生物化学课件DNA的生物合成精要.ppt
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- 生物化学 课件 DNA 生物 合成 精要
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1、目录目录第第9 9章章DNA的生物合成的生物合成DNA Biosynthesis ( Replication )目录目录目录目录目录目录蛋白质蛋白质Francis Crick (1916-2004 )DNARNA1958年目录目录复制复制( (replication)是指遗传物质的传代,以亲代是指遗传物质的传代,以亲代DNA为模板合成子代为模板合成子代DNA的过程。的过程。目录目录n本章主要内容:本章主要内容: 复制的基本规律复制的基本规律 DNA复制的反应体系复制的反应体系 复制的过程复制的过程 逆转录逆转录 DNA损伤与修复损伤与修复复制复制(replication)(replicatio
2、n)DNADNA的复制的复制DNA Replication第第 一一 节节目录目录复制的方式复制的方式 半保留复制半保留复制(semi-conservative replication)半不连续复制半不连续复制(semi-discontinuous replication)双向复制双向复制(bidirectional replication)复制的高保真性复制的高保真性(high fidelity) 一一. .复制的基本规律复制的基本规律 目录目录1、半保留复制半保留复制是是DNA复制的基本特征复制的基本特征 DNA生物合成时,生物合成时,母链母链DNADNA解开为两解开为两股单链,各自作为股
3、单链,各自作为模板模板(template)按按碱基配碱基配对规律对规律,合成与,合成与模板互补的子链模板互补的子链。子代。子代DNA,一条单链从亲代完整地接受过来,一条单链从亲代完整地接受过来,另一条单链则完全从新合成。两个另一条单链则完全从新合成。两个子代子代DNA都和都和亲代亲代DNA碱基序列一致。这种复碱基序列一致。这种复制方式称为制方式称为半保留复制半保留复制。n半保留复制的概念半保留复制的概念: :AGGTACTGCCACTGGTCCATGACGGTGACCCCACTGGGGTGACCAGGTACTGTCCATGACTCCATGACAGGTACTGAGGTACTGCCACTGGTCC
4、ATGACGGTGACCAGGTACTGCCACTGGTCCATGACGGTGACC+母链母链DNA复制过程中形成复制过程中形成的复制叉的复制叉子代子代DNA目录目录n子链继承母链遗传信息的几种可能方式子链继承母链遗传信息的几种可能方式: : 全保留式全保留式 半保留式半保留式 混合式混合式 密度梯度离心实验密度梯度离心实验 含含15N-DNA的细菌的细菌培养于普通培养于普通培养液培养液(14N) 第一代第一代继续培养于继续培养于普通培养液普通培养液 第二代第二代 实验结果支持实验结果支持半保留复制半保留复制的设想。的设想。15N-DNA14N-DNA混合混合目录目录按半保留复制方式,子代按半
5、保留复制方式,子代DNA与亲代与亲代DNA A的的碱基序列一致碱基序列一致,即子代保留了亲代的全部遗,即子代保留了亲代的全部遗传信息,体现了遗传的传信息,体现了遗传的保守性保守性。n半保留复制的意义半保留复制的意义: :目录目录2、DNA一股子链复制的方向与解链一股子链复制的方向与解链方向相反导致方向相反导致半不连续复制半不连续复制5 3 解链方向解链方向3 5 领头链领头链(leading strand)随从链随从链(lagging strand)3 5 3 5 3 5 领头链连续复制,领头链连续复制,随从链不连续复制,随从链不连续复制,这就是复制的半不连续性这就是复制的半不连续性冈崎片段冈
6、崎片段目录目录 顺着解链方向生成的子链,复制是连续进行的,顺着解链方向生成的子链,复制是连续进行的,这股链称为这股链称为领头链领头链(leading strand) 。 另一子链因为复制的方向与解链方向相反,不另一子链因为复制的方向与解链方向相反,不能顺着解链方向连续延长,这条不连续复制的能顺着解链方向连续延长,这条不连续复制的链称为链称为随从链随从链(lagging strand) 。复制中的不连。复制中的不连续片段称为续片段称为冈崎片段冈崎片段(okazaki fragment)。 领头链连续复制而随从链不连续复制,就是复领头链连续复制而随从链不连续复制,就是复制的制的半不连续性半不连续性
7、。 目录目录 原核生物复制时,原核生物复制时,DNA从从起始点起始点(origin)向两个向两个方向解链,形成两个延伸方向相反的方向解链,形成两个延伸方向相反的复制叉复制叉,称为称为双向复制双向复制。 3、DNA复制从起始点向两个方向延复制从起始点向两个方向延伸形成伸形成双向复制双向复制A. 环状双链环状双链DNA及复制起始点及复制起始点B. 复制中的两个复制叉复制中的两个复制叉C. 复制接近终止点复制接近终止点(termination, ter)oriterA B C目录目录 真核生物每个染色体有多个起始点,是多复真核生物每个染色体有多个起始点,是多复制子的复制。习惯上把两个相邻起始点之间制
8、子的复制。习惯上把两个相邻起始点之间的距离定为一个的距离定为一个复制子复制子(replicon) 。复制子是。复制子是独立完成复制的功能单位。独立完成复制的功能单位。 53oriorioriori53复制子复制子53oriorioriori5355335533复制子复制子已完成复制的复制子已完成复制的复制子复复制制进进程程目录目录目录目录2. 酶在复制延长时酶在复制延长时对碱基的选择功能对碱基的选择功能1. 遵守严格的遵守严格的碱基配对规律碱基配对规律3.复制出错时酶的复制出错时酶的及时校读功能及时校读功能DNA复制的复制的保真性保真性至少要依赖至少要依赖三种机制三种机制 4、复制的高保真性、
9、复制的高保真性目录目录目录目录半保留复制半保留复制semi-conservative replication半不连续复制半不连续复制semi-discontinuous replication复制方向为双向复制方向为双向bidirectional replication高保真性复制高保真性复制high fidelity复制的特点复制的特点 目录目录二二. DNA. DNA复制的反应体系复制的反应体系The Enzymology and Topology of DNA Replication目录目录n参与参与DNA复制的物质复制的物质: 底物底物(substrate): dATP, dGTP,
10、dCTP, dTTP;(dNTP) 聚合酶聚合酶(polymerase): 依赖依赖DNA的的DNA聚合酶,简写为聚合酶,简写为 DNA-pol; 模板模板(template): 解开成单链的解开成单链的DNA母链;母链; 引物引物(primer):与模板互补的与模板互补的RNA片段,提供片段,提供3 -OH末末端使端使dNTP可以依次聚合;可以依次聚合; 其他的其他的酶和蛋白质因子。酶和蛋白质因子。目录目录参与DNA复制的物质DNA复复制系统制系统底物底物dNTPdNTP聚合酶聚合酶DNA-polDNA-pol模板模板解成单链解成单链的的DNADNA母链母链引物引物与模板互补的与模板互补的R
11、NARNA片段片段其它酶其它酶和蛋白质因子和蛋白质因子底物底物(substrate): dATP, dGTP, dCTP, dTTP聚合酶聚合酶(polymerase): 依赖依赖DNA的的DNA聚合酶聚合酶简写简写 为为 DNA-pol模板模板(template) : 解开成单链的解开成单链的DNA母链母链引物引物(primer): 提供提供3 -OH末端使末端使dNTP可以依次聚合可以依次聚合解螺旋酶解螺旋酶引物酶引物酶单链单链DNA结合蛋白结合蛋白DNA连接酶等连接酶等目录目录1、核苷酸和核苷酸之间生成、核苷酸和核苷酸之间生成磷酸二酯键磷酸二酯键是复制的基本化学反应是复制的基本化学反应(
12、dNMP)n + dNTP (dNMP)n+1 + PPiHOP PPGPPi5 端端3 端端CGA目录目录2、DNA聚合酶催化核苷酸之间聚合聚合酶催化核苷酸之间聚合 全称:全称:依赖依赖DNA的的DNA聚合酶聚合酶 (DNA-dependent DNA polymerase) 简称:简称:DNA-pol 活性:活性:1. 53 的聚合活性的聚合活性2. 核酸外切酶活性核酸外切酶活性5 A G C T T C A G G A T A 3 | | | | | | | | | | |3 T C G A A G T C C T A G C G A C 5 3 5 外切酶活性外切酶活性: 5 3 外切
13、酶活性外切酶活性:?能切除突变的能切除突变的 DNA片段或片段或RNA引物。引物。能辨认错配的碱基对,并将能辨认错配的碱基对,并将碱基错配核苷酸碱基错配核苷酸水解。水解。n核酸外切酶活性核酸外切酶活性: : 目录目录(一)原核生物的(一)原核生物的DNA聚合酶分为三型聚合酶分为三型 DNA-pol DNA-pol DNA-pol 目录目录n功能:功能: DNA-pol (109kD)对复制中的错误进行校读,对复制和修复对复制中的错误进行校读,对复制和修复中出现的空隙进行填补。中出现的空隙进行填补。1、DNA聚合酶活性聚合酶活性 2、 5 核酸外切酶活性核酸外切酶活性3、5 核酸外切酶活性核酸外
14、切酶活性目录目录B B:如果碱基配对正确,:如果碱基配对正确,DNA-polIDNA-polI则不表现外切酶活性;只表则不表现外切酶活性;只表现聚合酶活性。现聚合酶活性。DNA-pol I外切活性外切活性聚合活性聚合活性dCTPC3A A:碱基配对错误,:碱基配对错误,DNA-DNA-polIpolI表现外切酶活性,切表现外切酶活性,切除错配碱基;并用其聚合除错配碱基;并用其聚合活性掺入正确配对的底物活性掺入正确配对的底物模板链模板链新合成链新合成链模板链模板链C新合成链新合成链目录目录n功能:功能: DNA-pol (250kD)是原核生物复制延长中真正起催化作用的酶。是原核生物复制延长中真
15、正起催化作用的酶。1、DNA聚合酶活性聚合酶活性 2、 5 核酸外切酶活性核酸外切酶活性 - -复合物复合物目录目录nPolIIIPolIII全酶全酶(二聚体)(二聚体)每一个单体都具有催化每一个单体都具有催化活性,一个作用于领头链,另一个作用于随从活性,一个作用于领头链,另一个作用于随从链,使两股链在链,使两股链在同一地方同一时间进行合成同一地方同一时间进行合成。n随从链母链环绕随从链母链环绕360360度度,形成局部片断与领头链,形成局部片断与领头链靠近,沿靠近,沿同一方向同一方向进行合成。进行合成。( 亚基)亚基)(核心酶)(核心酶)目录目录(二)常见的真核细胞(二)常见的真核细胞DNA
16、聚合酶有五种聚合酶有五种DNA-pol 引物合成,随从链的部分合成。引物合成,随从链的部分合成。延长子链的主要酶。延长子链的主要酶。参与低保真度的复制,参与损伤修复参与低保真度的复制,参与损伤修复。在复制过程中起校读、修复和填补缺在复制过程中起校读、修复和填补缺口的作用。口的作用。在线粒体在线粒体DNA复制中起催化作用。复制中起催化作用。DNA-pol DNA-pol DNA-pol DNA-pol 目录目录真核生物的真核生物的DNA聚合酶聚合酶填补引物填补引物空隙,切空隙,切除修复,除修复,重组重组延长子延长子链的主链的主要酶,要酶,解螺旋解螺旋酶活性酶活性线粒体线粒体DNA复复制制参与损参
17、与损伤修复伤修复引物酶引物酶作用作用功能功能+-3 5 外切酶外切酶高高高高高高?中中5 3 聚合酶聚合酶25.512.514.04.016.5分子量(分子量( kDDNA-pol填补引物填补引物空隙,切空隙,切除修复,除修复,重组重组延长子延长子链的主链的主要酶要酶,解螺旋解螺旋酶活性酶活性线粒体线粒体DNA复复制制功能功能+-3 5 高高高高高高低低中中5 3 25.512.514.04.016.5分子量(分子量(DNA-pol目录目录理顺理顺DNA链链拓扑异构酶拓扑异构酶 (,)稳定已解开的单链稳定已解开的单链单链单链DNA结合蛋白结合蛋白SSB催化催化RNA引物生成引物生成引物酶引物酶
18、DnaG (dnaG)运送和协同运送和协同DnaBDnaC (dnaC)解开解开DNA双链双链解螺旋酶解螺旋酶DnaB (dnaB)识别并结合起始点识别并结合起始点DnaA (dnaA)蛋白质(基因)蛋白质(基因)通用名通用名功能功能原核生物与复制相关蛋白质原核生物与复制相关蛋白质3 3、与复制相关的其他酶、与复制相关的其他酶目录目录解螺旋酶解螺旋酶(helicase)利用利用ATP供能,作用于供能,作用于氢键,使氢键,使DNA双链解开成为两条单链。双链解开成为两条单链。引物酶引物酶(primase) 复制起始时催化生成复制起始时催化生成RNA引物的酶。引物的酶。单链单链DNA结合蛋白结合蛋白
19、(single stranded DNA binding protein, SSB) 在复制中维持模板处于单链状在复制中维持模板处于单链状态并保护单链的完整。态并保护单链的完整。 DnaBDnaG目录目录 DNA的高级结构是超螺旋结构的高级结构是超螺旋结构超螺旋结构超螺旋结构(superhelix 或或supercoil)DNA双螺旋链再盘绕即形成超螺旋结构。双螺旋链再盘绕即形成超螺旋结构。 正超螺旋正超螺旋(positive supercoil)盘绕方向与盘绕方向与DNA双螺旋方同相同,即延双螺旋方同相同,即延右手右手方向方向扭曲。扭曲。负超螺旋负超螺旋(negative supercoil
20、)盘绕方向与盘绕方向与DNA双螺旋方向相反双螺旋方向相反即延即延左手左手方向方向扭曲。扭曲。原核生物原核生物DNA的环状超螺旋结构的环状超螺旋结构原核生物原核生物DNA多为环状,以负超螺旋的形多为环状,以负超螺旋的形式存在式存在,平均每平均每200200碱基就有一个超螺旋形成。碱基就有一个超螺旋形成。目录目录目录目录108超螺旋局部解开超螺旋局部解开 DNA拓扑异构酶拓扑异构酶改变改变DNA超螺旋状态、超螺旋状态、 理顺理顺DNA链链目录目录DNA复制解螺旋时延同一轴反向旋转,复制解螺旋时延同一轴反向旋转,DNA分子分子打结,缠绕。在复制叉前产生正超螺旋。打结,缠绕。在复制叉前产生正超螺旋。目
21、录目录拓扑异拓扑异构酶构酶切断切断DNA双链中双链中一股一股链,使链,使DNA解解链旋转不致打结;适当时候封闭切链旋转不致打结;适当时候封闭切口,口,DNA变为松弛状态变为松弛状态。反应反应不需不需ATP。拓扑异拓扑异构酶构酶切断切断DNA分子分子两股两股链,断端通过链,断端通过切口旋转使超螺旋松弛。切口旋转使超螺旋松弛。利用利用ATP供能,连接断端,供能,连接断端, DNA分子进入负超螺旋状态。分子进入负超螺旋状态。n作用机制:作用机制:目录目录放大放大超超螺旋螺旋放大放大双双螺旋螺旋OH3P-5拓拓扑扑酶酶I拓扑酶拓扑酶I 切断切断DNA双链中的一股,使两个双链中的一股,使两个螺旋变为一个
22、,适当时候再封闭缺口螺旋变为一个,适当时候再封闭缺口DNA解链旋转不致打结解链旋转不致打结目录目录拓扑酶拓扑酶的作用方式:的作用方式:目录目录4、DNA连接酶连接连接酶连接DNA双链中的双链中的单链缺口单链缺口连接连接DNA链链3 -OH末端末端和相邻和相邻DNA链链5 -P末端末端,使二者生成,使二者生成磷酸二酯键磷酸二酯键,从而把两段相,从而把两段相邻的邻的DNA链连接成一条完整的链。链连接成一条完整的链。n DNA连接酶连接酶(DNA ligase)作用方式:作用方式:POO-O-OHO5POO-O-O335DNA连接酶连接酶ATPADP5353nDNA连接酶的作用:连接酶的作用:目录目
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