chapter生物信息学相关的生物学基础[可修改版ppt]课件.ppt
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1、chapter生物信息学相关的生物学基础4/22/20222什么是生物信息学?什么是生物信息学?u 生物信息学(bioinformatics)是生物学与计算机科学以及应用数学、化学、物理等学科相互交叉而形成的一门新兴学科。它通过对生物学实验数据的获取、加工、存储、检索与分析,进而达到揭示数据所蕴含的生物学意义的目的。u当前,生物信息学发展的主要推动力来自分子生物学,生物信息学的研究主要集中于核苷酸序列和氨基酸序列的存储、分类、检索和分析等方面,所以目前生物信息学可以狭义地定义为: 将计算机科学和数学等学科应用于生物大分子信息的获取、加工、存储、分类、检索与分析,以达到理解这些生物大分子信息的生
2、物学意义的交叉学科。普通生物学细胞 遗传 进化分子生物学 研究核酸、蛋白质等生物大分子的结构、功能和相互关系 研究生物大分子在生命活动中的重要性、规律性,从分子水平上真正揭开生物世界的奥秘 关于生物大分子构成的三条基本原则:(1)构成生物体各类有机大分子的单体在不同的生物中都相同;(2)生物体内一切有机大分子的构成都遵循共同的规则;(3)某一特定生物体所拥有的核酸及蛋白质分子决定了它的属性。4/22/20225提纲提纲第一节第一节 细胞细胞 第二节第二节 蛋白质的结构和功能蛋白质的结构和功能 第三节第三节 遗传信息载体遗传信息载体DNA 第四节第四节 基因组结构基因组结构第五节第五节 中心法则
3、中心法则第六节第六节 基因表达调控基因表达调控第七节第七节 新生肽链的折叠新生肽链的折叠第八节第八节 生物大分子结构的测定生物大分子结构的测定 第九节第九节 分子生物学工具分子生物学工具第一节第一节 细胞细胞 生命活动的基本单位生命活动的基本单位 是生命存在的最基本形式,是一切生命是生命存在的最基本形式,是一切生命 活动的基础活动的基础。(1)一切生物都离不开细胞这一生命的基本形态结构 (2)细胞是生命活动生命活动赖以进行的基础代谢、生长、分裂、凋亡生命活动建立在细胞活动的基础上1、大肠杆菌2、念珠藻3、小球藻4、酵母菌5、火丝菌6、眼虫7、分生组织细胞8、栅栏组织薄壁细胞9、驴蹄草叶表皮细胞
4、和保卫细胞10、大鼠肝细胞11、肾近曲小管上皮细胞12、成纤维细胞13、人红细胞人红细胞14、人精子15、哺乳动物的横哺乳动物的横纹肌细胞纹肌细胞16、平滑肌细胞17、神经细胞体神经细胞体两类细胞原核细胞:细菌、蓝细菌、原绿藻真核细胞:如动物、植物和真菌 (酵母菌、霉菌、食用菌)细胞的主要构成部分:细胞膜细胞壁细胞核细胞质细胞膜细胞壁细胞壁细胞质细胞液细胞液细胞骨架细胞骨架细胞器细胞器 线粒体线粒体 (功能:能量转换,细胞复制,生存)(功能:能量转换,细胞复制,生存) 叶绿体叶绿体 (功能:光合作用)(功能:光合作用) 内质网(功能:细胞复制,生存)内质网(功能:细胞复制,生存) 高尔基体高尔
5、基体 溶酶体溶酶体 细胞核细胞核 核糖体核糖体细胞核细胞核真核细胞中的细胞控制中心真核细胞中的细胞控制中心包含遗传信息(染色质)包含遗传信息(染色质)与细胞质中的其它细胞器通讯与细胞质中的其它细胞器通讯 动物细胞模式图植物细胞模式图 有丝分裂有丝分裂 单细胞生物繁殖单细胞生物繁殖 多细胞生物生长多细胞生物生长 减数分裂减数分裂形成单倍体形成单倍体有性繁殖有性繁殖 有丝分裂有丝分裂细胞的有丝分裂细胞的减数分裂细胞的减数分裂主要特点:主要特点:1.遗传物质仅一个环状遗传物质仅一个环状DNA2.无核膜无核膜3.无细胞器无细胞器,无细胞骨架无细胞骨架4.以无丝分裂或出芽繁殖以无丝分裂或出芽繁殖代表生物
6、代表生物:支原体支原体,细菌细菌,蓝藻蓝藻,螺旋藻螺旋藻(人类未来的蛋白质人类未来的蛋白质食物新来源食物新来源)三大结构体系:三大结构体系:膜系统膜系统: 质膜质膜,内膜系统内膜系统,细胞器细胞器细胞核系统细胞核系统: 遗传信息表达系统遗传信息表达系统骨架系统骨架系统: 细胞质细胞质, 细胞核等的骨架系统细胞核等的骨架系统第二节第二节 蛋白质的结构和功能蛋白质的结构和功能1、蛋白质在生命过程中的作用、蛋白质在生命过程中的作用酶的催化作用酶的催化作用 物质运载和贮存作用物质运载和贮存作用营养存贮作用营养存贮作用 运动协调作用运动协调作用 机械支持作用机械支持作用免疫保护作用免疫保护作用信号接受与
7、传导作用信号接受与传导作用 生长和分化控制作用生长和分化控制作用2、蛋白质的分子组成组成蛋白质的主要元素有:组成蛋白质的主要元素有:碳(碳(50%-55%)氢(氢(6%-8%)氧(氧(19%-24%)氮(氮(13%-19%)和硫)和硫某些蛋白质还含有少量磷、铁、铜、碘、锌等某些蛋白质还含有少量磷、铁、铜、碘、锌等氨基酸氨基酸(氨基酸(amino acid)是蛋白质的基本组成单位)是蛋白质的基本组成单位 NH2 H C COOH R 氨基酸未电离形式氨基酸名称氨基酸名称英文缩写英文缩写简简 写写氨基酸名称氨基酸名称英文缩写英文缩写简简 写写甘氨酸GlyG丝氨酸SerS丙氨酸AlaA苏氨酸ThrT
8、缬氨酸ValV天冬酰胺AsnN异亮氨酸IleI谷酰胺GlnQ亮氨酸LeuL酪氨酸TyrY苯丙氨酸PheF组氨酸HisH脯氨酸ProP天冬氨酸AspD甲硫氨酸MetM谷氨酸GluE色氨酸TrpW赖氨酸LysK半胱氨酸CysC精氨酸ArgR20种标准氨基酸的英文简写对于对于20种标准的氨基酸,按照侧链化学性质种标准的氨基酸,按照侧链化学性质的不同,可以分为以下三组:的不同,可以分为以下三组:极性氨基酸极性氨基酸(容易与水分子形成氢键(容易与水分子形成氢键 )Ser、Thr、Cys、Asn、Gln、His、Tyr、Trp 带电氨基酸带电氨基酸Arg、Lys(+)和)和Asp、Glu(-)疏水性的氨基
9、酸疏水性的氨基酸Ala、Val、Leu、Ile、Phe、Pro和和Met甘氨酸(甘氨酸(Gly)的侧链只有一个氢原子,是最简单)的侧链只有一个氢原子,是最简单的氨基酸,具有独特的性质,可以单作为第四类,的氨基酸,具有独特的性质,可以单作为第四类,也可以归于第一类。也可以归于第一类。含有芳香性侧链含有芳香性侧链Phe、Tyr、Trp、His侧链为醇或酚的氨基酸有侧链为醇或酚的氨基酸有Ser、Thr、Tyr可以形成氢键可以形成氢键Arg、Lys、Asp、Glu、Ser、Thr、Asn、Gln、His、Tyr及及Trp 3、蛋白质的结构层次(1)蛋白质的一级结构蛋白质的一级结构 (primary s
10、tructure)蛋白质的一级结构是指多肽链中氨基蛋白质的一级结构是指多肽链中氨基酸的序列酸的序列 肽键的形成 H H O H H O NCC NCC CH2 CH2 SH S 半胱氨酸 SH S CH2 CH2 NCC NCC H H O H H O二硫键的形成二硫键的形成(2)蛋白质的二级结构 (secondary structure) 二级结构主要有以下几种形式:二级结构主要有以下几种形式:(i) 螺旋螺旋(ii) 折叠折叠 平行折叠平行折叠 反平行折叠反平行折叠(iii) -转角转角 连接作用连接作用(iv)无规卷曲)无规卷曲-没有确定规律性的肽链构象,但仍然是没有确定规律性的肽链构象
11、,但仍然是 紧密有序的稳定结构紧密有序的稳定结构 (v)无序结构)无序结构蛋白质的蛋白质的 螺旋结构螺旋结构蛋白质的蛋白质的 折叠结构折叠结构平行平行-片层片层反平行反平行-片层片层(3)蛋白质的超二级结构 (i)环花样 (ii)发夹花样(环花样) (iii)希腊图案花样由四条反平行片组成 (iv)花样-环- -环- (4)蛋白质的三级结构蛋白质的三级结构三级结构(三级结构(tertiary structure) 在二级结构基础上的肽链再折叠形成的构象。在二级结构基础上的肽链再折叠形成的构象。结构域(结构域(structure domain)- 结构域也是功能单位结构域也是功能单位- 不同的结
12、构域是与不同的功能相关联的不同的结构域是与不同的功能相关联的 -结构域是由不同的二级结构和超二级结构组合结构域是由不同的二级结构和超二级结构组合蛋白质三级结构分类蛋白质三级结构分类 型型主要是由主要是由 螺旋所构成螺旋所构成 型型主要由反平行的主要由反平行的 折叠所构成,折叠所构成, 折叠片之间以折叠片之间以 转角连接转角连接 / 型型由由 螺旋包裹的以平行螺旋包裹的以平行 链为主的链为主的 花样所构成花样所构成 + 型型由由 螺旋包裹的以反平行螺旋包裹的以反平行 链为主的无明显链为主的无明显 花样花样所构成所构成(5) 蛋白质的四级结构 (quaternary structure) 组成蛋白
13、质的多条肽链组成蛋白质的多条肽链在天然构象空间上的排在天然构象空间上的排列方式,多以弱键互相列方式,多以弱键互相连接。疏水力、氢键、连接。疏水力、氢键、盐键盐键 每条肽链本身具有一定每条肽链本身具有一定的三级结构,就是蛋白的三级结构,就是蛋白质分子的亚基。质分子的亚基。蛋白质的各级结构氨基酸一级结构二级结构三级结构四级结构血红蛋白蛋白质的空间作用力氢键氢键盐键盐键(离子键,静电作用离子键,静电作用)疏水键疏水键范德华力范德华力 二硫键二硫键脂键脂键盐键(离子键)氢键二硫键疏水键氢键氢键疏水键维系和稳定蛋白质结构的作用力维系和稳定蛋白质结构的作用力 4、蛋白质结构与功能的关系(1)蛋白质一级结构
14、与功能的关系蛋白质一级结构与功能的关系序列分析序列分析(2)蛋白质空间构象与功能的关系)蛋白质空间构象与功能的关系结构分析结构分析一级结构即氨基酸顺序 高级结构 生物学功能 第三节第三节 遗传信息载体遗传信息载体DNA1、核苷酸(1)碱基(2)核苷(3)核苷酸 碱基+戊糖 核苷 + 磷酸 核苷酸 聚合 核酸 (核苷酸之间通过3.5磷酸二脂键连接)核酸的化学结构碱基戊糖磷酸碱 基腺嘌呤A尿嘧啶U胞嘧啶C鸟嘌呤G胸腺嘧啶TDNARNA碱基腺嘌呤(adennine,A)鸟嘌呤(guanine,G)胞嘧啶(cytosine,C)胸腺嘧啶(thymine,T)腺嘌呤鸟嘌呤胞嘧啶尿嘧啶(Uracil,U)
15、 戊糖脱氧核糖核糖磷酸磷酸磷酸核苷酸的化学组成符 号含 义说 明GGGuanine AAAdenine TTThymine CCCytosineRG or APurine 嘌呤YT or CPyrimidine 嘧啶MA or CAmino 氨基KG or TKeto 酮基SG or CStrong interaction (3 H bonds) WA or TWeak interaction (2 H bonds) HA or C or TNot-GBG or T or Cnot-AVG or C or Anot-T(not-U) DG or A or Tnot-C NG or A or T
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