核酸化学与核苷酸代谢 ppt课件.ppt
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1、 核核酸酸化化学学与与核核苷苷酸酸代代谢谢 概述 核酸与蛋白质一样,是一切生物机体不可缺少的组成部分。 核酸是生命遗传信息的携带者和传递者,它不仅对于生命的延续,生物物种遗传特性的保持,生长发育,细胞分化等起着重要的作用,而且与生物变异,如肿瘤、遗传病、代谢病等也密切相关。 因此,核酸是现代生物化学、分子生物学和医学的重要基础之一。 核酸是由核苷酸组成的具有复杂三维结构的大分子化合物,是遗传的物质基础。第六节第六节 核酸酶核酸酶本章要讲述的主要内容本章要讲述的主要内容 第一节第一节 核酸的化学组成核酸的化学组成第二节第二节 核酸的一级结构核酸的一级结构第三节第三节 DNADNA的空间结构与功能
2、的空间结构与功能第五节第五节 核酸的理化性质核酸的理化性质 及其应用及其应用第四节第四节 RNARNA的空间结构与功能的空间结构与功能第一节第一节 核酸的化学组成核酸的化学组成脱氧核糖核酸脱氧核糖核酸(deoxyribonucliec acid DNA), 磷酸磷酸(phosphate)一一. 核酸的种类核酸的种类二二.核酸的化学组成核酸的化学组成碱基碱基(base)戊糖戊糖(pentose)核糖核酸(核糖核酸(ribonucliec acid, RNA)核酸核酸核苷酸核苷酸核酸酶核酸酶核核 酸酸 的的 种种 类类 脱氧核糖核酸脱氧核糖核酸(DNA)核糖核酸(核糖核酸(RNA)两类核酸的基本化
3、学组成比较两类核酸的基本化学组成比较 DNA RNA 嘌呤碱嘌呤碱 腺嘌呤腺嘌呤 (A ) 腺嘌呤腺嘌呤 (A) (Purine bases ) 鸟嘌呤鸟嘌呤 (G) 鸟嘌呤鸟嘌呤 (G) 碱基碱基(Base) 嘧啶碱嘧啶碱 胞嘧啶胞嘧啶 (C) 胞嘧啶胞嘧啶(C) (Pyrimidine bases) 胸腺嘧啶胸腺嘧啶(T) 尿嘧啶尿嘧啶 (U)戊糖戊糖 D-2-脱氧核糖脱氧核糖 D-核糖核糖(Pentose) 酸酸 磷酸磷酸 磷酸磷酸(Acid)CNCCCNNNCHHHNH2嘌呤碱嘌呤碱123456789CNCHCCCNNHCHNH2CNCCCCNNHCHOH2N腺嘌呤腺嘌呤(A)鸟嘌呤鸟
4、嘌呤(G)626HCHNHCCHCHNNH2OCCHNCHCHNHOONCHNCHCCHHOOCHNCCCHNHCH3胞嘧啶(胞嘧啶(C)尿嘧啶(尿嘧啶(U)胸腺嘧啶(胸腺嘧啶(T)123456核糖核酸(核糖核酸(RNA)脱氧核糖核酸(脱氧核糖核酸(DNA)核酸核酸核苷酸核苷酸核苷核苷磷酸磷酸戊糖戊糖碱基碱基核核 酸酸 的的 组组 成成核酸酶水解核酸酶水解由戊糖和碱基以糖苷键连接而成由戊糖和碱基以糖苷键连接而成核核 苷苷脱氧核糖脱氧核糖核糖核糖嘌呤碱基嘌呤碱基嘧啶碱基嘧啶碱基CNCHCCCNNHCHNH2+CNCHCCCNNHCHNH2腺苷腺苷9CNCHCCCNNHCHNH2+CNCHCCCN
5、NHCHNH2脱氧腺苷脱氧腺苷91由核苷的戊由核苷的戊糖羟基被磷糖羟基被磷酸酯化而成酸酯化而成5 核苷酸的命名核苷酸的命名含一个磷酸基团:核苷一磷酸(含一个磷酸基团:核苷一磷酸(NMPNMP)含两个磷酸基团:核苷二磷酸(含两个磷酸基团:核苷二磷酸(NDPNDP)含三个磷酸基团:核苷三磷酸(含三个磷酸基团:核苷三磷酸(NTPNTP)N 代表各种碱基的名称代表各种碱基的名称环化核苷酸:环化核苷酸:cNMPcNMPO第二节第二节 DNA的结构与功能的结构与功能一、一、DNA的结构的结构二、二、DNA的生物学功能的生物学功能1. DNA的一级结构的一级结构2. DNA的二级结构的二级结构3. DNA的
6、三级结构的三级结构携带并传递遗传信息携带并传递遗传信息四种脱氧核糖核苷酸四种脱氧核糖核苷酸通过通过3、5 -磷酸二酯磷酸二酯键彼此连接而形成的键彼此连接而形成的直线形或环线形分子直线形或环线形分子.DNA分子中核苷分子中核苷酸的排列顺序酸的排列顺序.核苷酸链的书写方法核苷酸链的书写方法双螺旋结构双螺旋结构即即DNA分子的空间结构分子的空间结构1.Chargaff 碱基组成规律碱基组成规律2.DNA晶体的晶体的X-射线图谱研究射线图谱研究 各原子之间的键长、键角各原子之间的键长、键角一、一、 DNA分子模型建立分子模型建立由由James Watson和和Francis Crick提出提出(1)
7、腺嘌呤和胸腺嘧啶的摩尔数相等腺嘌呤和胸腺嘧啶的摩尔数相等. A=T 鸟嘌呤与胞嘧啶的摩尔数相等鸟嘌呤与胞嘧啶的摩尔数相等. G=C嘌呤总数嘌呤总数=嘧啶总数嘧啶总数 A+G=C+T(2) DNA的组成具有种的特异性的组成具有种的特异性 (3) DNA的碱基组成没有组织的特异性的碱基组成没有组织的特异性, 且较为稳定且较为稳定,不随年龄、营养状态、不随年龄、营养状态、 环境改变的影响环境改变的影响Chargaff 碱基组成规律碱基组成规律分子双螺旋结构模型要点分子双螺旋结构模型要点1. 1. 由两条反向平由两条反向平行的脱氧多核苷酸(两行的脱氧多核苷酸(两条链的走向为条链的走向为5353和和35
8、35),围绕一),围绕一中心轴(假想轴)构成中心轴(假想轴)构成右手双螺旋结构。右手双螺旋结构。彼此间以磷酸二酯键相彼此间以磷酸二酯键相连,构成的骨架。连,构成的骨架。2. 2. 碱基在双螺旋内侧。碱基在双螺旋内侧。双链中相对的碱基按双链中相对的碱基按和和通过通过氢键配对连接,形成氢键配对连接,形成互补互补. .磷酸基与脱氧核糖在外侧,磷酸基与脱氧核糖在外侧,35C35C 糖环平面与中心糖环平面与中心轴平行。轴平行。3. 3. 碱基平面与中心碱基平面与中心 轴垂直,各相邻轴垂直,各相邻 平面部分重叠。平面部分重叠。3.4nm4.4.双螺旋的直径为双螺旋的直径为2nm2nm沿轴向,每个碱基平面沿
9、轴向,每个碱基平面的距离为的距离为0.34nm0.34nm每圈螺旋含有每圈螺旋含有1010对对核苷酸,其轴向距核苷酸,其轴向距为为3.4nm3.4nm, , (3) 离子键离子键5.5.维持维持DNADNA双螺旋稳定的作用力双螺旋稳定的作用力(1)(1) 互补碱基间的氢键互补碱基间的氢键(2) 使碱基平面堆积的平面间范德华力使碱基平面堆积的平面间范德华力, 又称碱基堆积力又称碱基堆积力二、二、DNADNA结构的多样性结构的多样性A-DNAA-DNA:右手螺旋:右手螺旋B-DNAB-DNA:Watson-CrickWatson-Crick模型,右手螺旋模型,右手螺旋生理条件下生理条件下DNADN
10、A最稳定最稳定的结构形式的结构形式Z-DNAZ-DNA:左手左手螺旋螺旋DNA 的的 三三 级级 结结 构构原核生物原核生物真核生物真核生物没有典型的细胞核结构,没有典型的细胞核结构,真核生物的三级结构是由分真核生物的三级结构是由分子与组蛋白子与组蛋白(histine)和非组蛋白和非组蛋白(nonhistineprotein,NHP)结合组成。结合组成。被认为是原核生物的三级结构被认为是原核生物的三级结构被认为是真核生物的三级结构被认为是真核生物的三级结构超螺旋结构超螺旋结构核小体结构核小体结构DNA 超超 螺螺 旋旋 结结 构构H2A、H2B、H3和和H4各两分子各两分子组成组蛋白八聚体,构
11、成组成组蛋白八聚体,构成核心组蛋白核心组蛋白双螺旋双螺旋DNA以左手超螺旋的方式绕核心颗粒以左手超螺旋的方式绕核心颗粒1.75圈,缠绕在圈,缠绕在核心组蛋白核心组蛋白表面,构成表面,构成核心颗粒核心颗粒核心颗粒核心颗粒和和 连接区连接区DNA及附着在连接区及附着在连接区DNA上的上的 组蛋白组蛋白H1构成构成核小体核小体一个个核小体连接成串珠状结构一个个核小体连接成串珠状结构染色单体染色单体折叠折叠折叠折叠第三节第三节 RNA的结构和功能的结构和功能一、一、 RNA的类型的类型1. 核蛋白体核蛋白体RNA(ribosomal RNA, rRNA)3. 转运转运RNA (transfer RNA
12、, tRNA)2. 信使信使RNA (messenger RNA, mRNA)4. 不均一核不均一核RNA(HnRNA)二、二、 RNA的结构与功能的结构与功能5.5.小核小核RNA(SnRNA)RNA(SnRNA)mRNAmRNA的结构与功能的结构与功能一一 、 mRNA的结构特点的结构特点(1) 3末端有多聚腺嘌呤的结构末端有多聚腺嘌呤的结构(polyA)(2) 5末端具有帽子结构末端具有帽子结构(m7GpppNm) (3) 一种一种 mRNA只含有一条多肽链的信息只含有一条多肽链的信息由由HnRNAHnRNA经过剪接而成经过剪接而成半衰期最短,几分钟到数小时半衰期最短,几分钟到数小时二二
13、 、 mRNA的功能的功能蛋白质合成的直接模板蛋白质合成的直接模板 把核内把核内DNADNA的碱基顺序(遗传信的碱基顺序(遗传信息),按照碱基互补的原则,抄袭并息),按照碱基互补的原则,抄袭并转送至胞质,在蛋白质合成中用以翻转送至胞质,在蛋白质合成中用以翻译成蛋白质中氨基酸的排列顺序译成蛋白质中氨基酸的排列顺序。tRNA 的结构与功能的结构与功能 1. 分子量最小一类分子量最小一类RNA,占占RNA总量总量10-25% 2. 分子中含有分子中含有10%-20%的稀有碱基的稀有碱基一、一、tRNA的结构特点的结构特点如假尿嘧啶(如假尿嘧啶(), 二氢尿嘧啶(二氢尿嘧啶(DHU), 甲基化碱基(甲
14、基化碱基(mG,mA)等等 3. 3末端有末端有CCA-OH, 是携带氨基酸的部位是携带氨基酸的部位 4. 具有识别密码子功能的反密码子具有识别密码子功能的反密码子 5. 二级结构为三叶草形二级结构为三叶草形, 有三个环状结构有三个环状结构(DHU环、环、T 环、反密码环环、反密码环) 三级结构为三级结构为“倒倒L”形形二、二、tRNA的功能的功能在蛋白质的合成过程中作为各种氨在蛋白质的合成过程中作为各种氨基酸的载体并将其转呈给基酸的载体并将其转呈给mRNAtRNA的三级结构的三级结构rRNA的结构与功能的结构与功能一、一、 rRNA的结构特点的结构特点1. 含量最丰富含量最丰富,约占总约占总
15、RNA的的80%以上以上2. 与核蛋白体蛋白结合成核蛋白体与核蛋白体蛋白结合成核蛋白体, rRNA 与蛋白质既可分离与蛋白质既可分离,又可结合又可结合3. 核蛋白体由大小两个亚基构成核蛋白体由大小两个亚基构成,两亚基两亚基呈不呈不 规则形状规则形状,聚合时中间有裂缝聚合时中间有裂缝,可通过可通过mRNA 二、二、 rRNA的功能的功能是细胞内蛋白质合成的场所是细胞内蛋白质合成的场所其他小分子其他小分子RNA小核小核RNARNA(SnRNA)SnRNA)、小核仁小核仁RNA(SnoRNA)RNA(SnoRNA)、小胞质小胞质RNARNA(scRNA/7SL-RNA)scRNA/7SL-RNA)
16、功能:参与功能:参与HnRNA和和rRNA的转运和加工的转运和加工原核生物核糖体的亚基组成原核生物核糖体的亚基组成原核生物核蛋白体原核生物核蛋白体真核生物核蛋白体真核生物核蛋白体核核 酶酶某些某些RNA分子本身具有自我催分子本身具有自我催化能力,可以完成化能力,可以完成rRNA的剪接。的剪接。这些这些RNA称为核酶(称为核酶(ribozyme)意义:扩充了酶的范围,使之意义:扩充了酶的范围,使之不再局限于蛋白质。不再局限于蛋白质。第四节第四节 核酸的理化性质核酸的理化性质一、一、 核酸的粘度核酸的粘度二、核酸的紫外吸收特性二、核酸的紫外吸收特性三、核酸的变性、复性及其分子杂交三、核酸的变性、复
17、性及其分子杂交 一一 、 核核 酸酸 的的 粘粘 度度* * 分子量越大粘度也越大分子量越大粘度也越大分子比分子小,粘度也就小分子比分子小,粘度也就小* * 生物分子的空间结构也影响粘度生物分子的空间结构也影响粘度。线形分子线形分子 无规线团分子无规线团分子 球形分子球形分子二、核酸的紫外吸收特性二、核酸的紫外吸收特性嘌呤碱和嘧啶碱嘌呤碱和嘧啶碱有共轭双键,都有共轭双键,都能强烈吸收紫外能强烈吸收紫外光,最大吸收波光,最大吸收波长为长为260nm蛋白质对紫外蛋白质对紫外光的最大吸收光的最大吸收波长是波长是280nm紫外分光光度法检测核酸的纯度紫外分光光度法检测核酸的纯度通过测定波长在通过测定波
18、长在260nm260nm和和280nm280nm处吸光度的处吸光度的比值比值(A(A260260A A280280) )来估计核酸样品的纯度来估计核酸样品的纯度DNADNA溶液:溶液: A A260260A A280280=1.8=1.8 RNARNA溶液:溶液:A A260260A A280280= 2.0= 2.0方法方法:在波长在波长260nm260nm紫外线下,吸光度为紫外线下,吸光度为1.001.00时,时,紫外分光光度法估计核酸的浓度紫外分光光度法估计核酸的浓度取取5l5l双链双链DNADNA样品样品, ,加水稀释至加水稀释至1ml1ml。以。以1ml1ml纯水作为参照测定波长在纯
19、水作为参照测定波长在260nm260nm处的吸光度值处的吸光度值( (260260),),假如测得稀释样品的假如测得稀释样品的260260值为值为0.5000.500,相当于相当于50g/ml50g/ml的双链的双链DNA,DNA,40g/ml40g/ml的单链的单链DNADNA或或RNA, RNA, 20g/ml20g/ml的单链寡核苷酸的单链寡核苷酸问题问题1那么原液中那么原液中DNADNA的浓度是的浓度是?g/mlg/ml三、核酸的变性、复性及其分子杂交三、核酸的变性、复性及其分子杂交( (一一) ) 变性变性(二二) 复性复性(三三) 分子杂交分子杂交(一) 核核 酸酸 的的 变变 性
20、性1. 概念概念核酸分子的双螺旋结构解开,氢键断裂核酸分子的双螺旋结构解开,氢键断裂(不涉及共价键的断裂),使双链分离,(不涉及共价键的断裂),使双链分离,这种现象称为核酸的变性这种现象称为核酸的变性2. 引起核酸变性的因素引起核酸变性的因素如乙醇、丙酮、尿素、酰胺等如乙醇、丙酮、尿素、酰胺等加热、加热、介质中的介质中的pHpH过酸或过碱、过酸或过碱、有机溶剂、有机溶剂、3. 核酸的变性与降解的区别核酸的变性与降解的区别 降解降解其过程是不可逆的。其过程是不可逆的。是指多核苷酸链中的磷酸二酯键断裂,是指多核苷酸链中的磷酸二酯键断裂,使分子量降低,使分子量降低,不发生分子量的变化。不发生分子量的
21、变化。一般是可逆的,一般是可逆的,变性变性4. 蛋白质和蛋白质和核酸的变性核酸的变性两者均不涉及共价键的断裂两者均不涉及共价键的断裂一级结构不破坏一级结构不破坏粘度下降,生物活性丧失粘度下降,生物活性丧失分子的热变性分子的热变性双螺旋结构即遭双螺旋结构即遭破坏,氢键断裂,双链破坏,氢键断裂,双链分离。分离。将的稀盐溶液加将的稀盐溶液加热至热至8095(或以上或以上)数分钟数分钟,d. 丧失生物活性丧失生物活性a. 260nm处的紫外吸收值升高处的紫外吸收值升高b. 粘度下降粘度下降c. 浮力、密度升高浮力、密度升高(增色效应增色效应)变变 性性 DNA 的的 特特 点点DNA解链曲线解链曲线拐
22、点所对应的温度,拐点所对应的温度,代表变性代表变性5050时温度,称为解链温时温度,称为解链温度,通常称为融解温度,通常称为融解温度。度。用符号用符号 TmTm 表示表示70708585之间之间“”形曲线形曲线TmTm值的大小主要与下列因素有关值的大小主要与下列因素有关中中对的含量对的含量碱基对的比例越高,碱基对的比例越高,TmTm值越高值越高pHpH和离子强度不变和离子强度不变, ,根据根据百分含量,百分含量,则可计算样品的则可计算样品的TmTm值值TmTm69.3 + 0.4169.3 + 0.41* *( () )TmTm4 4* *(G+C)+2(G+C)+2* *(A+T)(A+T)
23、, (, (小于小于20bp20bp) )介质中的离子强度介质中的离子强度离子强度低离子强度低TmTm值低值低变性温度范围较宽变性温度范围较宽离子强度大离子强度大TmTm值高值高变性温度范围较窄变性温度范围较窄的变性的变性双链的双链的RNA分子分子RNA-DNA 杂化分子杂化分子可变可变 性性中性中性pH条件下,三者条件下,三者Tm值大小为:值大小为:双链双链RNA分子分子RNA-DNA 杂化分子杂化分子DNA分子分子( (二二) ) 核酸的复性核酸的复性DNA热变性后的复性热变性后的复性,常常称为常常称为退火退火。变性的变性的DNA或或RNA在去除变性因素在去除变性因素并处于适当的条件下,并
24、处于适当的条件下,又可重新结合成为双螺旋结构又可重新结合成为双螺旋结构这一过程称为复性。这一过程称为复性。1.概念概念彼此分离的双链彼此分离的双链2. 复性过程复性过程两种情况两种情况(1)两条完全分开的单链通过随机碰撞形)两条完全分开的单链通过随机碰撞形 成互补短片段的双螺旋成互补短片段的双螺旋。(2)尚未配对的碱基很快地)尚未配对的碱基很快地 “对齐对齐”。迅。迅速速 形成双链直至双螺旋结构。形成双链直至双螺旋结构。复性后分子性质复性后分子性质一系列的理化性质随即恢复一系列的理化性质随即恢复d. 生物活性部分恢复生物活性部分恢复a. 260nm处的紫外吸收值下降处的紫外吸收值下降b. 粘度
25、上升粘度上升c. 浮力、密度降低浮力、密度降低(减色效应)(减色效应) (三三) 核酸分子杂交核酸分子杂交在一定条件下(适宜的温度、在一定条件下(适宜的温度、pH及离子强及离子强度),可按碱基互补原则复性形成双链,此度),可按碱基互补原则复性形成双链,此过程称为核酸分子杂交。过程称为核酸分子杂交。1.概念概念 具有一定同源性的两条核酸单链,具有一定同源性的两条核酸单链,变性变性复性复性不完全同源核酸单链分子杂交不完全同源核酸单链分子杂交突环突环2.可发生杂交的核酸分子可发生杂交的核酸分子(1)两条同源的两条同源的DNA链链(2)两条同源的两条同源的RNA链链(3)一条一条DNA链一条链一条RN
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