生化反应动力学-PPT课件.ppt
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- 生化 反应 动力学 PPT 课件
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1、生化反应动力学生化反应动力学单底物酶反应动力学单底物酶反应动力学多底物酶反应动力学多底物酶反应动力学各种因素对酶反应速度的影响各种因素对酶反应速度的影响微生物代谢调节的生化基础微生物代谢调节的生化基础 生物在表观上所显示的一切生理现象生物在表观上所显示的一切生理现象( (实为体内生物实为体内生物化学反应化学反应) )都与酶的作用密切相关。因此,研究生化都与酶的作用密切相关。因此,研究生化反应动力学也就是研究酶催化反应动力学。反应动力学也就是研究酶催化反应动力学。 微生物的生长和产物的生成都是一系列复杂的酶催化微生物的生长和产物的生成都是一系列复杂的酶催化反应的结果。要了解微生物发酵动力学必须首
2、先了解反应的结果。要了解微生物发酵动力学必须首先了解酶反应动力学。酶反应动力学。 酶动力学主要研究酶催化反应的速度及各种因素(包酶动力学主要研究酶催化反应的速度及各种因素(包括酶浓度、底物浓度、产物、括酶浓度、底物浓度、产物、pHpH值、温度、抑制剂和值、温度、抑制剂和激活剂等)对反应速度的影响,并提出从反应物到产激活剂等)对反应速度的影响,并提出从反应物到产物之间可能进行的历程。物之间可能进行的历程。 单底物、单产物反应;单底物、单产物反应; 酶促反应速度一般在规定的反应条件下,酶促反应速度一般在规定的反应条件下,用单位时间内底物的消耗量和产物的生用单位时间内底物的消耗量和产物的生成量来表示
3、;成量来表示; 反应速度取其初速度,即底物的消耗量反应速度取其初速度,即底物的消耗量很小(一般在很小(一般在5 5以内)时的反应速度;以内)时的反应速度; 底物浓度远远大于酶浓度。底物浓度远远大于酶浓度。(S E)研究前提研究前提一、底物浓度对酶反应速率的影响一、底物浓度对酶反应速率的影响初速度初速度 酶促反应速度逐渐降低酶促反应速度逐渐降低 酶促反应的时间进展曲线酶促反应的时间进展曲线v 在其他因素不变的情况下,底物浓度对反应速在其他因素不变的情况下,底物浓度对反应速度的影响呈度的影响呈矩形双曲线关系。矩形双曲线关系。当底物浓度较低时当底物浓度较低时反应速度与底物浓度成正比;反应为一级反应。
4、反应速度与底物浓度成正比;反应为一级反应。随着底物浓度的增高随着底物浓度的增高反应速度不再成正比例加速;反应为混合级反应。反应速度不再成正比例加速;反应为混合级反应。当底物浓度高达一定程度当底物浓度高达一定程度反应速度不再增加,达最大速度;反应为零级反应反应速度不再增加,达最大速度;反应为零级反应E + S ES P + E(一)中间络合物学说(一)中间络合物学说 k4三个假设:三个假设:(1)E与与S形成形成ES复合物的反应是快速平衡反应,而复合物的反应是快速平衡反应,而 ES分解为分解为E及及P的反应为慢反应,反应速度取决于的反应为慢反应,反应速度取决于慢反应即慢反应即 Vk3ES。(2)
5、S的总浓度远远大于的总浓度远远大于E的总浓度,因此在反应的初的总浓度,因此在反应的初始阶段,始阶段,S的浓度可认为不变即的浓度可认为不变即SSt。 (3)P0 忽略忽略 这步反应这步反应 ESE + Pk4E + S ESE + P(二)酶促反应的动力学方程式(二)酶促反应的动力学方程式1、米氏方程的推导、米氏方程的推导v1913年年Michaelis和和Menten提出反应速度与底提出反应速度与底物浓度关系的数学方程式,即米曼氏方程物浓度关系的数学方程式,即米曼氏方程式,简称式,简称米氏方程米氏方程(Michaelis equation)。S:底物浓度:底物浓度V:不同:不同S时的反应速度时
6、的反应速度Vmax:最大反应速度:最大反应速度(maximum velocity) m:米氏常数:米氏常数(Michaelis constant) SKSVvmmax 稳态时稳态时ES浓度不变浓度不变 反应速度反应速度 V=k3ES ES的生成速度的生成速度=消耗速度消耗速度 k1ES=k2ES + k3ES E的质量平衡方程的质量平衡方程 E=Et - ESE + S ES P + E()()()稳态时稳态时ES浓度不变浓度不变反应速度反应速度 V=k3ES ES的生成速度的生成速度=消耗速度消耗速度 k1ES=k2ES + k3ESE的质量平衡方程的质量平衡方程 E=Et - ESE +
7、S ES P + EV= V VSKm + S V V=Vmax=k3ESmax=k3EtKm= k2 + k3 k1 a.当当S很小时很小时V=V VS/Km 反应反应V= V VSKm + Sb.当当S很大时很大时V=V VS/S=V V 0 级反应级反应混合混合级级Km=?Km = SV= V VSKm + S若若 VV/2V2V SKm + S1Km + S = 2S2 2、动力学参数的意义、动力学参数的意义(1)米氏常数)米氏常数Km的意义的意义KmS Km值等于酶促反应速度为最大反应速度一半值等于酶促反应速度为最大反应速度一半时的底物浓度,单位是时的底物浓度,单位是mol/L。2K
8、m + S Vmax VmaxS Km是酶的特性常数:是酶的特性常数: 与与pH 、温度、离子强度、酶及底物种类有关,与酶浓度无、温度、离子强度、酶及底物种类有关,与酶浓度无关,可以鉴定酶。关,可以鉴定酶。酶酶底物底物Km(mmolKm(mmol/L)/L)脲酶脲酶尿素尿素25溶菌酶溶菌酶6-N-乙酰葡萄糖乙酰葡萄糖胺胺0.006葡萄糖葡萄糖-6-磷酸磷酸脱氢酶脱氢酶6-磷酸磷酸-葡萄糖葡萄糖0.058胰凝乳蛋白酶胰凝乳蛋白酶苯甲苯甲酰酪氨酰胺酰酪氨酰胺2.5甲甲酰酪氨酰胺酰酪氨酰胺12.0乙乙酰酪氨酰胺酰酪氨酰胺32.0可以判断酶的专一性和天然底物可以判断酶的专一性和天然底物Km值最小的底物
9、值最小的底物最适底物最适底物/天然底物天然底物1/Km近似表示酶对底物的亲和力:近似表示酶对底物的亲和力:1/Km越越大大、亲和力越、亲和力越大大Km= k2 + k3 k1Kmk2(分离能力)(分离能力)/k1(亲合能力)(亲合能力)E + S ES P + EKm越越小小,亲和力越,亲和力越强。强。SS很小时,反应速度就能达到很大。很小时,反应速度就能达到很大。性能优,代谢中这类酶更为重要性能优,代谢中这类酶更为重要k2k3时时 Km可帮助判断某代谢反应的方向和途径可帮助判断某代谢反应的方向和途径催化可逆反应的酶对正催化可逆反应的酶对正/逆两向底物逆两向底物Km不同不同 Km较小者为主要底
10、物较小者为主要底物根据根据Km:判断某判断某s时时v与与Vmax的关系的关系判断抑制剂的类型判断抑制剂的类型乳酸脱氢酶乳酸脱氢酶(1.710-5)丙酮酸脱氢酶丙酮酸脱氢酶(1.310-3)丙酮酸脱羧酶丙酮酸脱羧酶(1.010-3)丙酮酸丙酮酸乳酸乳酸乙酰乙酰CoA乙醛乙醛丙酮酸浓度较低时:丙酮酸浓度较低时:代谢哪条途径决定于代谢哪条途径决定于Km最小的酶最小的酶一底物多酶反应一底物多酶反应(2)Vmax和和k3(kcat)的意义的意义一定酶浓度下,酶对特定底物的一定酶浓度下,酶对特定底物的Vmax也是一也是一个常数。个常数。S很大时,很大时, Vmax k3E 。k3表示当酶被底物饱和时,每秒
11、钟每个酶分子表示当酶被底物饱和时,每秒钟每个酶分子转换底物的分子数,转换底物的分子数,又称为转换数、催化常数又称为转换数、催化常数kcat kcat越大,酶的催化效率越高越大,酶的催化效率越高(3) kcat/km的意义:的意义:V= V VmaxSKm + SVmax=kcatEt V=kcatEtSKm + S当S Km时,EEt是是E和和S反应形成产物的表观二级速率常数。反应形成产物的表观二级速率常数。 其大小可用于比较酶的催化效率。其大小可用于比较酶的催化效率。kcat/km k3k1k2+k3 kcat/km的上限为的上限为k1,即生成即生成ES的速率,即酶的速率,即酶的催化效率不超
12、过的催化效率不超过E和和S形成形成ES的结合速率的结合速率kcatkcat/km/km的大小可以比较不同酶或同一种酶的大小可以比较不同酶或同一种酶催化不同底物的催化效率。催化不同底物的催化效率。(1)Lineweaver-Burk 林林-贝氏双倒数作图法贝氏双倒数作图法3 3、 KmKm与与V V的求取的求取蔗糖酶米氏常数(蔗糖酶米氏常数(Km)的测定)的测定1. 配配12支蔗糖底物溶液,浓度分别为支蔗糖底物溶液,浓度分别为0、0.005、0.00625、0.0075、0.00875、0.010、0.0125、0.015、0.02、0.025、0.0375、0.050M,在,在35水水浴保温;
13、浴保温;2. 加入加入3U/ml已在已在35 水浴保温的酶溶液,准确作用水浴保温的酶溶液,准确作用5分钟,终止反应;分钟,终止反应;3. 各吸取各吸取0.5ml反应液与反应液与3,5-二硝基水杨酸,沸水浴二硝基水杨酸,沸水浴5分钟,冷却后在分钟,冷却后在540nm测定吸光度测定吸光度OD值;值;4. 作图作图(2)Eadie-Hofstee作图法作图法v=Vmax-KmvS v VSVmax斜率斜率Km (3)Hanes-Woolf作图法作图法 Sv =SVmax +KmVmax 斜率斜率= 1/Vm-KmVmax=v+vS Km vVmaxS3Km2KmKm(4)Eisenthal和和Cor
14、nish-Bowden线性作图法线性作图法二、多底物的酶促反应动力学二、多底物的酶促反应动力学 分为单底物、双底物和三底物反应分为单底物、双底物和三底物反应1.酶促反应按底物分子数分类:酶促反应按底物分子数分类:有序反应(有序反应(ordered reactions)领先底物领先底物释放释放释放释放A和和Q竞争地与自由酶结合竞争地与自由酶结合(1 1)序列反应或单置换反应)序列反应或单置换反应2.多底物反应按动力学机制分类:多底物反应按动力学机制分类:随机反应(随机反应(random reactions)如肌酸激酶使肌酸磷酸化的反应如肌酸激酶使肌酸磷酸化的反应 A AE PE P E E Q
15、EQ EB B A和和Q竞争自由酶竞争自由酶E形式形式 B和和P竞争修饰酶形式竞争修饰酶形式E A和和Q不同不同E结合结合 B和和P也不与也不与E结合。结合。(2)乒乓反应或双置换反应乒乓反应或双置换反应3.3.双底物反应的动力学方程双底物反应的动力学方程(1)序列机制序列机制的底物动力学方程及动力学图的底物动力学方程及动力学图 在在B的浓度达到饱和时的浓度达到饱和时A的米氏常数的米氏常数 在在A的浓度达到饱和时的浓度达到饱和时B的米氏常数的米氏常数 底物底物A与酶结合的解离常数与酶结合的解离常数 底物底物A、B都达到饱和时最大反应速率都达到饱和时最大反应速率(2)乒乓机制乒乓机制的底物动力学
16、方程及动力学图的底物动力学方程及动力学图 在在B的浓度达到饱和时的浓度达到饱和时A的米氏常数的米氏常数 在在A的浓度达到饱和时的浓度达到饱和时B的米氏常数的米氏常数 底物底物A、B都达到饱和时最大反应速率都达到饱和时最大反应速率 三、酶的抑制作用三、酶的抑制作用w失活作用失活作用:使酶:使酶Pr变性而引起酶活力丧失。变性而引起酶活力丧失。w抑制作用抑制作用:使酶活力下降但不引起变性。:使酶活力下降但不引起变性。w抑制剂抑制剂:能引起抑制作用的物质。:能引起抑制作用的物质。(一)抑制程度的表示方法(一)抑制程度的表示方法V0 :Vi :不加入抑制剂时的反应速率不加入抑制剂时的反应速率加入抑制剂后
17、的反应速率加入抑制剂后的反应速率以反应速率的变化表示以反应速率的变化表示1.1.相对活力分数(残余活力分数)相对活力分数(残余活力分数)a =v iv 0 a% =viv0 100 2.相对活力百分数(残余活力百分数)相对活力百分数(残余活力百分数) V0 Vi Vi V03.3.抑制分数抑制分数指被抑制而失去活力的分数指被抑制而失去活力的分数i=1a=1viv0 V0 Vi 4.抑制百分数抑制百分数i=(1a) 100 =(1viv0 )100 Vi V0 抑抑制制率率 依据依据: 能否用透析、超滤等物理方法能否用透析、超滤等物理方法 除去抑制剂,使酶复活除去抑制剂,使酶复活。不可逆抑制不可
18、逆抑制与与可逆抑制可逆抑制(二)抑制作用的分类(二)抑制作用的分类1 1、不可逆抑制作用、不可逆抑制作用 : 抑制剂与酶必需基团以牢固的共价键相连抑制剂与酶必需基团以牢固的共价键相连 很多为剧毒物质很多为剧毒物质 重金属、有机磷、有机汞、有机砷、重金属、有机磷、有机汞、有机砷、 氰化物、青霉素、毒鼠强等。氰化物、青霉素、毒鼠强等。不可逆抑制不可逆抑制不可逆抑制剂不可逆抑制剂 非专一性非专一性不可逆抑制剂不可逆抑制剂(作用于一(作用于一/几类基团)几类基团) 专一性专一性不可逆抑制剂不可逆抑制剂(作用于某一种酶的(作用于某一种酶的 活性部位基团)活性部位基团)2、不可逆抑制剂、不可逆抑制剂不可逆
19、抑制不可逆抑制 (1) 非专一性不可逆抑制剂非专一性不可逆抑制剂 重金属离子重金属离子 Ag+ 、 Cu2+ 、 Hg2+ 、 Pb2+ 、 Fe3+ 高浓度时可使酶蛋白变性失活;高浓度时可使酶蛋白变性失活; 低浓度时对酶活性产生抑制。低浓度时对酶活性产生抑制。 通过加入通过加入EDTA解除解除 H2N-CH-COOH CH2 SH H2N-CH-COOH CH2 S-CH2COOHICH2COOHHI烷化剂烷化剂(多为卤素化合物)(多为卤素化合物)+碘乙酸碘乙酸有机磷化合物(敌百虫、沙林)有机磷化合物(敌百虫、沙林)胆碱胆碱酯酶酯酶OHPOC2H5OC2H5S有机磷农药部分+(CH3)3N+
20、CH2CH2OCOCH3(CH3)3N+CH2CH2OH +CH3COOHH2O胆碱乙酰化酶胆碱乙酰化酶胆碱酯酶胆碱酯酶胆碱胆碱乙酰胆碱乙酰胆碱积累导致神经中毒症状积累导致神经中毒症状如何紧急救治?如何紧急救治?排毒排毒洗胃、喝鸡蛋清牛奶洗胃、喝鸡蛋清牛奶导泄、利尿导泄、利尿 血液透析(清除游离状态毒物)血液透析(清除游离状态毒物)解毒药:解磷定解毒药:解磷定NCH3CHNOHRO O RO ORO X RO OE P + EOH P + HX有机磷化合物有机磷化合物 羟基酶羟基酶 磷酰化酶磷酰化酶( (失活失活) ) 酸酸RO ORO OE P + -CHNOH磷酰化酶磷酰化酶( (失活失活
21、) )NN+ +CH3 -CHNNN+ +CH3O ORO OR +EOH P解磷定解磷定解毒解毒 - - - - - - 解磷定解磷定(PAM)(PAM):有机汞、有机砷化合物有机汞、有机砷化合物与酶分子中与酶分子中-SH作用;作用; 可通过加入过量巯基化合物解除。可通过加入过量巯基化合物解除。氰化物、硫化物和氰化物、硫化物和COCO 与酶中金属离子形成稳定的络合物与酶中金属离子形成稳定的络合物 如氰化物与含铁卟啉细胞色素氧化酶结合如氰化物与含铁卟啉细胞色素氧化酶结合青霉素(青霉素(penicillinpenicillin) 与细菌糖肽转肽酶与细菌糖肽转肽酶Ser-OHSer-OH活性,活性
22、, 影响细胞壁合成。影响细胞壁合成。(2 2) 专一性不可逆抑制剂专一性不可逆抑制剂 KsKs型型 具有底物类似的结构具有底物类似的结构(设计)(设计) 带有一活泼基团:与必需基团反应(抑制)带有一活泼基团:与必需基团反应(抑制) 利用对酶亲合性进行修饰利用对酶亲合性进行修饰 亲合标记试剂(亲合标记试剂(affinity labeling affinity labeling reagentreagent)Kcat型型具有底物类似的结构具有底物类似的结构本身是酶的底物本身是酶的底物还有一潜伏的反应基团还有一潜伏的反应基团“自杀性底物自杀性底物” 抑制作用可通过透析等方法除去。抑制作用可通过透析等
23、方法除去。 原因:非共价键结合原因:非共价键结合可逆抑制可逆抑制竞争性抑制竞争性抑制(competitive inhibition)非竞争性抑制非竞争性抑制(non-competitive I.)反竞争性抑制反竞争性抑制(uncompetitive I.) 3 3、可逆抑制作用:、可逆抑制作用:(1)竞争性()竞争性(Competitive)抑制抑制 抑制剂(抑制剂( inhibitor)【举例【举例】G 丙二酸丙二酸与琥珀酸竞争琥珀酸脱氢酶与琥珀酸竞争琥珀酸脱氢酶COOH CH2 CH2COOH COOH COOH CH2 丙二酸丙二酸琥珀酸琥珀酸琥珀酸脱氢酶琥珀酸脱氢酶FADFADH2延胡
24、索酸延胡索酸琥珀酸琥珀酸竞争性抑制竞争性抑制G 磺胺类药物的抑菌机制:磺胺类药物的抑菌机制:与与对氨基苯甲酸对氨基苯甲酸竞争竞争二氢叶酸合成酶二氢叶酸合成酶二氢蝶呤啶二氢蝶呤啶 对氨基苯甲酸对氨基苯甲酸 谷氨酸谷氨酸二氢叶酸二氢叶酸合成酶合成酶二氢叶酸二氢叶酸COOH H2N SO2NHR H2N 磺磺 胺胺 类类 药药 物物利用竞争性抑制是药物设计主要思路利用竞争性抑制是药物设计主要思路磺胺类药磺胺类药抗菌机理:抗菌机理: (与对氨基苯甲酸(与对氨基苯甲酸是结构类似物)是结构类似物)竞争性抑制细菌叶酸形成,抑制细菌繁殖竞争性抑制细菌叶酸形成,抑制细菌繁殖人通过食物直接补充叶酸,对人无毒害。人
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