10真菌与其他病原体的分子生物学检验PPT课件.ppt
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1、1真菌与其他病原体的分子生物学真菌与其他病原体的分子生物学检验检验真菌的分子生物学检验真菌的分子生物学检验衣原体的分子生物学检验衣原体的分子生物学检验支原体的分子生物学检验支原体的分子生物学检验梅毒螺旋体的分子生物学检验梅毒螺旋体的分子生物学检验原虫的分子生物学检验原虫的分子生物学检验一、真菌的分子生物学检验一、真菌的分子生物学检验 白假丝酵母菌的分子生物学检验白假丝酵母菌的分子生物学检验 新型隐球菌的分子生物学检验新型隐球菌的分子生物学检验真菌真菌 fungus 广泛存在于自然界的广泛存在于自然界的真核细胞生物真核细胞生物,具细胞核和细胞器,具细胞核和细胞器 不含叶绿素和其他光合作用的色素,
2、以不含叶绿素和其他光合作用的色素,以寄生和腐生寄生和腐生方式方式获取营养获取营养 有性繁殖,无性繁殖有性繁殖,无性繁殖 全世界有全世界有150万种,绝大多数对人类无害,少量万种,绝大多数对人类无害,少量(约约300种种)与人类疾病有关与人类疾病有关 近年感染机会增加:近年感染机会增加:光谱抗生素、激素、免疫抑制剂、抗癌药物使用光谱抗生素、激素、免疫抑制剂、抗癌药物使用器官移植,导管、插管技术开展器官移植,导管、插管技术开展艾滋病患者增多艾滋病患者增多1、白假丝酵母菌的分子生物学、白假丝酵母菌的分子生物学检验检验基因组结构特征基因组结构特征分子生物学检验技术分子生物学检验技术临床意义临床意义白假
3、丝酵母菌白假丝酵母菌 candida albican,又称白色念珠菌;一种条件致病菌,又称白色念珠菌;一种条件致病菌 广泛存在于自然界,也存在于正常人口腔、上呼吸道、广泛存在于自然界,也存在于正常人口腔、上呼吸道、肠道、阴道,一般在正常机体中数量少,不引起疾病肠道、阴道,一般在正常机体中数量少,不引起疾病 免疫功能低下的人群可引起相关疾病:免疫功能低下的人群可引起相关疾病:皮肤念珠菌病,好发于皮肤皱褶处皮肤念珠菌病,好发于皮肤皱褶处粘膜念珠菌病,以鹅口疮、口角炎、阴道炎最多见粘膜念珠菌病,以鹅口疮、口角炎、阴道炎最多见内脏及中枢神经念珠菌病,有肺炎、肠胃炎、心内膜炎、内脏及中枢神经念珠菌病,有
4、肺炎、肠胃炎、心内膜炎、脑膜炎、脑炎等,偶发败血症脑膜炎、脑炎等,偶发败血症 传统检验方法传统检验方法:血培养耗时长,阳性率低血培养耗时长,阳性率低组织活检:缺乏典型改变,影响诊断组织活检:缺乏典型改变,影响诊断白假丝酵母菌的基因组结构特征白假丝酵母菌的基因组结构特征 二倍体二倍体,单倍体基因组长,单倍体基因组长16Mb,8对染色体对染色体 可产生可产生染色体长度多态性染色体长度多态性现象现象染色体重排、易位、缺失染色体重排、易位、缺失个别染个别染色体三倍体色体三倍体 基因组中碱基转换基因组中碱基转换/颠换的频率高达颠换的频率高达1/273,使菌体很好适,使菌体很好适应环境应环境 6419个个
5、ORF,其中,其中5918个编码蛋白质个编码蛋白质 功能基因功能基因包括:结构基因、形态相关基因、代谢相关基包括:结构基因、形态相关基因、代谢相关基因、基因信息传递基因、因、基因信息传递基因、致病基因致病基因、耐药基因、耐药基因编码:黏附素、生物膜、编码:黏附素、生物膜、 菌丝体的基因菌丝体的基因分子生物学检验技术分子生物学检验技术PCRPCR-斑点杂交斑点杂交DNA指纹技术:指纹技术:RFLP, RAPD, 电泳核型电泳核型分析,分析,AP-PCR测序测序芯片芯片临床意义临床意义分子生物学检验技术分子生物学检验技术简便,快速,灵敏,特异性高简便,快速,灵敏,特异性高利于早期诊断利于早期诊断用
6、于菌株分类、分型,耐药基因检测用于菌株分类、分型,耐药基因检测2、新型隐球菌的分子生物学检、新型隐球菌的分子生物学检验验基因组结构特征基因组结构特征分子生物学检验技术分子生物学检验技术临床意义临床意义新型隐球菌新型隐球菌 cryptococcus,环境腐生菌,广泛存在于土壤、蔬菜、牛,环境腐生菌,广泛存在于土壤、蔬菜、牛奶、草地、蜂巢、鸽粪中;奶、草地、蜂巢、鸽粪中;人、动物主要传染源人、动物主要传染源 呈圆形或卵圆形,外裹由细胞壁和荚膜组成的被膜呈圆形或卵圆形,外裹由细胞壁和荚膜组成的被膜 多由多由呼吸道吸入,另有经皮肤黏膜、消化道传染。呼吸道吸入,另有经皮肤黏膜、消化道传染。可产生可产生一
7、种胞外磷脂酶一种胞外磷脂酶B破坏肺泡中的表面活性物质,进而改变破坏肺泡中的表面活性物质,进而改变肺组织的物理特性,使菌体较易在肺内形成病灶,数月内肺组织的物理特性,使菌体较易在肺内形成病灶,数月内经血行播散至脑或脑膜,引起炎症反应经血行播散至脑或脑膜,引起炎症反应 长期大量应用广谱抗生素、免疫抑制药、抗癌药物,接受长期大量应用广谱抗生素、免疫抑制药、抗癌药物,接受器官移植术,白血病器官移植术,白血病AIDS、淋巴肉瘤、系统性红斑狼疮、淋巴肉瘤、系统性红斑狼疮、结核病、糖尿病等患者为主要易感人群结核病、糖尿病等患者为主要易感人群 隐球菌性隐球菌性脑膜炎、脑膜脑炎脑膜炎、脑膜脑炎 新型隐球菌新型隐
8、球菌分为两种:分为两种:新生隐球菌:新生隐球菌:3个变种个变种新生变种,格鲁比变种,新生变种,格鲁比变种,2者的杂合者的杂合体体格特隐球菌格特隐球菌根据细胞外荚膜多糖的抗原性差根据细胞外荚膜多糖的抗原性差异,分为异,分为 5种血清型:种血清型:A、B、C、D、AD传统检测方法传统检测方法墨汁染色法墨汁染色法真菌培养:真菌培养:“金标准金标准”,阳性率不高,阳性率不高血清学血清学新型隐球菌的基因组结构特征新型隐球菌的基因组结构特征 单倍体单倍体,基因组约,基因组约20Mb,14条染色体条染色体 编码编码6574个基因个基因 2008年,陈江汉等人用年,陈江汉等人用PCR指纹技术,将指纹技术,将1
9、29株新株新型隐球菌分为型隐球菌分为8个基因型个基因型VN I, VN II, - 血清型血清型AVN III - 血清型血清型ADVN IV - 血清型血清型DVG I, VG II, VG III - 血清型血清型BVG IV - 血清型血清型C分子生物学检验技术分子生物学检验技术PCR:多扩增:多扩增rDNA复合体复合体斑点杂交斑点杂交PCR-RFLP:区分个体,确定个体:区分个体,确定个体间的遗传关系间的遗传关系临床意义:临床意义:特异性检测出新型隐球菌特异性检测出新型隐球菌区别变种,不受治疗影响区别变种,不受治疗影响敏感性更高,可用于痰液、支气管和肺敏感性更高,可用于痰液、支气管和肺
10、泡灌洗液的检测泡灌洗液的检测二、衣原体的分子生物学检验二、衣原体的分子生物学检验 沙眼衣原体的分子生物学检验沙眼衣原体的分子生物学检验 肺炎衣原体的分子生物学检验肺炎衣原体的分子生物学检验衣原体衣原体chlamydia,原核细胞型原核细胞型微生物,微生物,自然界自然界广泛分布广泛分布,专性活细胞内寄专性活细胞内寄生,广泛寄生于人、哺乳动物、禽生,广泛寄生于人、哺乳动物、禽类,仅少数致病类,仅少数致病能能通过通过0.2m的滤器的滤器,无肽聚糖,无肽聚糖,对对- -干扰素敏感,基因组小,发育干扰素敏感,基因组小,发育周期独特周期独特1、沙眼衣原体、沙眼衣原体 chlamydia trachomat
11、is(CT) 人体内长期生存并人体内长期生存并广泛传播广泛传播,不耐热不耐热 主要寄生在黏膜细胞主要寄生在黏膜细胞 根据主要外膜蛋白的抗原分为根据主要外膜蛋白的抗原分为18中血清型中血清型 常规实验室检测常规实验室检测分离培养分离培养或或镜检镜检衣原体包涵体,敏感可靠,但易受取衣原体包涵体,敏感可靠,但易受取材、培养条件、操作者经验影响材、培养条件、操作者经验影响血清学试验血清学试验:简便,快速,但特异性差,易与金葡菌、:简便,快速,但特异性差,易与金葡菌、链球菌、淋球菌等发生交叉反应链球菌、淋球菌等发生交叉反应沙眼衣原体的基因组结构特征沙眼衣原体的基因组结构特征 同时含同时含DNA和和RNA
12、 具很强的具很强的DNA修复和重组系统,基因组与其他细菌修复和重组系统,基因组与其他细菌及宿主细胞有广泛的遗传交换及宿主细胞有广泛的遗传交换 血清型血清型D基因组约基因组约1.04Mb894个编码基因,其中个编码基因,其中4%编码基因与其他细菌有同源编码基因与其他细菌有同源序列序列有有1个个7493bp隐蔽性质粒,与其他生物无同源序列隐蔽性质粒,与其他生物无同源序列分子生物学检验技术分子生物学检验技术 PCR:多扩增主要外膜蛋白基因、隐蔽性质粒多扩增主要外膜蛋白基因、隐蔽性质粒DNA、16S rRNA基因基因 LCR(连接酶链反应)技术(连接酶链反应)技术 DNA序列分析序列分析基因突变:基因
13、突变:质粒质粒tetM基因基因(四环素耐药四环素耐药)23S rRNA基因基因(大环内酯类药物大环内酯类药物)核糖体蛋白基因核糖体蛋白基因L4gyrA基因(氟喹诺酮耐药)基因(氟喹诺酮耐药) 分子生物学检验的临床意义:分子生物学检验的临床意义:方法简便、快速、敏感、特异方法简便、快速、敏感、特异适用于:无症状携带者检测、早期诊断、流行病学调查、适用于:无症状携带者检测、早期诊断、流行病学调查、基因分析、耐药检测基因分析、耐药检测2、肺炎衣原体、肺炎衣原体 chlamydia pneumoniae (CP) 1989年确定,重要的人兽共患病原体年确定,重要的人兽共患病原体 人类感染很普遍,血清学
14、证实人类感染很普遍,血清学证实5090%的成年人的成年人CP抗体抗体(+) 呼吸道病原体,主要引起人非典型性肺炎,艾滋呼吸道病原体,主要引起人非典型性肺炎,艾滋病、白血病等继发感染的重要病原菌之一病、白血病等继发感染的重要病原菌之一 常规实验室检验方法:常规实验室检验方法:病原体分离培养病原体分离培养:方法负责,耗时,敏感性不高:方法负责,耗时,敏感性不高血清学检测血清学检测:具良好的特异性、灵敏度,但机体产:具良好的特异性、灵敏度,但机体产生抗体需几周时间,生抗体需几周时间,不适合早期诊断不适合早期诊断肺炎衣原体的基因组结构特征肺炎衣原体的基因组结构特征 肺炎衣原体肺炎衣原体CWL-029株
15、基因组株基因组双链环状双链环状DNA,1230kb,不含质粒,不含质粒,推测有推测有1122个基因,编码基因个基因,编码基因1052个,结构个,结构RNA基因基因33个;个;186个基因个基因在在GenBank中未发现同源基因中未发现同源基因肺炎衣原体的分子生物学检验肺炎衣原体的分子生物学检验多用多用PCR技术检测肺炎衣原体,技术检测肺炎衣原体,以种特异性抗原以种特异性抗原MOMP基因基因为靶为靶序列序列普通普通PCRReal-time PCR巢式巢式PCR竞争性竞争性PCR临床意义:临床意义:早期诊断,流行病学调查,耐药性早期诊断,流行病学调查,耐药性分析分析三、支原体的分子生物学检验三、支
16、原体的分子生物学检验 肺炎支原体的分子生物学检验肺炎支原体的分子生物学检验 解脲支原体的分子生物学检验解脲支原体的分子生物学检验支原体支原体 mycoplasma,目前所知的能独立生活、,目前所知的能独立生活、 自行繁殖的最小自行繁殖的最小原核细胞原核细胞微生物,不同于微生物,不同于 细胞,也不同于病毒细胞,也不同于病毒 种类繁多、分布广泛、造成危害大,涉及人、动物、植种类繁多、分布广泛、造成危害大,涉及人、动物、植物及昆虫等,给物及昆虫等,给人类健康和科研人类健康和科研工作带来不利影响工作带来不利影响 0.20.3m大小,大小,没有细胞壁没有细胞壁,具可塑性、可过滤性、,具可塑性、可过滤性、
17、易溶解性;高度多形性易溶解性;高度多形性 基因组小,结构简单,生物合成、代谢能力有限,可在基因组小,结构简单,生物合成、代谢能力有限,可在固体培养基上形成固体培养基上形成“荷包蛋荷包蛋”样菌落样菌落 对人致病:肺炎支原体(肺炎),人型支原体,解脲支对人致病:肺炎支原体(肺炎),人型支原体,解脲支原体,生殖器支原体(泌尿生殖道感染)原体,生殖器支原体(泌尿生殖道感染)1、肺炎支原体、肺炎支原体 mycoplasma pulmonis (MP),原,原发性发性非典型性肺炎非典型性肺炎(肺炎支原体肺(肺炎支原体肺炎炎 )的病原体)的病原体 主要经飞沫传染,潜伏期主要经飞沫传染,潜伏期23周,周,发病
18、率以青少年最高。临床症状较发病率以青少年最高。临床症状较轻,或无症状,有个别死亡报道。轻,或无症状,有个别死亡报道。一年四季均可发生,秋冬居多。一年四季均可发生,秋冬居多。MP的基因组结构特征的基因组结构特征 MP基因组含能量代谢基因,基因组含能量代谢基因,DNA复制、转录、翻复制、转录、翻译必须的基因;译必须的基因; 维生素、核酸前体、脂肪酸合成的基因较少维生素、核酸前体、脂肪酸合成的基因较少 合成细胞壁、氨基酸的基因缺失合成细胞壁、氨基酸的基因缺失 肺炎支原体肺炎支原体M129株株单一环状单一环状ds DNA,816394bp677个个ORF,39个个RNA编码基因;编码基因;75.9%O
19、RF与其他生物有相似性与其他生物有相似性肺炎支原体肺炎肺炎支原体肺炎 临床表现:临床表现: 影像学检查:影像学检查:胸片阴影显著,病变可很轻微,也可胸片阴影显著,病变可很轻微,也可很广泛很广泛 临床表现和胸部临床表现和胸部X线检查并不具特征性,要明确诊线检查并不具特征性,要明确诊断,断,需要进行病原体的检测需要进行病原体的检测肺炎支原体肺炎支原体病原学诊断病原学诊断支原体培养支原体培养:标本:可为鼻咽拭子或吸液、痰、胸膜积液、标本:可为鼻咽拭子或吸液、痰、胸膜积液、支气管肺泡灌洗物、气管吸液和肺组织等支气管肺泡灌洗物、气管吸液和肺组织等培养:培养:SP-4和改良的和改良的Hayflick肉汤和
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