PubMed数据库-研究生2020-公开课课件.pptx

1、 一、PubMedPubMed 简介简介 PubMed系统是由美国国立医学图书馆附属美国国立生物技术信息中心National Center for Biotechnology Information ( NCBI)1997年年开发的全球免费的基于网络的生物医学文献数据库。有收录范围广、内容全、检索途径多、检索体 系完备等特点，部分文献还可在网上直接免费获 得全文内容涉及：临床、基础医学、药学、牙医学、护理学、公共卫生、营养、兽医学等专业二、数据来源二、数据来源1、MEDLINE ：主体收录70余个国家5600多种生物医学期刊的题录、文摘和部分全文，是世界上最权威的医学数据库每一篇文献标引了医学

2、主题词（MeSH）文献时间：1946年-2、In process citation，临时性医学文献数据库，由正在加工处理之中的文献记录组成。 其数据经过标引后向MEDLINE移加。3、Publisher supplied citation，出版商提供的电子版文献，未被MEDLINE收录的期刊三、记录的字段三、记录的字段供检索和显示字段60多个四、四、PubMedPubMed 检索功能检索功能 基本检索 高级检索 主题词检索 其他检索途径期刊数据库检索、特定文献检索、临床查询基本检索基本检索 AIDS AND therapy AIDS OR Acquired Immunodeficiency S

3、yndrome Hepatitis NOT Animal 输入几个词，默认为AND组配关系从左到右顺序检索，括号优先 1、逻辑运算符(and or not) 复合检索2、自动词语匹配 PubMed对输入检索框中的检索词进行自动转换匹配，将其逐步地与其数据库中 的各类词表核对 、转换、匹配 系统自动将系统自动将关键词和关键词和主题词主题词组合检索组合检索MeSH Translation Table主题词注释表主题词注释表Journals Translation Table期刊注释表期刊注释表Author Index作者索引表作者索引表检索词拆分检索词拆分AND自动转换匹配主题词主题词11默认AN

4、D连接针对特定的短语和词组的检索，需要在短语或者词针对特定的短语和词组的检索，需要在短语或者词组上组上用双引号引起来。如“single cell”， “oxygen free radicals”，作为一个不可分割词组在全部字段中检索，系统不进行自动转换匹配,避免自动匹配时将短语拆分造成误检，提高查准率 3、精确检索加双引号 短语检索短语检索13oxygen free radicalsAll Fields144、字段检索 限定字段检索更专指Pubmed的记录字段有60多个格式：检索词字段标识符 例：hepatitisti不再扩展主题词不再扩展主题词Smith cauAidssoReviewpt2

5、002dp5、截词检索 在词干的末尾加“*”号，PubMed就会检索出以该词为词根的所有的词。截词检索将关闭自动词语匹配功能。 输入bacter*，可检出bacteria、 bacterium、bacterial等词的文献 截词功能只限于单词，对词组无效。6、作者姓名检索格式：姓全称格式：姓全称+名缩写名缩写 smith Jausmith Jau20022002年以后文献可用姓名全称检索年以后文献可用姓名全称检索西方人姓名书写格式：西方人姓名书写格式： First name、Last name7、期刊名称检索 刊名全称 (e.g., molecular biology of the cell)

6、 刊名缩写 (e.g., mol biol cell) ISSN号 (e.g., 1059-1524)19如果期刊名称正好是一个MeSH中的词， (e.g, Gene Therapy, Science, or Cell)，建议期刊检索使用期刊字段标识ta(刊名字段)。否则系统会将其作MeSH词进行检索或在所有字段中进行检索。molecular biology of the cell高级检索高级检索 支持支持基本检索基本检索的规则和技术的规则和技术查看检索历史查看检索历史构建检索式构建检索式,选择检索字段选择检索字段22选择字段选择字段检索史检索史构建检索式构建检索式,选择检索字段选择检索字段

7、主题词检索（主题词检索（MeSH Database） 自然语言检索的缺点： 人为的缩小：相同概念的多种说法 人为地扩大：输入的关键字可能命中文章某处，但并非文章重点医学主题词表医学主题词表（Medical Subject HeadingMedical Subject Heading，简称，简称MeSHMeSH） 由于自然语言存在大量的由于自然语言存在大量的一词多义、一义多词、单复数一词多义、一义多词、单复数变化变化等现象，这就给读者查找文献带来了很大困难。等现象，这就给读者查找文献带来了很大困难。 主题词主题词将自然语言转换成将自然语言转换成规范化的人工语言规范化的人工语言，一个语词一个语词只

8、表达一个概念，一个概念只用一个词语来表达。只表达一个概念，一个概念只用一个词语来表达。保证保证 一词输入，多词命中一词输入，多词命中，提高文献查全率。，提高文献查全率。 MeSHMeSH的主要就是起到规范化作用，保证文献的作者、标的主要就是起到规范化作用，保证文献的作者、标引者和检索者在用词上的一致。引者和检索者在用词上的一致。 目前目前 28000 28000多个主题词多个主题词 部分文献记录不支持主题词检索主题词检索26MeSH表的树状结构 树状结构表：根据每个主题词的词义范畴和学科属性，将全部主题词分门别类地归入16大类，又依次细分多个级别的类目，最多到11级） A Anatomy 解剖

9、学 B Organisms 生物体 C Diseases 疾病 D Chemicals&Drugs 化学物质与药物 E Analytical 诊断治疗技术与设备 F Psychiatry 精神病与心理学 MeSH表的树状结构上、下位主题词上、下位主题词SubHeadings 副主题词对一个主题词的某个方面进行修饰限定的词，又称限定词。提高查准率。本身无独立检索意义例如，hepatitis b这个主题词涉及到的病因、病理、诊断、治疗、微生物学等多个方面。副主题词与主题词的组配不是随机的，而是有一副主题词与主题词的组配不是随机的，而是有一定规则的。如定规则的。如“诊断诊断”、”治疗治疗“不可与药物

10、、不可与药物、生物等主题词组配，只能组配疾病类主题词。生物等主题词组配，只能组配疾病类主题词。 使用使用MeSH查询文献的步骤：查询文献的步骤：1、将查询需求化为具体的陈述句。2、从这个陈述句中，抓出主要概念，作为查询关键字。3、将这些关键字分别放到MeSH Database 中，比对出最接近、适当的MeSH Terms，选择适合的副主题词。4、将所找到的MeSH Terms ，依陈述句中的逻辑，以ANDORNOT组合成检索策略。5、当检索策略完成，点选Search PubMed送入PubMed 查询。30点击Mesh Database按扭，进入主题词检索界面。输入检索词输入检索词主题词检索界

11、面的输入框内输入liver cancer，点击GO按扭，系统提示liver cancer不是Mesh词，规范主题词应该是liver neoplasms。 主题词点击liver neoplasms，显示副主题词，可供选择。 可勾选副主题词页面下部主要主题词限定；限制下位词扩检,不进行下位词扩检限定作为主要主题词匹配主题词树状结构表,查看上、下位主题词用liver neoplasms选择副主题词surgery，点击add to search builder按扭，出现检索策略,点search PudMed 完成检索。主题词检索策略勾选副主题词检索结束检索结束期刊检索期刊检索输入刊名全称、缩写或国际标

12、准期刊号（ISSN)检索特定期刊的编目信息；单篇引文匹配单篇引文匹配Single Citation Matcher临床查询临床查询Clinical Queries五、检索结果处理五、检索结果处理|结果筛选|检索结果的显示与标记|检索结果的保存及发送 结果显示界面：筛选过滤结果显示界面：筛选过滤时间、可获得性、时间、可获得性、类型、年龄、语种类型、年龄、语种排序方式、显示排序方式、显示格式格式每页显示记录数每页显示记录数输出输出勾选勾选结果显示界面结果显示界面Full Text (全文的获取)45六、注册，个性化功能：免费46加重显示，加重显示，更方便更方便收藏文献夹收藏文献夹检索历史检索历史自定义结果过滤自定义结果过滤47