酶工程基础qPPT课件.ppt
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1、1第二章第二章 酶工程基础酶工程基础2n第一节第一节 酶的分类和命名酶的分类和命名n第二节第二节 酶的化学本质、来源和生产酶的化学本质、来源和生产n第三节第三节 酶催化原理酶催化原理 n第四节第四节 酶催化反应动力学酶催化反应动力学3第一节第一节 酶的分类和命名酶的分类和命名n一酶的分类:一酶的分类:n1氧化还原酶n2转移酶n3水解酶n4裂合酶n5异构酶n6连接酶(合成酶)n7核酸酶(催化核酸)41氧化还原酶 (Oxidoreductase)n包括脱氢酶(Dehydrogenase) 、氧化酶(Oxidase) 、过氧化物酶、氧合酶、细胞色素氧化酶等n如乳酸如乳酸(Lactate)(Lacta
2、te)脱氢酶催化乳酸的脱氢反应。脱氢酶催化乳酸的脱氢反应。CH3CHCOOHOHNAD+H+CH3CCOOHONADH52转移酶(Transferase)n包括酮醛基转移酶、酰基转移酶、糖苷基转移酶、含氮基转移酶等n例如,例如, 谷丙转氨酶催化的氨基转移反应。谷丙转氨酶催化的氨基转移反应。CH3CHCOOHNH2HOOCCH2CH2CCOOHOHOOCCH2CH2CHCOOHNH2CH3CCOOHO63水解酶(Hydrolase)n脂肪酶、糖苷酶、肽酶等,水解酶一般不需辅酶n主要包括淀粉酶、蛋白酶、核酸酶及脂酶等。主要包括淀粉酶、蛋白酶、核酸酶及脂酶等。n例如,脂肪酶例如,脂肪酶(Lipase
3、)(Lipase)催化的脂的水解反应:催化的脂的水解反应:H2OCOOCH2CH3RRCOOHCH3CH2OH74裂合酶(Lyase)n这类酶可脱去底物上某一基团留下双键,或可相反地在双键处加入某一基团。n主要包括醛缩酶、水化酶及脱氨酶等。主要包括醛缩酶、水化酶及脱氨酶等。n例如,例如, 延胡索酸水合酶催化的反应。延胡索酸水合酶催化的反应。HOOCCH=CHCOOHH2OHOOCCH2CHCOOHOH85异构酶(Isomerase)n此类酶为生物代谢需要对某些物质进行分子异构化,分别进行外消旋、差向异构、顺反异构等例如,例如,6-6-磷酸葡萄糖异构酶催化的反应。磷酸葡萄糖异构酶催化的反应。96
4、连接酶(合成酶)(Ligase or Synthetase)n又称为合成酶,能够催化又称为合成酶,能够催化C-CC-C、C-OC-O、C-N C-N 以及以及C-S C-S 键的形成反应。这类反应必须与键的形成反应。这类反应必须与ATPATP分解反应相互分解反应相互偶联。偶联。nA + B + ATP + H-O-H =A A + B + ATP + H-O-H =A B + ADP +Pi B + ADP +Pi n例如,丙酮酸羧化酶催化的反应。例如,丙酮酸羧化酶催化的反应。 丙酮酸丙酮酸 + CO + CO2 2 草酰乙酸草酰乙酸107.核酸酶(催化核酸) Ribozymen核酸酶是唯一的
5、非蛋白酶。它是一类特殊的RNA,能够催化RNA分子中的磷酸酯键的水解及其逆反应。11酶用于生物催化的概况类别类别占总酶比例占总酶比例% %利用率利用率% %水解酶水解酶 hydrolases2665氧化还原酶氧化还原酶oxidoreductases2725转移酶转移酶 transferases245裂合酶裂合酶 lyases125异构酶异构酶 isomerases51连接酶连接酶 ligases6112第二节第二节 酶的化学本质、来源和生产酶的化学本质、来源和生产n一、酶催化功能的结构基础n 酶是蛋白质酶是蛋白质n 酶分子的组酶分子的组n 酶蛋白分子的结构特征酶蛋白分子的结构特征n 维持酶蛋白
6、分子构象的力维持酶蛋白分子构象的力n 酶蛋白一级结构与空间构像的关系酶蛋白一级结构与空间构像的关系 n 酶的活性部位酶的活性部位13 酶的化学本质u 酶由氨基酸组成,分子量很大u 酶是高分子胶体物质、两性电解质,在电场中如蛋白质一样泳动u 导致蛋白质变性的因素往往也能使酶变性u 酶能被蛋白酶水解而失活 非蛋白催化剂(或称非酶催化剂) 核酶( Ribozyme)具有催化能力的RNA 脱氧核酶(deoxy Ribozyme)人工合成的具有催化能力的DNA14 酶分子的组成酶分子的组成酶按组成分类单纯酶:不需辅酶,除蛋白质不含其他成分 如水解酶类的胃蛋白酶、核酸酶、脲酶等 结合酶(全酶)蛋白质非蛋白
7、部分金属离子: 如羧肽酶含Zn2+小分子物质:转氨酶含磷酸吡哆醛糖蛋白:凝血酶含糖蛋白RNA : RNase P含RNA等15 广义辅酶根据其与酶蛋白结合程度辅酶:与酶蛋白结合不牢,极易分离,在反应 溶液中与酶蛋白处于可逆的解离状态 如NAD+、NADP+辅基:与酶蛋白结合十分牢固而不易分离 如细胞色素氧化酶的铁卟啉、葡萄糖氧 化酶的FAD分子辅酶的功能:辅酶参与和底物分子作用,催化底物反应,而且对酶蛋白的稳 定性起保护作用,而高分子酶蛋白提供特异性催化条件16单体酶、寡聚酶和多酶复合物单体酶、寡聚酶和多酶复合物1.单体酶(单体酶(monomeric enzyme):仅有一条具有活性部位的多肽
8、链,全部参与水解反应。2.寡聚酶寡聚酶 (oligomeric enzyme):由几个或多个亚基组成,亚基牢固地联在一起,单个亚基没有催化活性。亚基之间以非共价键结合。3.多酶复合物多酶复合物 (multienzyme system):几个酶镶嵌而成的复合物。这些酶催化将底物转化为产物的一系列顺序反应。丙酮酸脱氢酶系(丙酮酸脱氢酶系(E.coliE.coli):丙酮酸脱氢酶():丙酮酸脱氢酶(E E)、)、硫辛酰转乙酰酶(硫辛酰转乙酰酶(E E)和二氢硫辛酰脱氢酶()和二氢硫辛酰脱氢酶(E E)。)。EEE碱性EEE+EE+脲17 酶蛋白分子的结构特征酶蛋白分子的结构特征蛋白质功能决定于其结构
9、,不仅与其氨基酸组成(一级结构)有关,还与其空间结构有关 具有酶活性的蛋白质都是球蛋白具有酶活性的蛋白质都是球蛋白:在球蛋白的分子中,一条肽链往往是通过一部分-螺旋、一部分-折叠、一部分-转角和一部分无规则卷曲而形成紧密的球状构象18 在球蛋白分子中,大多数非极性侧链总是埋藏在分子内部,形成疏水核疏水核,而大多数极性侧链总是暴露在分子表面上,形成一些亲水区。亲水区。 在球蛋白质分子表面,往往有一内陷的空穴,此空穴往往是疏水区,能够容纳一个或两个小分子配体或大分子配体的一部分。 对酶分子而言,此空穴正好容纳一个或多个小分子底物或大分子底物的一部分此即酶活性部位 有些球蛋白具有四级结构,这类球蛋白
10、的分子中含两条或更多条肽链,他们彼此以非共价键相连,每一条肽链都有自己的二三级结构,此多肽链即为蛋白质分子的亚单位(亚基) 亚基一般由一条多肽链组成,也有的有几条多肽链由二硫键相连而成一级结构二级结构三级结构四级结构20 维持酶蛋白分子构象的力维持酶蛋白分子构象的力 蛋白质多肽链何以形成二级、三级结构? 为什么多数蛋白质分子总是采取内含疏水核外包亲水壳的球状 或椭圆状的紧密结构?这不仅涉及到侧链间相互作用,而且涉及到侧链与溶剂环境(pH、温度、离子强度、溶质等)的相互作用 疏水的相互作用疏水键 维持四级结构起着主要作用 两非极性基团(疏水基团)为了避开水相而聚集在一起的作用 HCCH3CHCH
11、321蛋白质分子的多肽链中,非极性氨基酸残基(Leu、Ile、Val、Ala、Phe、Tyr、Pro、Met)的疏水侧链有一种避开水而相互粘附的趋势,藏于蛋白质分子的内部 在大多数蛋白质中,非极性氨基酸残基含量往往高达30%50%,为避开水相,总是千方百计聚集在一起,在分子内部形成一个疏水核多肽链盘旋折叠,形成一个紧密球状或椭圆状结构,即使如此,有时还不足以将所有疏水残基全部包藏在由一条肽链折叠形成的核心里,过剩的疏水残基只有通过亚单位聚合以实现把剩余疏水侧链包藏在亚单位之间,因此疏水键对于维持蛋白质分子四级结构起着主要作用 氢键 氢键可发生在两条多肽链之间,或一条多肽链的不同部位之间 主链骨
12、架上羰基氧原子与亚胺基氢原子生成氢键CORHCHNHNCHRCO22NHOC在一条直线上,氢键键能大约为84186.8J/mol,长度为0.2790.012nm,这种氢键对维持蛋白质二级结构、保持蛋白质稳定性起极其重要的作用主链骨架上这一氢键 对于-螺旋、-折叠、-转角的维持起重要作用C O NH 在蛋白质的某些侧链之间如Ser、Thr、Tyr的-OH与Glu、Asp的 COOH可生成氢键 某些侧链与主链骨架之间,如Tyr的OH与主链骨架的C O,可构 成氢键HCCH2OHHNCOCHCH2CCH2O-OHNCOHCCH2OHHNCOCOCHRHN23 配位键 不少酶蛋白含金属离子,如固氮酶
13、金属离子与蛋白质的连接往往是配位键,当用螯合剂从蛋白质 中取出金属离子时,则蛋白质分子便解离成亚单位,或者是三 级结构局部遭破坏,以致活力丧失 二硫键(SS) 两个Cys的SH可产生二硫键 键能很大约(30100)4185.8J/mol,是很强的化学键 在某些蛋白质中,二硫键一旦破坏,则蛋白质活力丧失;二硫 键的数目多,则蛋白质分子抗拒外界因素的能力也加强,即蛋 白质分子的稳定性也增强 RNase中的二硫桥25 离子键(又叫盐键或盐桥) 蛋白质分子中带正电荷的基团有: N-末端的-NH3+ ;肽链中的 Lys-NH3+、 带负电的基团有:C-末端的-COO-;肽链中的Asp- COO- Glu
14、-COO- 带正电的极性侧链与带负电的极性侧链可发生静电吸引 高浓度的盐、过高或过低的pH值可破坏蛋白质构象中的离子键, 这就是强酸、强碱使蛋白质变性的原因 范德华引力 不带电的极性侧链之间,或不带电的极性侧链 与非极性侧链之间,或非极性侧链之间可产生 范德华引力ArgCNHNH2NH2+26 酶蛋白一级结构与空间构像的关系酶蛋白一级结构与空间构像的关系n一级结构决定了蛋白质的空间结构n实验证据:在8mol/L尿素存在下,用巯基乙醇处理天然RNase,其二硫键全部断裂,肽链松散,活性全部丧失。n 当用透析法除去尿素、巯基乙醇后,RNase活力全部恢复,而且复原后产物其物化性质与天然RNase完
15、全相同;n 而在随机情况下,8个HS-形成4个SS时,应有105种不同方式,但在复原过程中,走向随机的RNase肽链却只选择了其中一种方式(即与天然构象完全相同),这说明RNase的一级结构决定了其特定的天然构象 酶的活性部位 酶是生物大分子物质,分子量都在10000以上,至少每个酶分子由100个以上氨基酸连接而成,然而,只有少数一些氨基酸残基和催化活力有关,这些特异的氨基酸残基组成了酶的活性中心。 酶与其他蛋白质的不同之处在于,酶分子在一级结构基础上通过二三级折叠盘绕,形成了各自特定的具有催化功能的活性构像区域,酶分子不是以整个分子,而是在这个区域内参与和底物结合并对底物进行催化反应。28活
16、性中心前列腺素H2合成酶29活性中心的本质活性中心的本质n活性中心是酶分子中活性中心是酶分子中与催化功能直接有关与催化功能直接有关并在三维结构上相互并在三维结构上相互靠近的少数几个靠近的少数几个aa残残基或其上的某些基团基或其上的某些基团按照特定立体构象组按照特定立体构象组成的活性结构区域成的活性结构区域.(是与底物结合并催(是与底物结合并催化反应的场所)化反应的场所)溶菌酶的活性中心溶菌酶的活性中心30活性中心的特点:活性中心的特点:n仅为酶分子的仅为酶分子的少数几个少数几个残基残基由于肽链的盘绕折由于肽链的盘绕折叠而成;叠而成;n是由是由特定空间构象特定空间构象维持维持的一个裂隙;的一个裂
17、隙;n活性中心以外的部分对活性中心以外的部分对活性中心形成提供结构活性中心形成提供结构基础。基础。 羧肽酶活性中心羧肽酶活性中心31 活性中心包括催化部位和底物结合部位活性中心包括催化部位和底物结合部位q催化部位催化部位:在催化反应中直接参与电子授:在催化反应中直接参与电子授受关系的部位,受关系的部位,直接参与催化直接参与催化,底物敏感,底物敏感键在此被切断或形成新键,并形成产物。键在此被切断或形成新键,并形成产物。q底物结合部位底物结合部位:指:指与底物特异结合与底物特异结合的有关的有关部位,也叫特异性决定部位。部位,也叫特异性决定部位。 32 实验表明:实验表明: 活性中心上有活性中心上有
18、7 7种氨基酸的频率最高,分别是:种氨基酸的频率最高,分别是: Ser, His, Cys, Tyr, Asp, Glu, Lys同类酶活性中心一级结构的氨基酸顺序十分相似;同类酶活性中心一级结构的氨基酸顺序十分相似;催化各类反应的酶,其活性中心的基团常有一定的特征;催化各类反应的酶,其活性中心的基团常有一定的特征; 如:蛋白酶如:蛋白酶-丝氨酸、组氨酸(丝氨酸、组氨酸(胰凝乳蛋白酶、胰蛋白酶胰凝乳蛋白酶、胰蛋白酶) 半胱氨酸半胱氨酸(胃蛋白酶、木瓜蛋白酶)(胃蛋白酶、木瓜蛋白酶) 脱氢酶脱氢酶-酪氨酸(苹果酸脱氢酶等)酪氨酸(苹果酸脱氢酶等) 转移酶、脱羧酶或异构酶转移酶、脱羧酶或异构酶-氨
19、基(转氨酶、某些激酶)氨基(转氨酶、某些激酶) 氧化还原酶氧化还原酶- - CysCys二硫键二硫键33活性部位和必需基团必需基团必需基团:这些基团若经化学修饰使其改变,则酶的活性丧失。活性部位活性部位:酶分子中直接与底物结合,并和酶催化作用直接有关的部位。必必需需基基团团活性部位维持酶的空间结构结合基团催化基团专一性催化性质接触残基+辅助残基结构残基34二、酶的生产二、酶的生产n酶的获得是酶和酶工程研究的主要内容酶的获得是酶和酶工程研究的主要内容之一,包括酶的生产与提取纯化。之一,包括酶的生产与提取纯化。n 1 1、酶的来源、酶的来源、n 2 2、发酵生产、发酵生产、n 3 3、提高酶产量的
20、方法、提高酶产量的方法、n 4 4、提取纯化、提取纯化、n 5 5、纯度与回收率、纯度与回收率35酶的来源酶的来源1 1、动植物原料提取、动植物原料提取 早期多为采用早期多为采用 例如:用动物脏器、麦芽、木瓜、菠萝等提取各种酶。例如:用动物脏器、麦芽、木瓜、菠萝等提取各种酶。(尿激酶、蚓激酶、凝血酶、抑肽酶、糜蛋白酶、透明质(尿激酶、蚓激酶、凝血酶、抑肽酶、糜蛋白酶、透明质酸酶等酸酶等)2 2、动植物细胞培养、动植物细胞培养 近二十年来研究近二十年来研究3 3、 微生物发酵微生物发酵 目前工业应用酶大多数来自微生物目前工业应用酶大多数来自微生物36以微生物为生产原料有许多优点:以微生物为生产原
21、料有许多优点: 微生物种类繁微生物种类繁多多; 产酶微生物产酶微生物多多;菌株易诱变;菌株易诱变 一种微生物产好几种酶;一种微生物产好几种酶; 微生物繁殖微生物繁殖快快、生产周期、生产周期短短、培养方便,易提取酶,特、培养方便,易提取酶,特 别是别是胞外酶胞外酶; 微生物微生物易改造易改造,可通过各种手段培育新种;,可通过各种手段培育新种; 酶发酵过程可电脑控制,生产可连续化、自动化。酶发酵过程可电脑控制,生产可连续化、自动化。37酶的发酵生产酶的发酵生产 1 1、酶的生产菌、酶的生产菌 先决条件,直接影响发酵的生先决条件,直接影响发酵的生产成本产成本. . (1)(1)、对生产菌的要求:、对
22、生产菌的要求: 产量高产量高(利用廉价原料,周期短);(利用廉价原料,周期短); 非病源非病源菌;菌; 生产菌要生产菌要稳定稳定(不易变异退化,不易感染噬菌体);(不易变异退化,不易感染噬菌体); 最好分泌最好分泌胞外酶胞外酶,以利于酶的分离。,以利于酶的分离。 产蛋白酶活力应很低(除蛋白酶生产菌外)。产蛋白酶活力应很低(除蛋白酶生产菌外)。38n目前投入工业发酵生产的酶约有目前投入工业发酵生产的酶约有60706070种,它种,它们的生产菌种十分广泛,包括细菌、放线菌、们的生产菌种十分广泛,包括细菌、放线菌、酵母菌、霉菌酵母菌、霉菌n其中大规模工业生产的只有将近其中大规模工业生产的只有将近20
23、302030种。种。n目前工业用酶中,目前工业用酶中, 蛋白酶占蛋白酶占59%59%, 糖化酶糖化酶13%13%, - -淀粉酶淀粉酶5%5%, 葡萄糖异构酶葡萄糖异构酶6%6%, 果胶酶果胶酶3%3%, 纤维素酶纤维素酶1%1%, 脂肪酶脂肪酶3%3%, 医药与分析研究用酶占医药与分析研究用酶占10%10%。39 (3 3)、主要产酶菌)、主要产酶菌大肠杆菌:大肠杆菌:应用最广泛。因为其遗传背景清楚而广泛应用应用最广泛。因为其遗传背景清楚而广泛应用于遗传工程改造微生物的宿主,被改造成表达优良性状的于遗传工程改造微生物的宿主,被改造成表达优良性状的“工程菌工程菌”。也常在工业生产中应用于生产。
24、也常在工业生产中应用于生产谷氨酸脱羧酶、谷氨酸脱羧酶、门冬门冬酰酰氨酸酶、青霉素氨酸酶、青霉素酰化酶、酰化酶、限制性核酸内切酶限制性核酸内切酶等。等。枯草杆菌:枯草杆菌:淀粉酶、葡萄糖氧化酶、碱性磷酸酯酶等。淀粉酶、葡萄糖氧化酶、碱性磷酸酯酶等。啤酒酵母:啤酒酵母:主要产主要产酰酰化酶、醇脱氢酶、丙酮酸脱羧酶、凝化酶、醇脱氢酶、丙酮酸脱羧酶、凝血激酶、尿激酶等。血激酶、尿激酶等。曲酶(黑曲酶和黄曲酶):曲酶(黑曲酶和黄曲酶):糖化酶、蛋白酶、果胶酶、糖化酶、蛋白酶、果胶酶、氨基酰化酶、葡萄糖氧化酶、淀粉酶、氨基酰化酶、脂肪酶氨基酰化酶、葡萄糖氧化酶、淀粉酶、氨基酰化酶、脂肪酶等多种酶。等多种酶
25、。40发酵条件对产酶的影响发酵条件对产酶的影响 1、培养基培养基 2 2、pHpH值值 3 3、温度、温度 4 4、溶解氧溶解氧 5 5、搅拌、搅拌6 6、泡沫、泡沫7 7、发酵周期、发酵周期 优良菌种优良菌种的筛选、的筛选、适宜条件适宜条件的确定是获得高产酶的的确定是获得高产酶的重要措施,能较大幅度提高酶产量,尽量挖掘微生重要措施,能较大幅度提高酶产量,尽量挖掘微生物的产酶潜力。但是措施是有限的,并且是经验的,物的产酶潜力。但是措施是有限的,并且是经验的,随机性大,单靠这些措施很不够。为了使酶产量有随机性大,单靠这些措施很不够。为了使酶产量有一个飞跃,要采取另外一些有效措施。一个飞跃,要采取
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