棉蚜进行毒力测定的数据的数据(王鉴明,王鉴明,1985),进行机值分析并检验三种进行机值分析并检验三种毒力回归直线的平行性。毒力回归直线的平行性。q数据编辑格式:第数据编辑格式:第1列为农列为农药药剂药药剂(依次从依次从1,2, )编号、第编号、第2列为农药处理浓列为农药处理浓度,第度,第3、4列分别为供试列分别为供试虫数和死亡虫数。定义数虫数和死亡虫数。定义数据块。据块。.一、生物测定定义数据块定义数据块选择选择“专业统计专业统计生生物测定物测定计数型机值分析计数型机值分析”.一、生物测定n定性数据概率分析定性数据概率分析q系统提示确认浓度是否经过对数转换。如果已经
4、转换则按系统提示确认浓度是否经过对数转换。如果已经转换则按“Y”再再回车,若没有转换则直接回车。然后,根据系统提示输入待求的回车,若没有转换则直接回车。然后,根据系统提示输入待求的致死剂量效应指标,致死剂量可同时输入致死剂量效应指标,致死剂量可同时输入10、50、90 等,各值等,各值间用空格隔开,再按回车。间用空格隔开,再按回车。q如果直接回车,系统将取默认值如果直接回车,系统将取默认值LD50、LD95 。回车后可立即得到。回车后可立即得到回归独立曲线图和分析结果。回归独立曲线图和分析结果。.一、生物测定结果分析解释结果分析解释 拟合程度卡方值及其显著水平拟合程度卡方值及其显著水平。如显著
5、水。如显著水平大于平大于0.05,则表明所建立的毒力回归曲线,则表明所建立的毒力回归曲线模型是合适的,即否定所求模型异质性的假模型是合适的,即否定所求模型异质性的假设;反之,则认为所建立的模型不合适。设;反之,则认为所建立的模型不合适。本例中三种农药各自的本例中三种农药各自的概率分析模型的拟合度概率分析模型的拟合度以第一、二个较差,第以第一、二个较差,第三个较好,卡方检验三个较好,卡方检验x2值分别为值分别为36.63,140.35和和5.82。.一、生物测定 对多种药剂进行机值分析并对多种药剂进行机值分析并检验毒力回归直线平行性检验毒力回归直线平行性。可以。可以其方差分析结果推断:当方差分其
6、方差分析结果推断:当方差分析表中的析表中的F 值的显著水平小于等值的显著水平小于等于于0.05 时,表明毒力回归直线时,表明毒力回归直线互相不平行。互相不平行。本例中,害虫对三种农药反应的本例中,害虫对三种农药反应的差异极显著差异极显著(F =10.522,大于,大于Fa=0.01=8.05),所以这三条回归,所以这三条回归线的斜率不同,即不存在共同斜线的斜率不同,即不存在共同斜率。率。 上述方差分析只能揭示毒力上述方差分析只能揭示毒力回归直线的总的趋势,而两种药回归直线的总的趋势,而两种药剂其致死剂量之间的差异,剂其致死剂量之间的差异,DPS系统则采用致死剂量比率测定方系统则采用致死剂量比率
7、测定方法来检验:当致死剂量比率的法来检验:当致死剂量比率的95%置信区间包含置信区间包含1,则两种药,则两种药剂的某致死剂量之间的差异不显剂的某致死剂量之间的差异不显著。著。 注意:有时因异质因子较大,注意:有时因异质因子较大,计算的置信限会溢出,以致于不计算的置信限会溢出,以致于不能给出其置信区间。能给出其置信区间。.一、生物测定n定量数据概率分析定量数据概率分析q数据编辑格式是每一个浓度数据编辑格式是每一个浓度在一行中按浓度和死亡在一行中按浓度和死亡(抑制抑制)率顺序填入。率顺序填入。q对多种药剂,且每种药剂有对多种药剂,且每种药剂有几个剂量水平处理的试验结几个剂量水平处理的试验结果进行机
8、值分析时,数据编果进行机值分析时,数据编辑格式为:第辑格式为:第1 列为药剂列为药剂(依依次从次从1,2, )编号,第编号,第2列列为药剂浓度,第为药剂浓度,第3 列为死亡列为死亡(抑制抑制)率。率。.一、生物测定n定量数据概率分析定量数据概率分析q定义数据块后,选择定义数据块后,选择“专业统计专业统计生物测定生物测定数量型数量型机值分析机值分析”,系统提示确认浓度是否已经过对数转换。,系统提示确认浓度是否已经过对数转换。如果已经转换则按如果已经转换则按“Y”再回车,若没有转换则直接回再回车,若没有转换则直接回车。此后,系统再提示用户输入待求的致死剂量效应车。此后,系统再提示用户输入待求的致死
9、剂量效应指标。致死剂量可同时输入指标。致死剂量可同时输入10、50、90 等,各值间等,各值间用空格隔开,再按回车。如果直接回车,系统将取默用空格隔开,再按回车。如果直接回车,系统将取默认值认值LD50。回车后瞬即得到分析结果。回车后瞬即得到分析结果。.一、生物测定分析结果解释分析结果解释 毒力回归方程方差分析毒力回归方程方差分析F 值及其显著水值及其显著水平:数量型数据毒力回归方程诊断采用方平:数量型数据毒力回归方程诊断采用方差分析方法进行,这是数量型资料和计数差分析方法进行,这是数量型资料和计数资料在生物测定分析进行模型诊断方面的资料在生物测定分析进行模型诊断方面的差异。当差异。当F 值的
10、显著水平小于等于值的显著水平小于等于0.05 时,时,表明了所求的毒力回归曲线是合适的;反表明了所求的毒力回归曲线是合适的;反之则表明所建立的模型不合适。之则表明所建立的模型不合适。 对多种药剂进行对多种药剂进行机值分析,机值分析,DPS系系统采用致死剂量比统采用致死剂量比率测定方法来检验率测定方法来检验两种药剂在致死剂两种药剂在致死剂量方面的差异:当量方面的差异:当致死剂量比率的致死剂量比率的95%置信区间包含置信区间包含1,则两种药剂的某致则两种药剂的某致死剂量之间的差异死剂量之间的差异不显著。不显著。.一、生物测定n时间时间-剂量剂量-死亡率模型分析死亡率模型分析q对于包含供试品剂量和受
11、试生物在试验期间死亡对于包含供试品剂量和受试生物在试验期间死亡(反应反应)率的生测率的生测数据分析,一般用概率分析的方法,即将累计死亡率进行概率值数据分析,一般用概率分析的方法,即将累计死亡率进行概率值转换后分别对剂量或时间作线性回归分析,通过回归参数的估计转换后分别对剂量或时间作线性回归分析,通过回归参数的估计而建立直线回归模型,从而估计剂量效应而建立直线回归模型,从而估计剂量效应(如如LD50)或时间效应或时间效应(如如LT50)。但这样的分析方法导致时间与剂量的效应相互分开,无法。但这样的分析方法导致时间与剂量的效应相互分开,无法使所建模型充分体现实验数据的完整性。因此,有必要将时间和使
12、所建模型充分体现实验数据的完整性。因此,有必要将时间和剂量的效应统一到同一个模型中来。时间剂量的效应统一到同一个模型中来。时间-剂量剂量-死亡率死亡率(time-dose-mortality,缩为,缩为TDM)模型就是这样的模型,按其数学结模型就是这样的模型,按其数学结构又称互补重对数模型构又称互补重对数模型(complementary log-log model),简称,简称CLL 模型。模型。.一、生物测定n时间时间-剂量剂量-死亡率模型分析死亡率模型分析q如:用乙酰甲胺磷的如:用乙酰甲胺磷的5 个浓度处理西红柿上某害虫。个浓度处理西红柿上某害虫。 处理后试虫处理后试虫死亡过程缓慢,故适合
13、用死亡过程缓慢,故适合用TDM 模型分析数据。模型分析数据。q分析前,先将数据编辑定义。其数据编辑和存放格式为:数据块分析前,先将数据编辑定义。其数据编辑和存放格式为:数据块第一列为供试药剂的浓度,以后各列为用药后不同时间的试虫存第一列为供试药剂的浓度,以后各列为用药后不同时间的试虫存活数。活数。q然后执行然后执行“专业统计专业统计生物测定生物测定时间剂量死亡率模型时间剂量死亡率模型”功能功能项项.一、生物测定输出结果包括:输出结果包括:模型系数的协方差模型系数的协方差矩阵;矩阵; 所求系数即各参数所求系数即各参数的估计值、参数标准的估计值、参数标准误、误、t 测验值、显著水测验值、显著水平;
14、平;模型拟合值、残差、模型拟合值、残差、标准残差。标准残差。结果表列中有些行显示结果表列中有些行显示“数数据不合理,未进行处理据不合理,未进行处理”的的字样,这主要因为在最高剂字样,这主要因为在最高剂量下试虫在整个实验观察完量下试虫在整个实验观察完成前的数个时间区间已经全成前的数个时间区间已经全部死亡,即累计死亡率在前部死亡,即累计死亡率在前一个时间区间已达一个时间区间已达100%,此,此后各时间区间的条件死亡率后各时间区间的条件死亡率在数学上无法计算在数学上无法计算(0/0)。每。每当这种情况出现时,当这种情况出现时,DPS系系统自动将该数据视为无效,统自动将该数据视为无效,但截至前一时间区
15、间的拟合但截至前一时间区间的拟合仍然有效,并且不影响其余仍然有效,并且不影响其余各剂量数据的继续拟合。各剂量数据的继续拟合。结果中,如果皮尔逊卡方检结果中,如果皮尔逊卡方检验能通过,即其显著水平大验能通过,即其显著水平大于等于于等于0.05,则模型的拟合,则模型的拟合效果很好。而实际上,一般效果很好。而实际上,一般皮尔逊卡方检验不能通过皮尔逊卡方检验不能通过(显显著水平小于著水平小于0.05),这表明模,这表明模型异质性的假设成立。但型异质性的假设成立。但Nowierski 等提出用等提出用Hosmer 和和Lemeshow 改进的方法进改进的方法进行拟合度测验,如行拟合度测验,如Hosmer
16、-Lemeshow 检验的卡方值的检验的卡方值的显著水平大于等于显著水平大于等于0.05,则,则可认为数据拟合是成功的。可认为数据拟合是成功的。.n新引入、新育成的品种或品系,在大面积推广之前,都需要经过区域新引入、新育成的品种或品系,在大面积推广之前,都需要经过区域试验,来鉴定其产量水平和适应性,为其推广和合理利用提供依据。试验,来鉴定其产量水平和适应性,为其推广和合理利用提供依据。n区域试验中需要研究的主要效应有:区域试验中需要研究的主要效应有:q 品种效应品种效应,即品种的产量或品质效应,因区域试验中供试品种是一定,即品种的产量或品质效应,因区域试验中供试品种是一定的,故品种效应是固定型
17、效应;的,故品种效应是固定型效应;q 地区效应地区效应,即地区之间土壤类型、耕作制度、生产水平和管理方法等,即地区之间土壤类型、耕作制度、生产水平和管理方法等可以预见的环境差异对品种的影响效应,一般亦属固定型效应;可以预见的环境差异对品种的影响效应,一般亦属固定型效应;q 年际效应年际效应,即不同年份的温度、雨量、偶然性灾害等难以预知的随机,即不同年份的温度、雨量、偶然性灾害等难以预知的随机性环境差异对品种的影响效应,一般属随机型效应;性环境差异对品种的影响效应,一般属随机型效应;q 品种品种地区的互作效应地区的互作效应,即研究品种对于可预知的环境差异是否具有,即研究品种对于可预知的环境差异是
18、否具有特殊的适应性,若品种与地区互作效应显著,说明品种对地区有特殊适应特殊的适应性,若品种与地区互作效应显著,说明品种对地区有特殊适应性,反之则说明适应性广泛,故该互作效应一般亦属固定型效应;性,反之则说明适应性广泛,故该互作效应一般亦属固定型效应;q 品种品种年份的互作效应年份的互作效应,反映品种对难以预测的环境差异是否有特殊,反映品种对难以预测的环境差异是否有特殊适应性,一般属随机型效应;适应性,一般属随机型效应;q 品种品种地点地点年份的互作效应年份的互作效应,反映品种与地点的互作效应是否随难,反映品种与地点的互作效应是否随难以预知的环境变化而改变,因此该效应属于随机型效应。以预知的环境
19、变化而改变,因此该效应属于随机型效应。二、品种区域试验.二、品种区域试验n评定一个品种的应用价值,主要考虑以下三个效应值:评定一个品种的应用价值,主要考虑以下三个效应值:q 品种效应;品种效应;q 品种品种地区点的互作效应及方差;地区点的互作效应及方差;q 品种品种年份的互作效应及方差。年份的互作效应及方差。q品种效应显著而互作效应小的品种是具有广泛适应性的丰产型品品种效应显著而互作效应小的品种是具有广泛适应性的丰产型品种,适于大面积推广;而互作效应显著的品种具有特殊适应性种,适于大面积推广;而互作效应显著的品种具有特殊适应性(如如对环境条件有特殊要求对环境条件有特殊要求),只能在特定地区推广
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