完整版CNV检测方案汇总课件.ppt

1、检测CNV的方法汇总CNV（Copy number variation，拷贝数变异）人类遗传病的一大重要原因， CNV是由基因组发生重排而导致的，一般指长度为1kb以上的基因组大片段拷贝数的增加或减少，主要表现为亚显微水平的缺失或重复。01全基因组测序全基因组测序02生物芯片生物芯片03CNV-seq04CNV plex法法目录CONTENTS05AccuCopy法法06质谱法质谱法07Taqman法法08MLPA方法方法全基因组测序简介：? 全基因组测序是最直接的方法，当一个地方有片段缺失，或者片段增多的时候，测序的覆盖深度会马上显示出片段的增多或缺失? 全基因组测序，可以很快地对整个基因组

2、的CNV进行扫描实验费用：成本最贵的方法，在Illumina推出HiSeq X 10之后，市场服务费用大约在2万人民币一个人全基因组测序原理：下图是用全基因组测序，得到的覆盖深度，哪里有增加，又哪里有缺失，明楚得很生物芯片原理：实验原理：下图是用Affmetrix的SNP 6.0芯片做的全基因组拷贝数变异的实验结果，相比于全基因组测序，其清晰程度差了较多aCGH采用的双杂交策略SNP-array 利用待测样本与芯片探针进行单杂交简介：? 生物芯片是在全基因组之外，通量第二的CNV检测手段? Illumina、Affymetrix、Agilent三家公司都有成熟的全基因组SNP/CNV芯片供应?

3、Affymetrix 的CytoScan HD有约190万CNV位点探针，这些探针较为均匀地分布在整个基因?Illumina有中华芯片?Agilent有CGH芯片实验费用：约20005000元一个样本主要服务商：北京生物芯片公司（博奥），上海生物芯片公司（伯豪）原理：CNV-seq天昊生物适用：? 适用于一次5002000个目标位点的检测，CNV-seq价格较低原理：?类似Golden Gate法?将等量的待测样本DNA和正常对照DNA建库测序后，分别与reference sequence进行对比。通过比较两个样本每个滑窗内比对reads数目的多少来确定每个位点的拷贝数。用延伸、连接、多重PC

4、R的方法，把目标区域扩增出来?高通量测序?生物信息分析，看目标片段的数量主要服务公司：CNV plex法天昊生物适用：? 适用于一次48480个目标位点的检测原理：?类似Golden Gate法?用延伸、连接得两侧有四种统一序列的多个位点的模板片段?用带四种荧光的四种统一扩增引物多重PCR的方法，把目标区域扩增出来?毛细管电泳，分析峰的面积主要服务公司：AccuCopy法天昊生物适用：? 适用于一次1216个位点? 合成特异引物和竞争模板原理：?设计带荧光染料的PCR引物?多重PCR?毛细管电泳分离?测峰面积主要服务公司：AccuCopy法原理：? 取一定量的竞争 DNA片段混合物 -每个片段

5、与各自对应基因片段仅有微小差别（通常为几个碱基长度差异）? 与合适量的样本 DNA混合? 多重PCR产物经毛细管电泳后对不同基因位点扩增产物以及同一位点的不同模板（样本 DNA与竞争 DNA）扩增产物根据其长度差异进行分离；? 分析每个基因片段的 S/I值，利用参照基因S/I值对目标基因 S/I值进行校正后获取目标基因的准确拷贝数。质谱法? 一次反应可以测几十个位点，平均到每个点、每样本是约2元人民币通过对目标位点的PCR产物进行单碱基延伸，再跑质谱，检测目标片段的量和内参基因的片段的量得出结果。右图是Sequenom测SNP的原理图，测CNV也是同样原理毅新兴业、邃志公司简介/适用：? Se

6、quenom公司的MassArray质谱分析仪实验费用：约20005000元一个样本主要服务商：原理：Taqman法右图是Taqman的原理图Taqman的原理视频生工生物公司、英骏公司简介/适用：? Taqman是经典的CNV检测方法。实验费用：合成一个Taqman探针的费用约1000元人民币，可以做几百个到上千个反应主要服务商：原理：MLPA方法见视频xx原位杂交技术FISH法01全基因组测序全基因组测序02生物芯片生物芯片03CNV-seq04CNV plex法一代测序仪05AccuCopy法法一代测序仪， 与qRT-PCR 和MLPA相比，具备低成本、高效率、高准确性的优势。06质谱法

7、质谱法价格更低的 CNV-seq 可代替07Taqman法法单个位点08MLPA方法方法一代测序仪，且不能对染色体组进行全局分析核型分析xx浆细胞染色体按照该生物的固有染色体形态特征和规定进行配对、编号、分组的分析过程。谢谢欣赏01年度工作概述请替换文字内容，点击添加相关标题文字10%20%40%60%此部分内容作为文字排版占位显示（建议使用主题字体）全基因组测序 2万/个人此部分内容作为文字排版占位显示（建议使用主题字体）生物芯片2千-5千/sample此部分内容作为文字排版占位显示（建议使用主题字体）标题文本预设此部分内容作为文字排版占位显示（建议使用主题字体）标题文本预设费用02工作完成

8、情况请替换文字内容，点击添加相关标题文字标题文本预设此部分内容作为文字排版占位显示（建议使用主题字体）如需更改请在（设置形状格式）菜单下（文本选项）中调整标题标题标题标题标题标题此部分内容作为文字排版占位显示（建议使用主题字体）如需更改请在（设置形状格式）菜单下（文本选项）中调整此部分内容作为文字排版占位显示（建议使用主题字体）如需更改请在（设置形状格式）菜单下（文本选项）中调整标题文本预设点击输入标题内容点击更改您的文字内容以下内容并没有什么实际意义点击输入标题内容标题文本预设点击更改您的文字内容以下内容并没有什么实际意义标题文本预设点击更改您的文字内容以下内容并没有什么实际意义标题文本预设

9、点击更改您的文字内容以下内容并没有什么实际意义标题文本预设点击输入标题内容此部分内容作为文字排版占位（建议使用主题字体）标题文本预设此部分内容作为文字排版占位（建议使用主题字体）此部分内容作为文字排版占位（建议使用主题字体）此部分内容作为文字排版占位（建议使用主题字体）标题文本预设标题文本预设标题文本预设点击输入标题内容请输入您的标题12此处添加详细文本描述，建议与标题相关并符合整体语言风格，语言描述尽量简洁生动。尽量将每页幻灯片的字数控制在200字以内，据统计每页幻灯片的最好控制在5分钟之内。此处添加详细文本描述，建议与标题相关并符合整体语言风格，语言描述尽量简洁生动。尽量将每页幻灯片的字数

10、控制在 200 字以内，据统计每页幻灯片的最好控制在 5分钟之内。请输入您的标题点击输入标题内容50%50%50%50%50%50%此部分内容作为文字排版占位显示（建议使用主题字体）如需更改请在（设置形状格式）菜单下（文本选项）中调整此部分内容作为文字排版占位显示（建议使用主题字体）如需更改请在（设置形状格式）菜单下（文本选项）中调整标题文本预设点击输入标题内容点击更改您的文字内容以下内容并没有什么实际意义标题文本预设点击更改您的文字内容以下内容并没有什么实际意义标题文本预设点击更改您的文字内容以下内容并没有什么实际意义标题文本预设04明年工作计划请替换文字内容，点击添加相关标题文字点击输入标

11、题内容0203Please replace text, click add relevant headline, modify the text content, also can copy your content to this directly.Please replace text, click add relevant headline, modify the text content, also can copy your content to this directly.01Please replace text, click add relevant headline, modify the text content, also can copy your content to this directly.文字内容33 %文字内容33 %文字内容33 %点击输入标题内容点击更改您的文字内容以下内容并没有什么实际意义标题文本预设点击更改您的文字内容以下内容并没有什么实际意义标题文本预设点击更改您的文字内容以下内容并没有什么实际意义标题文本预设点击更改您的文字内容以下内容并没有什么实际意义标题文本预设点击输入标题内容点击更改您的文字内容以下内容并没有什么实际意义标题文本预设点击更改您的文字内容以下内容并没有什么实际意义标题文本预设